Ну а почва, подготовленная Хованским и действиями Натальи, оказалась очень благоприятной для Милославских. Глава клана Иван Михайлович, сказавшись больным, сидел дома, а от него в полки сновали агитаторы: Одинцов, Цыклер, Толстой, Чермный, Озеров, Петров, вдова Семенова. Сеяли ненависть к Нарышкиным, налаживали агентуру. Милославские в период пребывания у власти стали для многих благодетелями и покровителями, легко находили сторонников, которые принялись сколачивать боевые группы из самых буйных головушек. Матвеев прибыл в Москву только 11 мая. Но… столичные вельможи тоже стремились заручиться его расположением. Пошли пиры, визиты. Присылали к нему делегации и стрельцы — старослужащие помнили Матвеева, считали хорошим и справедливым начальником, жаловались на «неправды». Он их принимал, угощал вином, обещал разобраться, когда войдет в курс дел.
Но Милославские, опасаясь его мести за прошлое, ждать не стали. Рано утром 15 мая Александр Милославский, Петр Толстой и Санбулов начали поднимать стрельцов, крича, что царя Федора через лекарей-иноземцев умертвили Нарышкины, а теперь они убили Ивана, законного царя. Распространяли список «изменников», куда вошли около 30 сторонников Нарышкиных. Стрельцы повалили в Кремль. По свидетельствам современников, их масса была неоднородна. Одни шли строем, со знаменами и иконами, другие стекались толпами и группами. В таких группах многие вооружились бердышами, для удобства обрубив древки — заранее готовились проливать кровь в узком пространстве коридоров и комнат. А Сухарев полк (единственный) вообще не принял участия в бунте. Слухи искажались. Кричали уже о том, что бояре-изменники убили обоих царевичей, требовали выдачи виновных. Наталья вывела на крыльцо Ивана с Петром, и возникло недоумение — оба живы и здоровы.
Вышел увещевать патриарх, потом Матвеев. Сторонники Хованского подстрекали напасть на него, но не получилось. Матвеев говорил ласково, и стрельцы просили у него заступиться перед царем за ошибочный бунт. Он пообещал, счел инцидент исчерпанным и удалился во дворец. Но… офицеров, чтобы скомандовать «кругом, шагом марш», не было. Единственными предводителями стрельцов остались смутьяны, снова начавшие бузить. Из начальства вмешался только Михаил Долгоруков. Попытался в одиночку перекричать толпу и скомандовать расходиться по домам. Чем и воспользовались поджигатели. Ах, мол, опять орать на нас? Значит, все по-старому? Михаила схватили и сбросили с крыльца на копья. А когда пролилась первая кровь, агенты Милославских, понимая, что терять им нечего, ринулись во дворец, вытащили и убили Матвеева. Покатилась резня «по списку», которую, независимо друг от друга, направляли люди Милославских и Хованского. К ним примкнула часть сбитых с толку стрельцов, организовались шайки убийц.
Бегали и искали «изменников» по дворцу. Повод бунта уже был забыт — царевичей и Наталью грубо отшвырнули в сторону. Петр был забрызган кровью родных, как раз тогда он получил тяжелый нервный шок, дававший о себе знать всю жизнь. Другие шайки разошлись по Москве, перепились. Стольника Федора Салтыкова убили, спутав с Афанасием Нарышкиным — отнесли к отцу и извинились. Ошиблись, мол. Потом отца тоже убили. У погромщиков хватило наглости явиться к старику Юрию Долгорукову. Дескать, пришлось сына твоего порешить. Он выдержал. А когда ушли, стал успокаивать рыдающую вдову Михаила: «Не плачь! Щуку они съели, да зубы целы, быть им всем на плахе». Холоп услышал, догнал стрельцов и донес. Они вернулись и после глумлений убили полководца, выбросив изрубленный труп на мусорную кучу.
Возле Посольского приказа пьяные стрельцы схватили и непобедимого военачальника Григория Ромодановского с сыном Андреем, недавно вернувшимся из плена. Потащили за волосы и бороду, били, потом подняли на копья с криками: «Любили величаться, вот вам и вознаграждение!» Погибли брат царицы Афанасий Нарышкин, Языков, стольник Василий Иванов, думные чины Иван и Аверкий Кирилловы, Илларион Иванов с сыном, офицеры Горюшкин, Юренев, Дохтуров — всего более 100 человек, в том числе случайные лица. Громили приказы, дома, кабаки. На следующий день кошмары продолжились. Поймали лекарей Гадена и Гутменша, подвергли пыткам, и они наговорили невесть что на себя и на других, после чего были убиты. Банда, осадившая дворец, настаивала на выдаче Ивана Нарышкина, спрятанного царицей. И Софья холодно и довольно цинично потребовала от Натальи пожертвовать братом. Ему позволили помолиться и причаститься, а потом вытолкнули к стрельцам. Его тоже пытали, требуя подтвердить отравление Федора и покушение на царевича Ивана. Но он вынес все мучения и был изрублен на куски.