Два месяца монах Иоанникий трудился на кухне, неповинно неся епитимию. Наконец, настоятель убедился в его невинности и скоро представил к рукоположению во иеродиакона. 1824 г. ноября 12-го Иоанникий был рукоположен в сан иеродиакона преосвященным Владимиром, епископом Курским и Белгородским. С какой чистотой сердца и с каким благоговением приступал он к Таинству священства, об этом можно судить по действию на него благодати во время хиротонии. Когда архиерей возложил руку на голову его, призывая Духа Божия на проручествуемого, он ощутил, что через голову в сердце его полилась какая-то сладостная теплота и разлилась по всему телу. Сердце его исполнилось несказанной радости, так что он даже изменился в лице. Архиерей заметил в нем перемену и часто посматривал на него в продолжение Божественной литургии. Во время причащения Святых Тайн, он, стоя за престолом между прочими диаконами, был в восхищении и сподобился созерцать чудное видение, открывшееся его умственным очам. Впоследствии при одном воспоминании об этом он переносился умом к виденному, прерывал рассказ на некоторое время и как бы погружался в самого себя: тогда лицо его принимало чрезвычайно благоговейное выражение, которое ясно показывало, каких благоговейных чувств была исполнена его душа. Не всем он рассказывал об этом видении, по своему смирению, но близким по духу иногда говорил о нем даже подробно. «Когда я стоял за престолом, – рассказывал так старец, – вдруг все, окружающее меня, как бы стушевалось и сделалось невидимо; внезапно очутился я в каком-то пречудном храме, осияваемом неизреченным светом. Человеческий язык не может изобразить несказанную красоту и величие того пречудного нерукотворенного храма. На горнем месте была какая-то светлая возвышенность, но ее скрывала распростертая, как бы невещественная завеса. Сияние, выходившее из-за завесы, разливало свет по чудному храму. Я стоял в трепетном ожидании чего-то, устремив все мои душевные чувства к горнему месту. Какой-то тайный голос говорил мне: «Там Господь!». Вдруг огненная рука простерлась отнять завесу; при виде этого, душа моя переполнилась благоговейных чувств, и я громко воскликнул: «О, Господи!» Протодиакон, стоявший рядом со мной, толкнул меня; как бы очнувшись, я в полусознании начал осматриваться кругом себя, не понимая хорошо, что со мной происходит. Пришедши в себя, вижу, что архиерей, стоя перед престолом, причащается Святых Тайн, а прочие священнослужители, стоя в порядке, смотрят на меня с удивлением».
Упражняясь всегда во внимании, усиленно охраняя себя от приражения мысленных при логов вражиих, Иоанникий достиг в душевном состоянии той степени чистоты, на которой сподобляются духовных откровений. Не раз впоследствии рассказывал старец своим близким, для возбуждения в них духа ревности, о тех откровениях, которые были показаны ему в дивных сновидениях.