На восточных окраинах налаживались пути сообщения, ямская служба. Спафарий отмечал, что в Сибири через реки и болота уже были проложены «великие мосты». Все это способствовало дальнейшему развитию внутрисибирских связей и торговли. Рождалось и богатело свое, сибирское купечество. Скажем, енисейский купец Ушаков держал в руках все снабжение Восточной Сибири, поставляя туда до 20 тыс. пудов муки в год. Процветали центры торговли со Средней Азией — Тобольск и Тара, ширился «китайский торг» через Нерчинск. Спафарий описывал торговлю с монголами у Селенгинска: «Мунгалы кочуют везде зело много и торгуют с казаками: продают кони и верблюды и скот, также всякие китайские товары, а покупают у них соболи и иные русские товары».
Конечно, и трудностей хватало. Так, после церковного собора 1666–1667 гг., в Сибирь стали уходить староверы, потом побежали разгромленные разинцы. И разношерстная вольница с Волги, где после восстания стали наводить порядок. Поэтому в 1670 г. был издан указ о запрете принимать в Сибирь новых крестьян и сыске беглых. Но эти меры оказывались неэффективными. Попробуй, сыщи в здешней глухомани! Да и людей тут не хватало, местная администрация была заинтересована в притоке крестьян и ремесленников, и на нарушения указа смотрела сквозь пальцы. Порой случались еще и бунты коренных народов. Так, в 1674 г. восстали тунгусы Киндигирского и Челкагирского родов, истребили несколько отрядов служилых и промышленников. Осадили Баунтовский острог, «пошли валом на приступ… и стрел на острог полетело со всех сторон, что комаров». Гарнизон еле отбился, после чего удалось вступить в переговоры и кое-как замирить мятежников.
Трудно было и на Амуре. Маньчжуры не прекращали попыток выбить отсюда русских. Но и сама по себе жизнь тут была тяжелой. Особенно если переселенцы приходили из Европейской России, не привыкли к сибирскому климату, специфике хозяйствования — люди голодали, гибли от болезней. О драмах подобного рода красноречиво рассказывает в своем «Житии» Аввакум. И, тем не менее, Приамурье заселялось, был основан новый город — Хабаровск. Держалась и вольная казачья община в Албазине, и не без успеха. Царских властей не признавала, принимала беглых, объясачивала в свою пользу местных. Пахала землю, разводила скот. Торговала, покупая боеприпасы. И наскоки китайцев отражала. И прожила независимой «республикой» 19 лет. Но становилось ясно, что рано или поздно маньчжуры ее сомнут. Поэтому в 1674 г. албазинцы били челом государю, «вины свои принесли». Что ж, царь их простил. Послал в знак этого икону Знамения Пресвятой Богородицы. И принял здешних казаков на службу — они составили гарнизон того же Албазина.
Укреплялись дипломатические связи с восточными соседями. В 1675 г. Москву посетило посольство монгольских князей. А для нормализации отношений с Китаем туда отправилась миссия во главе с Николаем Гавриловичем Спафарием-Милеску. Он прибыл в Пекин, передал императору Канси предложения об установлении регулярных связей, расширении торговли. Царь просил и разрешения приглашать на службу китайских мастеров. Но на этот раз Канси был настроен явно недружественно (возможно, сказывалось и влияние советников-иезуитов). Он долго тянул с ответом, выдвигал старые требования очистить Амур, выдать перебежчиков. И Спафарию пришлось уехать ни с чем. Впрочем, не совсем ни с чем. Вернувшись в Москву, он на основе своих наблюдений создал самое подробное на то время описание Китая.
Посольство к Алексею Михайловичу прислал новый властитель Бухары Субхан-Кули. Караваны среднеазиатских купцов, следовавшие в Астрахань, часто подвергались грабежам калмыков, казахов и ногаев. И Бухара обратилась к царю с предложением взять на себя охрану торговых путей и построить на Эмбе крепость с русским гарнизоном. С аналогичным проектом прислал в 1675 г. посольство хивинский хан Ануша. Он выдвигал идею основать русскую крепость на Мангышлаке, изъявлял готовность выделить для нее землю и отрядить для строительства своих подданных. А российское посольство Мухаммеда Юсуфа Касимова (специально выбрали мусульманина) было направлено в Индию к Великому Моголу. Через Бухару оно добралось до Кабула, являвшегося окраиной могольской империи. Но пришлось «не ко двору». Аурангзеб по-прежнему воевал с повстанцами, конфликтовал с европейцами. К русским отнесся подозрительно — а вдруг шпионы? А вдруг тоже влезут и не выгонишь? И принять послов отказался, не пустив их дальше Кабула.