28 мая, в тот самый день, когда Трумэн попросил Хопкинса передать Сталину, что он приедет в Берлин 15 июля, президент не ответил на предложения Черчилля отвести вооруженные силы западных союзников в их зоны оккупации еще до конференции. Однако Эйзенхауэр и его штаб докладывали, что, несмотря на благополучное пока еще положение немцев, близилась зима, Германии угрожали голод и болезни, и поэтому было необходимо принять программу помощи для гражданских жителей. Дж. Уайнанту были даны инструкции обратиться с предложением к своим коллегам по европейской консультативной комиссии организовать совместную встречу главнокомандующих четырех зон в Берлине не позднее 1 июня. Они должны были подписать и опубликовать Декларацию о поражении Германии и взятии на себя верховной власти в стране. Следующим их шагом, по мнению правительства США, должно было стать создание Контрольного совета, который должен был заняться всеми текущими делами Германии. Советское правительство поддержало это предложение. Эйзенхауэр поторопился сообщить британцам и французам о согласии Молотова. Однако он рекомендовал отложить встречу на несколько дней, чтобы лучше к ней подготовиться.
Эйзенхауэр обратился за инструкциями (2 июня), так как предвидел, что одним из вопросов, предложенных к рассмотрению на планируемой встрече главнокомандующих в Берлине, будет вопрос о времени начала вывода американских войск из советской зоны оккупации. Возможно, русские поставят образование Контрольного совета, работающего на постоянной основе в Берлине, в зависимость от вывода войск. Любое промедление с его образованием могло вызвать негативную реакцию общественности. Эйзенхауэр подчеркнул, что он до сих пор не получил инструкций по выводу войск. Было бы крайне желательным, чтобы американский и британский главнокомандующие получили бы их до встречи в Берлине.
Объединенный комитет начальников штабов, с одобрения Трумэна, поставил Эйзенхауэра в известность, что не следует выдвигать требование о передислокации войск до начала работы Контрольного совета и до занятия секторов в Берлине. Если русские зададут этот вопрос, то им следует ответить, что эта проблема должна решаться на Контрольном совете. Если будет задан вопрос о времени передислокации вооруженных сил США, то Эйзенхауэру следует ответить, представив это как собственное мнение, что все будет зависеть от военной необходимости.
5 июня четыре главнокомандующих встретились в Берлине, где подписали Декларацию о поражении Германии и взятии на себя верховной власти в отношении Германии.
Затем маршал Жуков, советский главнокомандующий, спросил, имеются ли какие-либо предложения по повестке встречи. Эйзенхауэр предложил: «Необходимо учреждение Контрольного совета». Жуков ответил отказом. Он сказал, что это невозможно, пока американские войска не будут выведены из районов в советской зоне оккупации, которые они занимают незаконно. «Почему же тогда, — сказал Эйзенхауэр, — не обсудить оба этих вопроса?» — «Нет, — ответил Жуков. — Я не могу обсуждать первый вопрос, пока не решен второй». Он заявил, что не намерен рассматривать предложение Эйзенхауэра, пока все вооруженные силы союзников в Германии не будут размещены в своих зонах оккупации или, по крайней мере, пока не будет определена дата этой передислокации. И, добавил он, пока не будет разделен на секторы Берлин, включая установление границ французской зоны.
Это означало, что Контрольный совет не мог немедленно начать свою деятельность. Это означало, что в течение ближайших решающих недель не будет создана совместная организация для контроля над Германией и не будут поставлены задачи для всех трех сторон для установления необходимых связей с побежденными немцами.
Эйзенхауэр доложил Объединенному комитету начальников штабов, что он считает необходимым для американского правительства пойти навстречу советским властям в обоих этих вопросах еще до начала их совместной работы по формированию Контрольного совета. Он не допускал и мысли о каких-либо изменениях в планах, разработанных для Германии. Возможно, система контроля должна была вылиться в соглашение между тремя западными державами о зонах оккупации плюс об отдельной зоне, управляемой русскими, или даже о четырех отдельных зонах.
Как главнокомандующий, так и его политический советник Роберт Д. Мёрфи полагали, что дальнейшее пребывание американских войск в советской зоне оккупации мало что дает. Хопкинс, сделавший остановку во Франкфурте с целью инспекции, сообщил 8 июня президенту и Маршаллу, что Эйзенхауэр был убежден в том, что неопределенность с датой вывода союзных войск с территории, отведенной русским, несомненно, вызовет у них непонимание относительно действий союзников-американцев. Это и дальше будет препятствовать работе Контрольного совета и принятию совместной программы действий в отношении Германии.