Врангель неоднократно критиковал Деникина за то, что тот уступал требованиям казаков; теперь найти разумный компромисс с ними стало его задачей. Казаки помнили Врангеля как человека, который в ноябре 1919 года разогнал кубанскую раду, и это воспоминание препятствовало легкости сотрудничества, но во многих отношениях он находился в лучшем положении, чем ранее Деникин. Теперь казаки финансово зависели исключительно от Верховного командования. Наиболее радикальные политики так и не прибыли в Крым, и поэтому законодательные собрания были менее воинственными, чем раньше; в любом случае, эти собрания потеряли бо́льшую часть могущества, так что главнокомандующий работал по большей части с атаманами, а не с непокорными политиками. Вскоре после прихода к власти он провел совещания с Богаевским по Дону, Вдовенко — по Тереку, а Букретовым — по Кубани, которые без сопротивления приняли его декларацию от 11 апреля, в которой он объявлял о непосредственном руководстве всеми армиями и оставлял за собой ведение внешней политики. Он обещал атаманам, что будет время от времени консультироваться с ними и восстановит автономию войск, как только появится возможность.
Несмотря на такое многообещающее начало, вскоре возникли проблемы. Хотя Врангель считал Богаевского близким товарищем, его взаимоотношения с командованием Донской армии, генералами Сидориным и Кельчевским, были натянутыми. Предшественник Врангеля, генерал Деникин, уже в конце марта понял, что должен сместить генерала Сидорина после резких перепалок в Новороссийске, но не сделал этого, предположив, что сложную ситуацию облегчит его собственная отставка. Он ошибался. Сейчас Сидорину было сложно сотрудничать с любым из российских генералов. Он хотел возглавлять свою армию в попытке освободить Дон и предпочел бы разорвать все отношения с Добровольческой армией. Эта кампания так и не состоялась, потому что Богаевский настаивал на самоубийственности подобного предприятия и утверждал: в данных обстоятельствах сотрудничество с российскими офицерами важнее, чем когда бы то ни было. Сидорин планировал реорганизовать свои силы, а затем уйти в отставку.
Неудивительно, что разногласия между Врангелем и Сидориным вскоре стали очевидными. Эти два генерала находились на противоположных краях политического спектра антибольшевистского движения. Врангель был лидером правых, а Сидорин, частично под влиянием своего начальника штаба генерала Кельчевского, все больше смещался влево. Негативные последствия имела и попытка Врангеля получить помощь Сидорина в интригах против Деникина в декабре 1919 года, а память об этом событии увеличила их взаимную враждебность.
Искрой, которая воспламенила борьбу, стала редакционная политика газеты «Донской вестник», издававшейся командованием Дона. Редактор газеты, граф дю Шайла, был начальником политического отдела штаба Донской армии. Статьи в газете превозносили достижения Мартовской революции, обвиняли белых в том, что они не принесли людям свободу, защищали построение федеральной и демократической России и обещали создание казацкого государства с участием Дона, Кубани и Терека. Поскольку «Донской вестник» был официальной газетой Донской армии, цензоры придирчиво его не изучали, и Врангель некоторое время не знал о его политической направленности. Он привлек его внимание, потому что издатель конкурирующей газеты в Евпатории, «Евпаторийский курьер», некто Ратимов, пожаловался Кутепову, который незамедлительно уведомил главнокомандующего. 19 апреля Врангель закрыл «Донской вестник», отдал приказ об аресте графа дю Шайла и велел Сидорину, Кельчевскому и квартирмейстеру генералу Кислову немедленно прибыть в Симферополь. Богаевский тщетно пытался вмешаться. Врангель уже решил использовать возможность и сокрушить оппозицию. Он арестовал офицеров и передал их под трибунал. Главнокомандующим Донским корпусом он назначил генерала Абрамова. Учитывая возможность того, что казаки окажут сопротивление, арест командиров был опасным шагом. Действительно, Сидорин не признавал прав Врангеля его арестовать и обдумывал воззвание к последователям о защите. Атаман Богаевский, однако, указывал, что конфронтации, которая неизбежно будет иметь катастрофические последствия, необходимо избежать любой ценой, и убеждал Сидорина подчиниться. Врангель полностью осознавал, что существует возможность вооруженного столкновения, и отдал войскам приказ быть готовыми к такому событию.