Но воеводы Нижнего Новгорода Пушкин и Ададуров остались верными царю. Заперли ворота, привели в боевую готовность стрельцов. И жители отлично видели: от толпы грабителей их городу придётся худо. В помощь воеводам вооружились все, кто мог. Минин отлично владел топором мясника — разрубал для покупателей туши одним ударом. Теперь взял в правую, здоровую руку боевой топор. С приказчиками и подмастерьями у него составился небольшой отрядик. И другие купцы уважали его, признавали командиром. Вместе со стрельцами дежурили на стенах, готовились отражать атаки.
Множество восставших окружили Нижний Новгород. Но кремль был каменный, стены высокие. Оттуда смотрели пушки, ружья. Штурмовать побоялись. Да и не было у бунтовщиков ни порядка, ни командования. Дворяне стали уезжать к Пашкову и Ляпунову. Холопы, крестьяне, мордва увидели, что пограбить город трудно, расходились искать добычу по сёлам. А когда толпы осаждающих уменьшились, воеводы вывели из крепости своих воинов и городское ополчение, прогнали оставшихся.
В Москве первые маленькие победы ещё никого не порадовали. Не до того было. Царю пришлось разделять свои силы. Главную армию во главе с Мстиславским и Воротынским он направил против Пашкова и Ляпунова. Командовать второй армией, против Болотникова, поручил своему брату, Ивану Шуйскому. Но мы уже видели — Мстиславский и Воротынский были отвратительными полководцами. А царский брат Иван — ещё хуже. У Мстиславского и Воротынского рать была большая, встретила восставших дворян возле села Троицкое. Оба воеводы, как и в прошлых сражениях, боялись. Топтались на месте, не начиная битву. А Пашков и Ляпуновы сразу высмотрели, где у противников слабые места, ринулись в атаку. Царская армия не выдержала, побежала. И её разбили.
А рать Ивана Шуйского встретила Болотникова на переправе через реку Угру. Повстанцы полезли через реку. Против них стояли профессиональные воины, открыли огонь из пушек, ружей. Многих перебили, другие тонули. Тут-то можно было скомандовать «вперёд!» и разгромить мятежников. Но брат царя услышал — на помощь Болотникову идут жители Калуги. Это была такая же сбродная толпа, какую недавно разогнал Пожарский маленьким отрядом. Однако воевода испугался, приказал отступать.
Царь заменил такого командующего. Послал против Болотникова своего племянника, Михаила Скопина-Шуйского. Ему было всего 20 лет. Но вот он-то оказался очень хорошим военачальником. Встретил повстанцев на речке Пахре. Их было гораздо больше. Они навалились всей массой. Но это была разношёрстная вольница, в основном крестьяне. Скопин-Шуйский умело расставил свои отряды, лезущих неприятелей косили огнём, рубили саблями. А когда положили множество противников, сами пошли в атаку, погнали их. Только добить не смогли. Другое мятежное войско, Пашкова и Ляпуновых, уже подходило к Москве. Царь приказал своему племяннику срочно возвращаться, оборонять столицу.
А для Болотникова потери ничего не значили. Вместо убитых к нему стекались новые толпы всякого сброда. Он тоже двинулся к Москве, соединился с Ляпуновыми и Пашковым. Вместе подступили к городу. Но москвичи, чтобы выиграть время, схитрили. Объявили — они сдадутся без боя, если им покажут самого «царя Дмитрия». Болотников обрадовался. Срочно послал гонцов в Путивль, к князю Шаховскому. Пускай, мол, «царь» поскорее приезжает из Польши, и победа наша! Но ведь никакого «царя Дмитрия» не существовало!
А тем временем к Василию Шуйскому подоспели подкрепления из Смоленска, Твери, северных городов. Командовать царь назначил Скопина-Шуйского, уже показавшего, как он умеет воевать. Но и дворянское войско Пашкова и Ляпуновых, когда встретилось с повстанцами Болотникова, увидело, что они вытворяют. Режут таких же дворян, грабят, жгут, разоряют. Пашков и Ляпуновы очень не любили Шуйского. Но сейчас ужаснулись — какие у них союзники! Они же так всю Россию распотрошат! Подумав, вступили в переговоры с царём. Он пообещал простить и наградить всех, кто одумается.
Болотников так и не дождался своего «царя Дмитрия». 26 ноября 1606 года приказал штурмовать Москву. Но навстречу из ворот вышли полки Скопина-Шуйского, а войско мятежных дворян неожиданно перешло на их сторону. Пашков и Ляпуновы объявили — на самом деле никакого «царя Дмитрия» нет, его до сих пор никто в глаза не видел. Повстанцев Болотникова разгромили, они покатились прочь. Остановились и укрепились на высоком холме в селе Коломенском. Василий Шуйский и для Болотникова предложил прощение. Обещал принять его на службу, дать высокий чин. Но тот отказался. Он ещё верил в своего «доброго царя».
А Скопин-Шуйский не стал губить воинов в атаках на укреплённую гору. Он приказал подвезти побольше пушек и стал обстреливать противников. Три дня на них сыпались ядра, они не выдержали. Вырвались из Коломенского, стали удирать. Скопин-Шуйский ждал этого, держал наготове конницу. Бросил её в погоню, множество мятежников перебили. За эту победу царь произвёл молодого полководца в бояре.