Но не характер образов и тем более не размер заработка привлекали художника к этому заказу и заставляли писать родным, что именно Казанский собор находится в центре его внимания и требует всех сил. Сама по себе постройка имела особенное значение для северной столицы. Задуманный Павлом, собор должен был быть осуществлен под руководством А. С. Строганова, который ставит условием участие в нем только русских мастеров. С назначением графа президентом Академии строительство Казанского собора приобретает ведомственный академический характер, причем Александр I уделяет ему нисколько не меньшее, чем отец, внимание. 27 мая 1801 года им самим был заложен первый камень этого необычного сооружения, которое уже тогда воспринимается как памятник всему александровскому времени.
Распространенное убеждение о подражании А. Н. Воронихина собору Петра в Риме не имеет никаких действительных подтверждений. В то время как римский собор представлял сочетание фрагментов, решенных разными зодчими, Казанский собор был задуман как совершенно своеобразное стилистически цельное сооружение, открывающееся грандиозными колоннадами со стороны северного и южного фасадов. По идее А. Н. Воронихина, возникавший архитектурный ансамбль оформлял сразу три больших площади, становясь своеобразным центром города. Оставшаяся неосуществленной южная колоннада должна была иметь на концах крыльев проезды на Казанскую улицу и вдоль Екатерининского канала. Перед северным и южным фасадами предполагалось соорудить организующие площади обелиски. Первый из них вначале и существовал, но в целом осуществить свой замысел архитектору не удалось. Строительство ограничилось реализацией части связанного собственно с Невским проспектом проекта, и тем не менее сама идея собора приобрела для современников символическое значение и одинаково увлекала чувства и воображение петербуржцев и художников-исполнителей. Не случайно именно перед Казанским собором служится торжественный молебен перед отъездом М. И. Кутузова в действующую армию в качестве главнокомандующего, собравший бесчисленные толпы народа. В собор передаются захваченные у наполеоновских войск знамена, слитки награбленного серебра, и, как в Москве из возвращенных сокровищ были отлиты грандиозные паникадила кремлевского Успенского собора, так в Петербурге, по желанию казаков, из них должны быть отлиты скульптуры евангелистов. Весной 1813 года Казанский собор выбирается как место погребения М. И. Кутузова. Иными словами, еще не построенный, он становится национальной святыней.
Живописные работы не связывали исполнителей особенно жесткими сроками. Правда, Боровиковский со свойственной ему добросовестностью одним из первых представляет требуемые картоны и 8 октября 1804 года получает одобрение Совета Академии. Однако в дальнейшем оговоренного архитектором времени Боровиковскому, как, впрочем, и иным живописцам, оказывается недостаточно. К назначенному сроку — 1 ноября 1809 года образа еще не были кончены. Показанные весной следующего года, они в апреле по желанию художника вернулись к нему в мастерскую для поправок. Трудно сказать, сколько еще недель или месяцев понадобилось мастеру для доработок. Одно достоверно, что ко дню освящения собора — 15 сентября 1811 года все живописные работы были завершены, а то, что свой заказ Боровиковский выполнил полностью, подтверждается А. Н. Воронихиным письмом от 10 февраля 1812 года, в котором архитектор ходатайствует о выплате художнику „достаточной“ — оставшейся суммы.
И снова вопрос о пресловутой мастерской Лампи. Каким образом Боровиковский мог ее содержать, если масштабы его требований к вознаграждениям за работу так ничтожно малы. Письмо А. Н. Воронихина вызывалось, в частности, тем, что художник просил о прибавке к первоначальной договорной сумме… по 50 рублей за образ. По всей вероятности, подобная просьба вызывалась каким-то непредвиденным и не по его вине возникшим усложнением работы, иначе Боровиковский никогда не позволил бы себе изменить установленным условиям, и касалась только образов главного иконостаса. Таким образом, речь шла о ничтожной прибавке в 300 рублей, вполне заслуженной, с точки зрения архитектора, и тем не менее не полученной художником. Сменился в очередной раз президент Академии — А. С. Строганова не стало в год освящения собора, — не могло не измениться и отношение к не связанному с Академией Боровиковскому, тем более что повелением Александра изменился самый принцип руководства ею: „чтобы Академия впредь управляема была вице-президентом под ведением г. Министра Народного Просвещения“. Исключительное положение сменялось положением рядового подведомственного министерству учреждения со всеми неизбежными бюрократическими последствиями.