Но еще при жизни А. С. Строганова, с большой бережностью относившегося к Боровиковскому, портретисту пришлось ощутить разницу между академическими выучениками и сотрудниками и художниками со стороны. Представленный президентом список мастеров, участвовавших в строительстве Казанского собора, наряду с ведущими профессорами и руководителями академических классов И. А. Акимовым, И. П. Мартосом, Г. И. Угрюмовым, Ф. Я. Алексеевым, С. С. Щукиным называл и Боровиковского, с оговоркой, что он „хотя и не занимает в Академии никакого класса, но искусство и талант сего художника по части портретной живописи дают ему место между первейшими художниками“.
Блестящая характеристика несомненно влиятельного президента тем не менее не смогла оказать должного воздействия на утверждавших награды чиновников двора. В игру включились личные связи художников, их способность к интригам и дипломатическим розыгрышам, вызванные к жизни действия влиятельных покровителей вплоть до императрицы и великих князей. Не работа в соборе, а преподавание рисунка в царском доме или причастность к занятиям искусством царствующей особы определяют размер и характер награды. В этом море мелких и злобных человеческих страстей Боровиковский сразу же оказывается оттесненным на задний план, да и не пытается отстаивать подобного рода интересов. Из числа первых по значению художников он переносится в число последних, приравненный к миниатюристу Д. И. Евреинову и чеканщику П. П. Ажи. Вместо ордена, имевшего большое значение для положения художника, он получает бриллиантовый перстень — символическое свидетельство монаршего благоволения. И если о 300 рублях добавки к гонорару Боровиковский мог просить архитектора, то здесь не предпринимает никаких шагов, хотя среди его заказчиков достаточно высокопоставленных лиц, способных защитить интересы мастера.
Несомненно, одна церковная живопись никогда не позволила бы Боровиковскому занять первенствующего места в истории современного ему и вообще всего русского искусства. Несравнимо более слабая в живописном отношении, чем портретные работы мастера, она лишь в незначительной степени несла на себе отблеск их находок и решений. В ней Боровиковский испытывал влияние иных живописцев, и в том числе мастеров прошлого, сохраняя главным образом ту погруженность в себя, в свои чувства, которая характеризовала его портретные образы. Любопытна в этом отношении появившаяся уже после смерти мастера заметка в „Московском телеграфе“ 1831 года, связанная со спорами о существе классицизма: „Посмотрите на Магдалину Мурильо, горестно терзаемую раскаянием, на Магдалину Корреджо, успокоенную тайной надеждой спасения, на Магдалину, кажется, Боровиковского (в Казанском соборе)… вот истинное торжество искусства, после которого рабская угодливость кисти Лебрена невольно возбуждает негодование“. Незнание подлинных произведений художника — Магдалины кисти Боровиковского в соборе нет — искупается общим представлением о его живописных решениях, ассоциациями с тем внутренним наполнением образа, которое приносит именно он.
Образа главного иконостаса художнику придется повторить много раз — настолько большую популярность они приобретают среди современников. В конце 1810-х годов Боровиковский выполняет литографии евангелистов, которые почти одновременно литографируются В. И. Погонкиным и в этих двух вариантах получают широкое распространение, повторяемые в живописи иконописцами в самых разнообразных уголках России. Они становятся одним из излюбленных образцов изображения, которые входят в крут повсеместно используемых оригиналов. Можно предположить, что в их исполнении Боровиковский не изменил принципу работы портретиста, руководствуясь не воображением и зрительной памятью — обычным источником исторических живописцев, но реальной натурой. Аксессуарам евангелистов, их занятиям и одеждам противоречат очень живые простонародные лица стариков, послуживших натурщиками. В этом отношении характерно совпадение натуры, портретных черт евангелиста Марка и старика в аллегорическом изображении зимы, где одетый в полушубок крестьянин греет у огня натруженные узловатые, со стертыми и изломанными от работы ногтями руки.