Драгунские полки не могли осадить весь Батурин в силу своей малочисленности. Выход из него в большей части крепостной ограды оказался свободен. Когда Меншиков начал штурм гетманской ставки, часть драгун проникла в город через потайной ход (калитку), открытый сотником наказного прилуцкого полковника И.Я. Носа Соломахой. Часть сердюков была перебита, большинство горожан вместе с полковником Чечелем бежали из Батурина.
Сам Чечель, не получивший ни одного ранения и ускакавший на коне из крепости (как сейчас пишут «жестоко осажденной»), был пойман в одном из близлежащих селений (Поповке) в доме у своего родственника, где он заснул на печке. Мазепинца выдали местные казаки, и он был публично казнен в Глухове.
В записанных воспоминаниях А.Д. Меншикова о штурме рассказывается так: «По двучасовом огню оную фартецию взяли, в которой воров многих побили, а достальных живьем побрали, между которыми и старшин – войсковой подобозный Фридрик Кенексек и сотник також, и атаман(ы) батуринские, и иные знатные и(з) старшин».
Русские войска взяли Батурин штурмом 2 ноября 1708 года, который начался затемно в шесть часов дня. Штурм (при нежелании части казаков драться) длился всего два часа. Сопротивление оказалось слабым. Потери атакующих оказались крайне малы. Всех раненых русские вывезли с собой: в конюшнях Мазепы, находившихся вне «фортеции», было захвачено 2 тысячи лошадей. Подробностей приступа известно мало.
Светлейший князь Ижорский со своими драгунскими полками простоял в Батурине недолго: уже утром следующего дня он был Конотопе, в 27 километрах от Батурина. То есть «разорение» гетманской ставки могло идти только день и часть ночи. В ней нашлось действительно «зело много изменничего богатства».
По приказу Меншикова без промедления уничтожили все находившиеся в крепости запасы (вывезти смогли только их часть), обратив в пепел и гетманский дворец. Огонь уничтожил и сам деревянный Батуринский замок, который перестал быть крепостью. Среди трофеев было взято, не считая мортир, 40 пушек. Легкие пушки были взяты с собой как трофеи, тяжелые – уничтожены (взорваны). Был вывезен архив (канцелярия) Мазепы. Набеговая операция на гетманскую ставку в исполнении А.Д. Меншикова во многом повлияла на последующие события в войне.
Сожжение Батурина (точнее – Батуринского замка) сегодня стало предметом споров историков. И о том в наше время написано немало. О ликвидации гетманской ставки в «Гистории Свейской войны» современниками этого эпизода Северной войны сказано так:
«…И получили от князя Меншикова ведомость, что город Батурин (где Мазепа изменник имел свою резиденцию) достали не со многим уроном людей и первых воров, полковника Чечеля и генерального есаула Кенигсека, с некоторыми их единомышленниками взяли, а протчих всех побили. И тот город совсем сожгли и разрили до основания, где много зело изменника Мазепы богатства взяли. Тут же был заготовлен им, Мазепою, для войск швецких великой магазейн, которой також сожгли».
С «разорением» Батурина светлейшего князя Ижорского царь Петр I поздравил сразу же после удачного набега, лишившего шведскую армию многого, в чем она сильно нуждалась и чего теперь не могла получить, далеко оторвавшись от своих тылов:
«Сего моменту получил я Ваше зело радостное писание, за которое Вам зело благодарны, паче же Бог мздовоздаятель будет Вам».
Свою словесную благодарность государь дополнил иной, более весомой – подарил фавориту большое село Ивановское с окрестными деревнями, до этого принадлежавшее гетману-изменнику. Мазепа был лишен царем всех огромных земельных владений и прочей недвижимости богатейшего на Гетманщине человека.
Мазепа находился в отчаянии из-за потери гетманской резиденции (она была его ставкой 20 лет) и богатств, воинских припасов, собранных в Батуринском замке. Все собранные в нем за многие годы его богатства царский любимец Меншиков уничтожил в один день. Его ближайший сподвижник генеральный писарь Филипп Орлик, доверенное лицо украинского гетмана сообщал:
«А когда переправившиеся Мазепа с войском шведским через Десну получил первую ведомость о взятии и спалении Батурина, жалостным был и сказал тые слова: «Злые и нечастливые наши початки! Знатно, что Бог не благословит моего намерения, и я тем же Богом засвидетельствуюся, что не желаем и не хотилем христианского кровопролития».
«Уже теперь, – сетовал низложенный гетман, – в нынешнем нашем нещастливом состоянии все дела иначе пойдут, и Украина, Батурином устрашенная, боятисе будет едино с нами держать».
Украинское казачество в своей массе не пошло за гетманом-клятвопреступником по прозвищу «лях», переметнувшимся на сторону королевской Швеции. Сотник Корней Савин рассказывал петровскому генералу А.Д. Меншикову после «истребления» мазепинской резиденции:
«Король и Мазепа пришли к Батурину и стали над Сеймом и ночевали по разным хатам. И Мазепа, видя, что Батурин разорен, зело плакал».