Исключительная придирчивость цензуры объясняется тем, что еще до выхода журнала Главное управление по делам печати было обеспокоено изменением его направления. Сохранился доклад цензора А. А. Елагина, где, в частности, говорится: «Очерк М. Горького „Коновалов“ знакомит нас с типом бродяги — босяка, пьяницы Коновалова, которого гонит с места на место по обширному нашему отечеству жажда свободы и дух недовольства собою и существующими порядками. Автор рассказа, интеллигентный человек, „ходит в народ“, когда культурная жизнь в городе начинает слишком сильно давить его своею условностью». Далее следует пересказ содержания «Коновалова». Заканчивая его, Елагин делает вывод: «Таков тип, к которому автор относится так тепло и симпатично. Тип этот, по-видимому, собирательный, выхваченный прямо из жизни, ясно определяет точку зрения автора. Кажется, не нужно особых комментариев и подчеркиваний для признания рассказа крайне тенденциозным и вредным» (Архив А. М. Горького, ЦД-1-2).
На основании этого доклада С.-Петербургский цензурный комитет постановил: «1) сделать распоряжение чрез инспекторский над типографиями надзор о приостановке выпуска книжки журнала в свет; 2) предложить редактору исключить неудобные места в рассказе „Коновалов“; 3) о докладе цензора <…> донести Главному управлению по делам печати» (там же).
Цензура исключила из «Коновалова» следующие 15 мест, что составило в целом более 9 страниц:
1) стр. 21, строки 3–14: «— То есть как? ~ и нужно их поддержать»;
2) стр. 22, строки 2–10: «А в книге тебе их жалко… ~ грустно поник головой»;
3) стр. 26–29, строки 32–9: «Хочешь про Стеньку Разина? ~ с этого дня»;
4) стр. 29, строка 10–11: «Я еще несколько раз читал ему „Бунт Стеньки Разина“»;
5) стр. 29–30, строки 27–7: «Вот Тарас со Стенькой ~ как казнили Степана…»;
6) стр. 31–32, строки 35–2: «Нужно такую жизнь строить ~ что такое есть мы…»;
7) стр. 33, строки 14–27: «„Бунт Стеньки“ я читал ему ~ несчастного, неудавшегося»;
8) стр. 40, строки 23–37: «он попросил меня ~ не может понимать»;
9) стр. 48, строки 1–20: «Нужно родиться ~ хороших, выносливых ног»;
10) стр. 50, строки 4–36: «Оно лежало, ослепляя глаза ~ против своих владык»;
11) стр. 57–58, строки 33–4: «Люди везде есть ~ Красоты всякой. Айда?»;
12) стр. 58–59, строки 40–17: «Но большие города ~ слепотой их ума»;
13) стр. 59, строки 24–31: «А зачем родился ~ Тошно. Почему мне тошно?»;
14) стр. 59: «Нам ни язык, ни рука ни в чем не помога…» (в последующих изданиях Горький не восстановил эту строку);
15) стр. 60, строка 12: «Хоть бы разгореться ярче!»
15 марта 1897 г. С.-Петербургский цензурный комитет обратился к старшему инспектору типографий «с покорнейшей просьбой о принятии надлежащих мер, чтобы означенные страницы были исключены из всех экземпляров данной книжки журнала, преданы уничтожению и чтобы по сделании указания редактору А. П. Попову с исправлением экземпляр журнала был вновь представлен Комитету на общем основании» (Архив А. М. Горького, ЦД-1-2).
17 марта 1897 г. С.-Петербургский цензурный комитет повторил свою просьбу. Наконец, 18 марта 1897 г., отправляя в Главное управление по делам печати вырезанные листы из «Коновалова», С.-Петербургский комитет доносил: «Особенное внимание цензуры обратил на себя очерк М. Горького „Коновалов“ по многим местам социалистического и резко возбудительного пошиба, так что Комитет вынужден был сделать распоряжение о приостановке выхода книги в свет и предложил редактору Попову устранить места» на 18 страницах (там же).
Главное управление по делам печати, утвердив решение С.-Петербургского цензурного комитета, распорядилось выпустить в свет мартовский помер «Нового слова».
В новой редакции журнала тон задавали так называемые легальные марксисты, но в его работе принимали участие не только представители этого течения. С апреля 1897 г. по ноябрь 1898 г. здесь печатались работы В. И. Ленина «К характеристике экономического романтизма» и Г. В. Плеханова «Судьбы русской критики», «О материалистическом понимании истории». Начальник Главного управления по делам печати М. П. Соловьев неоднократно доносил министру внутренних дел И. Н. Дурново о направлении журнала, обращая внимание на «задорный тон», «резкость выражений» («Красный архив», 1925, том 2, стр. 228). В связи с арестом ноябрьской книжки Соловьев писал, что «журнал „Новое слово“ старается разрабатывать марксистское учение не только в абстрактной его форме, но зачастую и в чисто конкретной, на почве событий из русской жизни. Так, например, редакция <…> обращает исключительное внимание на все темные стороны рабочего вопроса <…> В статьях научного содержания последовательно проводится учение К. Маркса и Энгельса <…>» (там же, стр. 256).