При всех своих разногласиях с образованными итальянцами Павел II значительно укрепил Папское государство. Два военачальника Федерико Монтефельтро и кардинал Фортегуерри защищали владения папы от возможных нападений. Что касается Федерико Монтефельтро, то он воевал на стороне папы недолго. Как можно заметить, портрета Павла II не было в Студиоле Федерико Монтефельтро. Основные расхождения Федерико с папой начались, когда Павел II, воспользовавшись смертью правителя Римини Сигизмондо Малатесты, решил прибрать к рукам его земли. Владения Малатесты граничили с герцогством Урбино. Намерения Павла II составляли серьёзную угрозу для Монтефельтро, так как его герцогство оказалось бы в окружении папских владений. Не надо быть большим стратегом, чтобы сообразить, кто будет следующим в планах папы. И Федерико поспешил на помощь сыну Сигизмондо Малатесты Роберто Малатесте. Операция завершилась полным разгромом папского воинства, пленением высокопоставленных офицеров, захватом знамён, снаряжения, повозок, артиллерии.
О взаимоотношениях Федерико Монтефельтро и Роберто Малатесты написано несколько книг. Военная слава Роберто Малатесты практически не уступала славе Федерико Монтефельтро. Римини и Урбино постоянно враждовали и оспаривали граничные территории. К концу своей жизни Федерико почти утроил территорию своего герцогства, в основном за счёт земель Римини. Но перед угрозой полного подчинения своих территорий церкви у обоих правителей сработал инстинкт самосохранения и они временно объединились. Чтобы скрепить союз, Роберто женится на дочери Федерико. В дальнейшем соседи-кондотьеры часто оказывались воюющими друг против друга. Если одна из конфликтующих сторон нанимала Федерико, другая спешила заполучить Роберто Малатесту.
В сентябре 1467 году по рекомендации Виссариона папа Павел II сделал Франческо делла Ровере кардиналом. Первые поздравления прибыли от кардинала Виссариона.
Кардинал Франческо делла Ровере вёл образ жизни, отличающийся от идеалов францисканского ордена. Нищенство, проповедуемое францисканцами, не приносило власти. Для власти нужны деньги. В течение первых четырёх лет кардинальства Франческо делла Ровере приобретал собственность и заводил знакомства среди влиятельных светских правителей.
26 июля 1471 года папа Павел II умер. 7 августа собрался конклав кардиналов. Многие прочили на папский престол кардинала Виссариона. Более всего за его кандидатуру ратовали венецианцы. В 1470 году турки захватили самую важную колонию Венеции остров Эвбей, и султан Мехмед II грозил покончить с Венецией, как он покончил с Византией. Пребывание на апостольском престоле главного сторонника крестового похода давало венецианцам надежду на поддержку со стороны итальянских государств. Едва известие о смерти Павла II достигло Венеции, они отправили письмо своему послу при дворе Федерико Монтефельтро для передачи герцогу. Федерико Монтефельтро всегда считался другом Виссариона. В письме вместе с изъявлением бесконечного уважения правителю Урбино венецианцы выражали надежду на его помощь в избрании греческого кардинала. Однако поддержки Монтефельтро не хватило. Другие светские властители хотели видеть на апостольском престоле других кандидатов. Например, могущественный герцог Милана Галеаццо Мария Сфорца поддерживал Франческо делла Ровере.
Хотя информация об избрании папы всегда держится в большом секрете, некоторые подробности выборов становятся известными. Такие сведения добывают, например, дипломаты, крайне в них заинтересованные. Предположительно события во время конклава развивались следующим образом. Кардиналы Орсини, Гонзаго и Борджа предложили Виссариону свою поддержку при условии выполнения определённых условий. Речь шла о выгодных для них назначениях. Кардинал Виссарион торговаться отказался. Тогда они обратились с теми же предложением к Франческо делла Ровере, и тот пообещал им всё, что они просили. Когда наутро 9 августа объявили результаты голосования, то оказалось, что новым папой избрали Франческо делла Ровере. Он принял имя Сикста IV. Некоторое подтверждение такой трактовки событий можно найти в изменении отношений между Виссарионом и Сикстом. Сразу после конклава отношения Виссариона и нового папы не просто испортились, а стали враждебными. Однако публично Сикст IV всегда выказывал уважение своему бывшему покровителю. Портрет кардинала на одной из фресок Сикстинской капеллы тому свидетельство.
Как и многие его предшественники, Сикст IV попытался организовать крестовый поход. Он направил своих легатов в европейские страны. В Бургундию и Францию Сикст IV послал Виссариона. Правда, тот факт, что Сикст IV отправил Виссариона во Францию и Бургундию, многие объясняли желанием Сикста убрать из Рима влиятельного кардинала. Миссия Виссариона оказалась бесполезной. Он вернулся больным и усталым. В ноябре 1472 года кардинал Виссарион скончался.