Только что безгранично увлеченный личностью Г. Шуазель-Гуфье, Павел 23 января 1800 года неожиданно подписывает указ о назначении на место президента Академии художеств А. С. Строганова. Назначение оказывается настолько спешным, как, впрочем, и множество иных распоряжений императора, что приказ о снятии Г. Шуазель-Гуфье и прекращении выплаты ему жалования дается чуть не неделей позже. Для Павла с новым президентом связывается и отливка статуи А. В. Суворова для памятника работы М. И. Козловского, и учреждение медальерного, ранее не существовавшего, класса, и заметное обновление состава преподавателей, и введение новой формы — „чтобы пуговицы были белые гладкие и выпуск по краям палевого цвета… и шляпы с узеньким серебряным галуном“, и палевая стамедная подкладка, „а протчее делается как обыкновенно у немецких кафтанов“, и строительство Казанского собора в Петербурге. Поглощенный множеством заданных Академии дел, Павел попросту упускает из виду личность нового президента. Ему кажется само собой разумеющимся, что академические порядки будут такими, какими он предписал их Г. Шуазель-Гуфье, что „игра в солдаты“, по выражению будущих художников, станет продолжаться, и А. С. Строганов не упустит всех требований казарменной дисциплины.
Но А. С. Строганов действительно разбирался в искусстве, понимал пути его развития, как и неизбежность границы, которая во все времена отделяла определяемые временем формы его реализации от надуманной и безжизненной формулы официальных требований. Молодость нового президента прошла заграницей. Девятнадцати лет отец отправляет его для завершения превосходного домашнего образования в Швейцарию. Несколько лет юноше читают лекции лучшие профессора Женевы, затем он направляется в Италию, руководимый своей страстью к истории искусства и коллекционерству — именно тогда закладывается основание строгановского собрания живописи. Еще два года А. С. Строганов отдает изучению металлургии, специально занимаясь в Париже химией и физикой. Рано овдовев, он со второй женой вновь отправляется в Западную Европу, встречает самый благожелательный прием в Версале, но одновременно близко сходится с французскими энциклопедистами и особенно Вольтером.
Очередное возвращение на родину оказалось для А. С. Строганова не слишком удачным. Его жена влюбилась в тогдашнего фаворита императрицы, И. Н. Римского-Корсакова, и вместе с ним оставила двор, мужа и Петербург, предпочтя затворническую жизнь в Москве. Граф не стал доводить дела до развода и остался при дворе в числе наиболее близких Екатерине лиц, прежде всего советчиком в вопросах искусства. На музыкальных вечерах его обязанностью было подсказывать императрице те фрагменты исполнения, которые будто бы вызывали ее одобрение или приводили в восхищение. Она прислушивается к строгановским советам в отношении Эрмитажа, а сам А. С. Строганов решает посвятить искусству жизнь своего побочного сына, будущего архитектора А. Н. Воронихина. Во всяком случае, именно такой род родства соединял в глазах современников нового президента с усиленно поддерживаемым им зодчим, который получает ответственнейший заказ на Казанский собор.
А. С. Строганов приходит в Академию другом художников, неизменно принимая их сторону во всех возникавших конфликтах с администрацией. Он не противопоставляет своей воли академическому Совету и только в исключительных случаях прибегает к личным распоряжениям. При его поддержке проводится реформа Академии, позволившая существенно расширить круг общеобразовательных дисциплин и повысить возраст приема учеников в Воспитательное училище. Многочисленные методические поправки к сложившемуся процессу обучения не встретили со стороны президента никаких препятствий. Вместе с тем А. С. Строганов стремится к тому, чтобы привилегии Академии распространялись и на художников, не работавших в ее стенах. Он поддерживает академистов и посторонних средствами Академии и своими собственными вплоть до отправки в пенсионерские поездки за личный счет.
Для Боровиковского появление А. С. Строганова означало возможность дальнейшего продвижения по лестнице академических званий. 17 ноября 1802 года в собрании Совета он назначается к баллотированию в советники Академии. Спустя месяц, 11 декабря, в так называемом большом собрании его избирают советником одновременно с С. С. Щукиным и теми двумя художниками, с которыми он раньше баллотировался в академики — перспективистом Алексеевым и пейзажистом Мартыновым. К живописным работам в Казанском соборе Боровиковский привлекается вместе с другими связанными с Академией живописцами. Правда, доставшиеся ему образа не могут быть названы особенно важными по их положению в соборе, тем не менее это полотна, которые он выполняет наряду с живописцами-академистами. К ним относились четыре евангелиста и „Благовещение“ для царских врат главного иконостаса, а также четыре местных образа для второго и третьего иконостасов — Константина и Елены, Антония, Феодосия и великомученицы Екатерины. Общая сумма гонорара составляла три с половиной тысячи рублей.