После этого он не решился продолжать путь один, так как спутник его иеромонах Израиль, не пожелав путешествовать далее, определился в одном из Российских монастырей. После некоторого раздумья и колебаний и сам Иоанникий решился возвратиться снова в Глинскую пустынь. Но здесь в его отсутствие ненавистники его успели еще более оклеветать его перед настоятелем. Посему, когда он возвратился в пустынь, настоятель не принял его и на глаза, причем и братии запретил принимать его в свои келлии, а гостиннику приказал даже выгнать Иоанникия из гостиницы. «Когда выгнали меня из монастыря, – рассказывал впоследствии сам Иоанникий, – была уже ночь. Вышел я за святые ворота и, обратившись, взглянул на то святое место, где не так давно был вчинен в лик иночествующей братии, но откуда теперь я так позорно изгоняюсь, как злодей! Неизобразимая горесть разлилась в душе моей!.. Предо мной был целый мир, а я не имел где главы преклонить! Опустившись на землю, я горько зарыдал... и рыдал долго... Слезы несколько облегчили мое сердце, и я стал рассуждать, что мне теперь делать и где ночевать. Не знал я, на что решиться: до деревни идти по лесу в темноте ночной было страшно; и под оградой, окруженной лесом, ночевать тоже небезопасно, тем более, что лес был густой, и я знал, что в нем часто бродили звери. Долго я боролся с помыслом – удалиться ли от ограды обители и идти до деревни или остаться на ночь под оградой; решился на последнее. Если угодно Господу прекратить дни моей жизни, думаю себе, то пусть звери растерзают меня, но растерзают здесь, под оградой святой обители. Между тем некоторые из старшей братии, сожалея обо мне, решились пойти к настоятелю и просить его о принятии меня в число братии. И так, оставшись на ночь под оградой, я томился от горести и, наконец, почувствовал изнеможение. Сотворив молитву, я, сидя на земле, склонился на сумку и хотел заснуть; долго я лежал, но заснуть не мог: различные помыслы, как черные тучи, надвигались на мою душу и давили меня. Время приближалось к полуночи, и на меня стал нападать какой-то особенный страх; страх этот все усиливался и, наконец, до того овладел всем моим существом, что я едва мог переводить дыхание. Находясь в таком положении, я начал усердно молиться Пресвятой Богородице и просить Ее помощи... Слышу: на колокольне пробило 12 часов; в это время отворилась калитка, ко мне вышел монастырский духовник и начал звать меня: «Иоанникий, где ты?» Я отозвался, и он объявил мне, что настоятель принимает меня снова в обитель, а послушание назначает на братской кухне. Какова же была моя радость! Я не находил слова, как благодарить Царицу Небесную»!