Захват Филиппом II Португалии в 1580 г. столкнулся лишь с видимостью сопротивления, за исключением азорского острова Терсейра, на который испанцы предприняли крупное вторжение. Большинство португальской знати и высшего духовенства поддерживали объединение двух стран. Широкие слои народа и низшее духовенство глухо протестовало, но массы были неорганизованны, подавлены случившимся, и у них не было вождя после катастрофы под Эль-Ксар-эль-Кебиром, которая еще больше ослабила экономику страны, поскольку большие денежные суммы шли на выкуп у мавров пленных. Однако национальное чувство португальцев было довольно сильно, и сам Филипп II был достаточно благоразумен, чтобы на собрании в 1581 г. кортесов, которые официально подтвердили право короля на корону, способствовать достижению договоренности о том, что две колониальные империи будут по-прежнему иметь раздельное административное управление. Уния этих двух иберийских монархий была личной, подобно тому как это было в Объединенном королевстве Шотландии и Англии в лице монархов Стюартов, начиная от восхождения на престол Якова VI (он же английский король Яков I) и до Акта об объединении при королеве Анне. Король Испании Филипп II (он же король Португалии Филипп I) поклялся сохранить португальские законы и язык, советоваться с португальцами при обсуждении всех дел, имевших непосредственное отношение к Португалии и ее заморским владениям, и назначать туда только португальских чиновников. Испанцам было категорически запрещено торговать и селиться в Португальской империи, а португальцам – заниматься подобным в Испанской империи.
Португальцы впоследствии жаловались, что союз их монархии с Испанией был единственной причиной, по которой голландцы, и в меньшей степени англичане, решили напасть на их заморские владения в начале XVII столетия. Эти жалобы, выглядевшие вполне естественно, едва ли были справедливыми. Англичане уже бросили вызов торговой монополии Португалии в Гвинейском заливе в середине XVI в., и нет никакого сомнения в том, что две протестантские морские державы уже были обречены на конфликт с Португалией, когда последняя заявила, что она единственная владычица на океанских просторах к востоку от мыса
Доброй Надежды. Все же факт остается фактом, что именно усилия Филиппа II подавить восстание в Нидерландах и вводимое им периодически эмбарго на голландскую торговлю с Иберийским полуостровом и империей способствовали втягиванию португальцев в войну с северными морскими державами раньше, чем это могло бы случиться. Более того, сильная голландская морская держава, решившая начать войну против своих иберийских врагов в их заморских колониях, которые давали экономические ресурсы Филиппу II на ведение войн во Фландрии и Италии, ставила Португалию, как более слабого партнера в союзе двух держав, в более тяжелое положение, чем Испанию. Война в колониях началась с нападения в 1598–1599 гг. голландских военных кораблей на острова Принсипи и Сан-Томе. По мере того как война со временем распространялась на все новые территории, голландцы все чаще совершали нападения на португальские поселения в Азии, Африке и Бразилии. Почти все они располагались на незащищенных морских побережьях и потому были более уязвимыми для вражеских атак в сравнении с сухопутными твердынями испанских вице-королевств Мексики и Перу, которые невозможно было сокрушить или серьезно им угрожать нападением только с моря.
Голландская экспансия на семи морях в первой половине XVII в. была по-своему выдающейся, как и морская экспансия Португалии и Испании за сто лет до этого. Но нас больше интересует то разрушительное влияние, которое она оказала на Португальскую империю. Тем не менее, обращая внимание на данный аспект этой истории, мы не должны забывать, что голландцы также часто совершали нападения большими силами на испанские колонии. Одновременно с первой атакой на Бразилию флота Вест-Индской компании в 1624–1625 гг. второй голландский флот из 11 судов и 1650 матросов, снаряженный Генеральными штатами и голландской Ост-Индской компанией, прошел через Магелланов пролив и вышел в Тихий океан. Опустошив побережья Перу и Чили, корабли пересекли океан и доплыли до Молуккских островов и Батавии на острове Ява. Это было дерзкое, прекрасно организованное предприятие. Более того,
голландцы, совершая рейды против португальцев в их азиатских владениях, довольно часто, хотя и не совсем удачно, совершали набеги на Филиппины еще до того, как 80-летняя война между Северными Нидерландами и Испанией завершилась подписанием в 1648 г. Мюнстерского договора.