Естественно, произошли перемены в правительстве. Вместо Кирилла Нарышкина приказ Большого Дворца возглавил Иван Милославский. Посольский приказ у Матвеева принял думный дьяк Л. И. Иванов. Михаилу Долгорукову его лояльность пошла на пользу. Он получил Разрядный приказ, а одновременно управлял еще несколькими, которыми номинально руководил его отец — Стрелецким, Смоленским и Хлебным. Возвысился и Василий Голицын. Он был человеком очень образованным, убежденным «западником», но заслуг не имел никаких, кроме верности Милославским и умения им нравиться. В один год он был пожалован в стольники, а потом сразу в бояре, получил под начало Пушкарский и Владимирский судный приказы. А приказ Тайных дел был упразднен вообще. Новому руководству не улыбалось, чтобы царь лично контролировал их деятельность через каких-нибудь «худородных» подъячих.
Но перемены переменами, а государственные дела не ждали. Напоминали о себе старые проблемы, возникали новые. Так, на башкир уже давно оказывало провоцирующее влияние соседство калмыков — ясака не платят, одни тайши неплохо зарабатывают на царской службе, другие — грабежами караванов и русских селений. Многие башкиры тоже приохотились участвовать в этих набегах. А смерть Алексея Михайловича вроде бы освободила их от прежней присяги царю, «междувластие» давало надежды изменить свой статус. Не исключено, что и русские чиновники решили, что при юном Федоре можно вести себя более вольготно, допустили злоупотребления. Как бы то ни было, башкиры под предводительством вождя Сеита восстали, разорили селения в Уфимском и Казанском уездах. В самих Уфе и Казани люди оказались в осаде, для заступничества носили по крепостям явившуюся в это время чудотворную Табынскую икону Пресвятой Богородицы. Правительству пришлось посылать войска, вести переговоры.
Да и Дорошенко, согласившийся на подданство, снова заартачился. От него требовали явиться к Ромодановскому для присяги и сдачи гетманства Самойловичу, он отказывался. Тоже надеялся, что перемены в Москве обеспечат ему передышку. А там, глядишь, и ситуация изменится — поляки начали с турками переговоры о мире. Речь Посполитая, побитая в прошлых войнах, совсем выдохлась. И, как ни парадоксально, толчком к замирению стала победа русских над Дорошенко. Несмотря на то, что совместное приведение «непослушных к послушанию казаков» предусматривалось Московским Союзным постановлением, паны объявляли это нарушением Андрусовского договора, протестовали, шумели: «Вот вам и помощь и дружба царская! Он отобрал у нас всю Украину!» Хотя сами, в общем-то, никакой надежды изгнать турок с Правобережья не имели. Но русофобство у «союзников» явно брало верх над здравым смыслом. И если Вишневецкий за условия Бучачского мира слетел с престола, то теперь Собесский готов был отдать почти все Правобережье до Волыни и Галиции. И никакого национального оскорбления это не вызывало. Пускай турки русских обломают!
А Дорошенко оставалось тянуть время, пока его покровители «освободятся». Это было опасно. Утвердившись на Днепре, Порта угрожала бы Левобережью и югу России. И было чревато новыми смутами на Украине — ведь Чигирин, занимая ключевое положение между Киевом и Запорожьем, являлся признанной казачьей «столицей». Говорили: «При ком Чигирин и Киев, при том и казаки». Разрубить этот узел требовалось немедленно, опередить турок. Правда, части, распущенные на отдых, еще не собрались. По «наряду» у Ромодановского в подчиненных ему войсках Белгородского и Севского полков (округов) значилось 52 600 бойцов, а налицо было 32 тыс. Тем не менее в июле царь направил воеводе приказ: «Идти за Днепр к Чигирину!» Турок при этом, как и прежде, требовалось не задевать. Вступать с ними в бой только в случае, если сами полезут. Для нейтрализации Крыма применили испытанный прием — казачий удар. Грамота царя пошла в Запорожье, а в Черкасск «для благословения храбрых и благочестивых» донцов была послана чудотворная Курская-Коренная икона Богородицы.
Армия Ромодановского двигалась медленно, вбирала отставшие отряды из Путивля, Рыльска, Белгорода, Нового Оскола, везла обозы и тяжелую артиллерию. Но чтобы не упустить время, воевода загодя, не доходя 200 км до Днепра, выслал вперед 15-тысячный конный корпус генерала Косагова и три казачьих полка генерального бунчужного Леонтия Полуботка. Налегке они быстро достигли переправ, форсировали Днепр и вышли к Чигирину. Дорошенко попытался дать бой на подступах — его сшибли с позиций первой же атакой. Многие его сторонники разбежались. У него осталось лишь 2 тыс. бойцов. Успел послать призывы о помощи к татарам и туркам, но султанская армия стояла далеко, за Днестром. А татар клевали донцы и запорожцы.