Без активного участия Венеции шансов у крестового похода не было. Но пока венецианцам не грозила непосредственная опасность, они не собирались воевать с могущественным соседом. Они договаривались с турками и старались их не провоцировать. Всё изменил переход Боснии в руки турок. Завоевания турками подконтрольных Венеции территорий делало войну Венеции с турками неизбежной. Но это не означало, что европейские правители горели желанием присоединиться к Венеции – своему давнему врагу и сопернику. Чем хуже для Венеции, тем лучше для них. Ненависть к Венеции была неизлечимой.
В июле 1463 году Пий II отослал Виссариона в Венецию. От имени папы Виссарион обещал помощь и убедил венецианцев объявить войну туркам.
20 октября венецианцы торжественно объявили крестовый поход. В течение семи месяцев Виссарион трудится вместе с венецианскими властями над разработкой планов военных действий.
Папа Пий II умер в Анконе. Кардинал Виссарион оказался среди очень немногих деятелей, готовых продолжать войну. Большинство считали смерть Пия II, посланную небом как выход из запутанной и опасной ситуации, так как полагали, что политика Пия II провоцировала турок, впрочем, как и Собор во Флоренции, и подписанная уния. После смерти Пия Венгрия и Венеция решали свои проблемы с турками в одиночестве.
24 августа 1464 года состоялись выборы нового папы. Двадцать кардиналов предприняли попытку ограничить авторитарную власть папы. Кардиналы составили документ, который каждый подписал до выборов. Все поклялись, что если именно его изберут папой, он совершит следующее: продолжит войну с турками, в течение трёх лет соберёт Собор, ограничит в будущем число кардиналов и будет с ними советоваться по основным вопросам.
Если бы соглашения соблюдались, папа превратился бы из всесильного властителя в председателя коллегии кардиналов. Как только Павла II избрали, он вызвал по очереди всех кардиналов и заставил подписать иное соглашение. Виссарион отказался. Когда он стал уходить, папа затащил его обратно в комнату, запер комнату на ключ и стал угрожать отлучением от церкви. В конце концов, Виссарион бумагу подписал.
Натиск папы выдержал только кардинал Хуан де Карваял, заявивший, что он не собирается в старости унижать своё достоинство.
Виссарион удалился в монастырь Грота-Феррата и предался там учёным занятиям. Греко-католический монастырь находился на месте бывшего Тускулана. Когда-то сюда удалился Цицерон после Фарсальской битвы.
12 июля 1470 года, после месячной осады, турки взяли город Негропонте (Халкис) и тем самым завоёвали греческий остров Эвбей. Из-за оказанного сопротивления, турки полностью вырезали население города. Второй по величине греческий остров до катастрофы принадлежал венецианцам. Он достался им в результате дележа Византии после Четвёртого крестового похода и считался жемчужиной их колониальной империи.
Шок после взятия Негропонте в Италии был такой же, как после взятия Константинополя. Остров загораживал проход вражеских кораблей к берегам Италии. Кардинал Виссарион писал: «Турецкий флот скоро будет в Бриндизи, затем в Неаполе, а затем в Риме. С поражением венецианцев турки будут править на море так же, как они сейчас правят на суше». В Европе возникла паника.
Дож Венеции Кристофоро Моро разослал открытые письма всем итальянским правителям, в которых описывал ужасы, творимые турецкими войсками.
В Италии опять заговорили о Крестовом походе. Виссарион рассылал письма с призывами к главам европейских государств, но после смерти Пия II власть и влияние Виссариона сильно уменьшились, а желание воевать у европейцев, несмотря на близкую опасность, не увеличилось.
Совершенно неожиданно удар по престижу Виссариона нанёс выдающийся греческий переводчик Георгий Трапезундский. Работая в римской курии, он переводил работы Платона, Аристотеля, а также труды отцов православной греческой церкви. В своём трактате «Сравнение Аристотеля с Платоном» (