Чтобы продемонстрировать национальное единство в борьбе против папы, Филипп IV в июне 1302 года пригласил в Париж представителей трёх сословий – духовенства, дворянства и горожан. В Лувре состоялось собрание, на котором было принято решение о созыве Вселенского собора с целью низложения папы.
Студентам-францисканцам, учившимся в университете, учинили допрос, кого они поддерживают – папу или короля? Приблизительно половина францисканцев, а именно восемьдесят семь человек, и среди них был Дунс Скот, отказались отречься от папы. Всех их выгнали из университета и велели в трёхдневный срок покинуть Париж. В ответ папа Бонифаций VIII запретил Парижскому университету присваивать степени по теологии, гражданскому и каноническому праву.
Дальнейшая судьба Бонифация VIII сложилась трагично. Он готовился опубликовать буллу, в которой объявлял отлучение Филиппа IV от церкви. Узнав о намерениях папы, Филипп приказал арестовать Бонифация VIII. Папу схватили в Италии, недалеко от Рима, в его родном городе Ананьи. Во время ареста были разграблены дворцы, принадлежащие племянникам папы, и сожжён кафедральный собор. Через три дня сторонники папы сумели его освободить и привезти в Рим. Папе в это время было 86 лет. Полагают, что в Ананьи его пытали, и в Риме папа уже был сломленным человеком. Он ничего не ел, бился головой об стену, боялся любого, кто пытался приблизиться к нему. Через месяц папа Бонифаций VIII скончался.
Следующий папа, доминиканец Бенедикт XI, пробыл на папском престоле всего восемь месяцев, его отравил какой-то молодой монах. В 1305 году папой был избран архиепископ Бордо Бертран де Го, взявший имя Климента V. Новый папа в Рим не поехал. Он вызвал кардиналов во Францию, и церемония вступления в должность происходила в Лионе в присутствии французского короля. Климент V вообще никогда не был в Италии. В 1309 году он выбрал своей резиденцией Авиньон. Город находился под контролем Франции, хотя формально принадлежал Королевству Неаполя и Сицилии. Так началось авиньонское пленение римских пап.
Когда папа Бонифаций VIII умер и страсти ненадолго улеглись, Дунс Скот возвратился в Париж, защитил докторскую диссертацию и начал преподавательскую деятельность. Однако он вскоре покинул Францию. Совершенно неожиданно в 1307 году Дунс Скот был отозван орденом и направлен в Кёльн. Возможно, руководство ордена желало оградить его от каких-то враждебных действий французов. Рассказывают, что во время прогулки со своими учениками, Дунс Скот получил письмо от главы францисканского ордена. Едва успев прочесть письмо, он немедленно отбыл из Парижа. Далее биография Дунса Скота становится совсем невнятной и быстро обрывается. В Кёльне он недолго преподает и в ноябре 1308 года умирает, отчего – неизвестно. Дунс Скот был похоронен во францисканской церкви вблизи Кёльнского собора.
Как видите, большую часть биографии Дунса Скота занял рассказ о Бонифации VIII. Тут ничего не поделаешь. Биографические сведения о Дунсе Скоте настолько скудные, что одно время считали, что такого человека вообще не было, а его имя выдумали францисканские оппоненты Фомы Аквинского и использовали в качестве собирательного псевдонима.
Великий философ всё-таки существовал, на то есть неоспоримые доказательства в университетских реестрах, францисканских архивах и письмах современников.
Основные работы Дунса Скота носят названия по месту его преподавательской деятельности: «Оксфордское сочинение», «Кембриджское сочинение», «Парижские сообщения». Все его работы, хотя и в разной степени остались незавершёнными.
Как и все схоласты Дунс Скот видел своё предназначение в постижении и прояснении вопросов веры. В своём трактате «Бог и его создания» он приводит слова из Екклесиаста (1:8): «Все вещи трудны», сказал Соломон, и тут же указывает на причину, почему он так считает: «Потому что язык человека не в состоянии их объяснить». (Отметим, что цитата Дунса Скота не совпадает с русским классическим переводом библейской фразы.)
Дунс Скот поставил себе цель защитить христианство путём более точных формулировок положений католического учения.