По запросу Карпова IV Европейский отдел МИД СССР 24 января 1948 г. представил в Совет заключение, в котором пояснялась позиция чехословацких властей относительно создания в стране единой Православной Церкви. Секретарь ЦК Коммунистической партии Чехословакии Р. Сланский заявил, что он «исключает даже постановку вопроса об объединении православных церквей с Национальной чехословацкой церковью…, потому что для этого нет никакой базы и из этого ничего не выйдет». Допускалась только возможность кооперирования усилий этих Церквей «в вопросах отношения к славянам и различным прогрессивным мероприятиям, но не более». Позиция Сланского отражала понимание руководством страны сложности положения в Чехословацкой национальной Церкви, в которой наблюдались антиправославные настроения, и которая с 1920-х гг. эволюционировала в сторону протестантизма. Кроме того, чехословацкое руководство рассматривало возможность использования этой Церкви в борьбе с католицизмом. Могло повлиять на позицию правительства и устоявшееся представление о Православной Церкви как «эмигрантской» по составу.[220]
Чехословацкая Православная Церковь все-таки приняла участие в Московском совещании, хотя и в качестве экзархата. В марте 1948 г. архиепископ Елевферий присутствовал в Бухаресте на похоронах Румынского Патриарха Никодима (Мунтяну). При этом он провел успешные переговоры с представителями Румынской и Болгарской Церквей о перспективе их участия в Совещании глав и представителей автокефальных Православных Церквей в Москве. 9 марта Владыка изложил эти события в подробной докладной записке в Совет по делам Русской православной церкви.[221]
26 апреля 1948 г. экзарх был удостоен права ношения креста на клобуке.С 8 по 18 июня 1948 г. архиепископ Елевферий во главе чехословацкой делегации был участником юбилейных торжествах в честь 500-летия автокефалии Русской Православной Церкви в Москве. Он также принял участие в состоявшемся после окончания торжеств Совещании глав и представителей Поместных Православных Церквей. 18 июля 1948 г. указом Патриарха Алексия Владыка Елевферий был возведен в сан митрополита.[222]
В том же году экзарх вел сложные переговоры об объединении с Православной Церковью чешских старокатоликов. Архиепископ Савватий, который уже вел подобные переговоры в 1936 г., написал Владыке Елевферию, что один из чешских православных священнослужителей хочет быть их архиепископом восточного обряда, но для старокатоликов нужен и епископ западного обряда. Экзарх описал свое видение проблемы в докладной записке от 19 июля 1948 г., отметив, что переговоры продвигаются медленно. Митрополит считал, что Старокатолическая Церковь должна стать «автономной единицей» Православной Церкви с сохранением западного обряда, ее «верховным предстоятелем» должен быть Патриарх Московский и всея Руси с обязательным поминанием его за богослужением.[223]
В конечном итоге эти переговоры закончились неудачей. В письме Патриарху Алексию от 1 августа 1949 г. экзарх отмечал, что главным препятствием несостоявшемуся объединению, видимо, была невозможность принятия в сущем сане старокатолических священников, женившихся после рукоположения.[224]На основании новых церковных законов Православная Церковь в Чехословакии получила равные права с другими конфессиями. В конституции страны, принятой 9 мая 1948 г., была продекларирована свобода совести, а в 1949 г. оказался принят закон «О государственном материальном обеспечении церквей и религиозных общин», согласно которому устанавливался механизм выплаты дотаций религиозным организациям. В отличие от СССР, социалистическое государство в Чехословакии финансировало духовенство, административные расходы церковных управлений и богословские факультеты. Право на подобное обеспечение существовало только у религиозных организаций, имевших официальную регистрацию. Священнослужители получали от государства ежемесячное жалование, имели пенсионное и медицинское страхование и некоторые другие социальные гарантии, им также предоставлялись приусадебные участки, обрабатывать которые должны были сами священники или члены их семей.[225]
7 декабря 1949 г. решением епархиального собрания Чешская епархия была разделена на две: Пражскую и Оломоуцко-Брненскую. Епархиальным архиереем первой из них остался митрополит Елевферий, а Оломоуцко-Брненским епископом был избран сподвижник епископа Горазда, пострадавший от репрессий нацистов, протоиерей Честмир Крачмар, принявший монашество и возведенный в сан архимандрита, хиротония которого состоялась 5 февраля 1950 г. с участием митрополита Крутицкого и Коломенского Николая (Ярушевича).[226]