Нескольких нововведений оказалось достаточно для триумфа Pokémon Diamond и Pearl при выпуске в Японии в конце 2006 года и на Западе в течение 2007-го. Толпы новых пользователей, купивших Nintendo DS для других целей, познакомились с игрой впервые, другие открыли ее для себя заново и погрузились вновь, а преданные поклонники, конечно же, не преминули вернуться. Продажи Pokémon наконец снова возросли в сравнении с Ruby и Sapphire. Покупателей нашли 18 миллионов картриджей Diamond и Pearl, а также удалось распродать почти восемь миллионов копий Pokémon Platinum – третьей дополнительной версии, выпущенной в конце 2008 года. И это не считая десятков миллионов нелегальных загрузок игры…
В июне 2006 года Сатору Ивата лично представил игру Pokémon Battle Revolution, которая должна была сопроводить запуск Wii в Японии в конце года. Ожидалось, что игра подсадит фанатов Pokémon на новую консоль, чей огромный успех тогда казался невообразимым после провала GameCube. В рекламе подчеркивались функции, которые в итоге довольно редко появлялись в играх для Wii: использование Nintendo DS в качестве контроллера и обмен данными между двумя консолями.
Игра, вышедшая 19 декабря, через две недели после запуска консоли, разочаровала. Данные несколько месяцев назад обещания не исполнились, и казалось, что Genius Sonority закончила игру второпях. Сильно отставая от Pokémon Stadium для Nintendo 64, а также от Colosseum и XD с их RPG-режимами, Pokémon Battle Révolution страдала от категорической нехватки контента и дополнений. Систему онлайн-боев проработали плохо, а качество графики оказалось ниже показанного публике несколькими месяцами ранее. Разгромленная критиками и отвергнутая игроками, игра еле-еле дотянула до тиража в два миллиона копий по всему миру. После этого игр в данном жанре больше не производилось – в частности потому, что турниры в духе Stadium теперь появлялись и в основных, также перешедших на 3D играх. В 2008-м Nintendo выпустила My Pokémon Ranch для Wii через онлайн-сервис WiiWare. Разработанная студией Ambrella игра дает возможность хранить и сортировать существ, а также добыть несколько особых покемонов. Ажиотаж вновь оказался умеренным, пусть эта часть и служила скорее утилитой, чем полноценной игрой. Она даже не получила обновления для совместимости со следующими играми Pokémon на Nintendo DS. Это была последняя попытка Nintendo перенести портативные игры Pokémon на домашние приставки.
Ремейк в честь десятилетия Gold и Silver
После выпуска Pokémon Diamond и Pearl Game Freak приступила к работе над следующими частями Pokémon и основными играми пятого поколения. Это были Pokémon Black Version и White Version под руководством Дзюнъити Масуды, а также HeartGold и SoulSilver – приуроченные к десятой годовщине выпуска Pokémon Gold и Silver ремейки от Сигэки Моримото. Моримото стал всего третьим человеком на посту главного разработчика канонической игры серии. Ровесник Дзюнъити Масуды присоединился к Game Freak в качестве программиста во время разработки самой первой Pokémon. Помимо программирования, по большей части он работал над боевой системой игры и стоял за спонтанным появлением Мью, если верить его интервью с Сатору Иватой на сайте Nintendo. Он начал вносить свою лепту в гейм-дизайн, начиная с версий Gold и Silver на должности «разработчика боев», а затем заслужил доверие Масуды, поручившего ему разработку Pokémon Emerald. Pokémon HeartGold и SoulSilver стали его первым крупным проектом в данной роли.
Хотя, как и в случае со всеми последними играми Pokémon, творческий процесс был скрыт завесой тайны, и отличительной чертой ремейков стала зрелость, заметная в интервью с создателями. Согласно Цунэкадзу Исихаре и Сигэки Моримото, сотрудники Game Freak (по большей части двадцатилетние) играли в Pokémon Gold и Silver в детстве и были самыми ярыми фанатами. Поэтому эти ремейки вызвали в компании настоящий энтузиазм. Новая версия культовой игры должна была удивить поклонников серии, которые знали ее как свои пять пальцев. Моримото хотел, чтобы игроки полагались на воспоминания и находили в игре знакомые элементы, а вместе с ними и заметные с первого взгляда различия. Помимо обновленной графики и интеграции всех функций подключения из Diamond и Pearl, небольшие изменения претерпел сценарий игры. Встреча с легендарными птицами Хо-охом и Лугией стала неотъемлемой частью сюжета, будучи совсем не обязательной в версиях для Game Boy. Покемонов третьего и четвертого поколений могли вызвать особые события и открытие локаций, доступных после окончания сюжета. На радость фанатам появилась возможность играть с оригинальной музыкой на фоне. Также вернулись особенности Gold, Silver и Crystal, от которых отказались в Ruby и Sapphire, – создание покеболов с априкорнами и события, зависящие от дня недели.