Противостояние между португальцами и голландцами, которое началось с нападения на Сан-Томе и Принсипи в 1598–1599 гг., закончилось захватом в 1663 г. португальских поселений на Малабарском берегу, хотя окончательные условия перемирия были выработаны только шесть лет спустя в Лиссабоне и Гааге. Вплоть до восстановления независимости Португалии, когда королем был провозглашен Жуан IV, герцог Браганса (1 декабря 1640 г.), португальцы и испанцы были союзниками в борьбе с голландцами, но в последующие 23 года португальцам пришлось сражаться на внутреннем фронте с испанцами, а за морем – с голландцами. Рискуя упростить проблему, можно сказать, что эта длительная колониальная война приняла форму борьбы за главенство в торговле пряностями Азии, работорговле в Западной Африке и торговле сахаром в Бразилии. Соответственно, можно сделать вывод, что в итоге борьба окончилась в пользу голландцев в Азии, с ничейным результатом в Западной Африке и победой португальцев в Бразилии. Кратко эти важные события можно подытожить следующим образом.
Голландцы сразу же добились успеха в Ост-Индии, захватив в 1605 г. Острова пряностей, но они столкнулись с упорным сопротивлением португальцев в Тидоре и не встретили отпора в Амбоне. Испанцы в следующем году неожиданно предприняли контрнаступление с Филиппин, в результате которого они захватили и удержали Тидоре и часть Тернате, пока угроза китайского нападения на Манилу не заставила их в 1662 г. вывести с Молуккских островов свои гарнизоны и отказаться от претензий на монополию в торговле гвоздикой в пользу голландцев. После своего изгнания с Молуккских островов португальцы утвердились в Макасаре (Южный Сулавеси), который они использовали в качестве базы в торговле гвоздикой, сандаловым деревом и другими товарами из Индонезии. Португальцам покровительствовали толерантные мусульманские правители Гова и Талло, поступая так вопреки торговым претензиям голландской Ост-Индской компании, которая с 1619 г. имела свою резиденцию в Батавии (Джакарта). Голландцам пришлось организовать две крупные экспедиции против Макасара (в 1660 и 1667 гг.) для того, чтобы изгнать португальцев вместе с представителями британской и датской Ост-Индских компаний. Тем временем голландцы постоянно прилагали усилия для изгнания португальских купцов из азиатских портов от Персидского залива до Японии, и поэтому длинная цепочка португальских береговых поселений, отпадавших одно за другим, значительно поредела. Блокада Малаккского пролива со стороны голландцев в 1634–1640 гг. была отчасти эффективной, и сильная крепость XVI и XVII вв. Сингапур наконец пала в январе 1641 г. С 1638 по 1658 г. были захвачены португальские поселения на побережье Цейлона. Завоевания голландцев в Азии завершились взятием Кочина и других португальских крепостей на Малабарском берегу в 1663 г.
Таким образом, голландская Ост-Индская компания, основанная в 1602 г., удачно обеспечила себе контроль над гвоздикой и мускатным орехом с Молуккских островов, корицей с побережья Цейлона и перцем с Малабарского берега. К 1663 г. голландцы потеснили португальцев, выступавших в качестве посредников в морской торговле между Японией и Аравией, и обеспечили себе ее львиную долю. Голландцы добились монополии в европейской торговле с Японией после того, как португальцы были изгнаны из островной империи правящим военным диктатором из рода Токугава по религиозным и политическим причинам в 1639 г. Единственными местами, откуда голландцы не смогли, несмотря на все свои усилия, вытеснить португальцев, были Макао на побережье Южно-Китайского моря и удаленная группа островов в архипелаге Малые Зондские острова (о. Тимор, о-ва Солор, о. Флорес) в Индонезии. В июне 1622 г. голландцы начали большое наступление на Макао, но оно было отбито с большими потерями его защитниками. Целью другой экспедиции, предпринятой в 1660 г., была Формоза (о. Тайвань). Усилия голландцев отобрать у португальцев торговлю сандаловым деревом на Малых Зондских островах окончились ничем. В основном это объяснялось тем, что сопротивление жителей организовывали местные миссионеры-доминиканцы, которые воодушевляли их и вели в бой. В отличие от голландцев англичане на Востоке ограничивались большей частью оборонительной позицией в отношении португальцев. Хотя Иран в 1622 г. не захватил бы Ормуз, если бы англичане не прислали в помощь шесть больших военных кораблей и опытных канониров. Стремительное продвижение голландцев на Восток встревожило англичан не меньше чем португальцев, что привело к заключению перемирия между англичанами и голландцами вГоав 1635 г. Опасения в отношении голландцев привели также к рабочему соглашению между датчанами и португальцами в Ост-Индии после спорадических и незначительных столкновений между ними в 1619–1631 гг.