Занимая письмоводительское послушание в Домницком монастыре, Иоанникий часто ездил в г. Чернигов по делам монастырским к преосвященному Лаврентию, управлявшему тогда Черниговской епархией. Не раз представляясь лично, он просил преосвященного отпустить его на Афонскую гору или на север в Соловецкую обитель, чтобы там окончить жизнь свою в монашеском звании. Но преосвященный, видимо, предубежденный против него, не только не хотел уволить его, но даже и обращался с ним очень сурово, иногда высказывая ему угрозы относительно лишения духовного звания. «Будешь, будешь красную шапку носить!» – говаривал он с оттенком насмешки. С какой горестью выслушивал Иоанникий эти немилостивые слова своего владыки! Уже в старости он рассказывал, что подобные представления его преосвященному были настолько для него тяжелы, что, без помощи свыше, немощный человек не мог бы их перенести своими только силами. Иногда случалось, что владыка давал обещание уволить его и приказывал подать прошение. Прошение подавалось, уплачивался гербовый сбор, тратились последние копейки половинного монастырского жалованья Иоанникия; несколько дней Иоанникий ожидал резолюции без достаточных средств на содержание. И в заключение получал обратно прошение с резолюцией – «в выдаче билета отказать».
Иоанникий пытался с получаемыми назад прошениями являться к архиерею, чтобы напомнить ему об его обещании, но из этого ничего не последовало. А однажды владыка сказал ему: «Да, отпусти тебя на север, а ты поедешь в Петербург, да вздумаешь оправдываться, тогда, пожалуй, и мне могут выйти неприятности. Нет! Не выпущу тебя, пока не наденут на тебя красной шапки». Таким образом, угнетаемый со всех сторон Иоанникий с тяжелой скорбью в душе ожидал окончания своей печальной участи.
Настоятель Домницкого монастыря архимандрит Иов Куроцкий был человек простой и добрый, как отзывался о нем впоследствии Иоанникий. Зная невинное страдание Иоанникия, он сочувствовал ему, утешал его чем мог, часто приглашал его с собой обедать; но он не в силах был снять с Иоанникия того тяжкого бремени, которое тяготило его душу. Таким образом, безнадежность выйти из столь ужасного положения особенно угнетала неповинного Иоанникия; в таких горестях единственным утешением для него, как он впоследствии говорил, была молитва; с ней он всегда обращался к Божией Матери, перед Ней исповедуя свою неповинность, и к Святителю Христову Николаю, которого он в продолжение всей своей жизни считал своим покровителем.
Злосчастное положение, постигшее Иоанникия, началось в феврале 1828 года, когда Анастасий, сбившись с пути иноческой нравственности, начал делать ложные доносы на невинного Иоанникия; с того времени протекло одиннадцать месяцев преследования Иоанникия, предшествовавших тяжкому испытанию, которое ожидало его впереди. А в январе 1829 года получен был указ о поднадзорном его перемещении в Домницкий монастырь, в котором и продолжались его тяжкие душевные страдания до 20 ноября 1831 года. Такое продолжительное время, Божиим попущением, пришлось Иоанникию проходить горнило горьких испытаний; эти последние глубоко врезались в его сердце и живо представлялись ему в глубокой старости. Всегда при воспоминании того времени, он благодарил Бога, подавшего ему помощь перенести эти тяжести. До самой смерти он был сострадательным и соболезнующим ко всем гонимым и оскорбляемым; в таковых принимал он сердечное участие. В 1831 году последовало перемещение преосвященного Лаврентия Черниговского в другую епархию. Настоятель Домницкого монастыря, желая проститься с отъезжающим архипастырем, но в то же время будучи болен, поручил иеродиакону Иоанникию сделать прощальный визит владыке от его (настоятеля) имени и всей братии Домницкого монастыря. После обычных объяснений с владыкой Иоанникий хотел было удалиться; но владыка, остановив его, сказал: «Я, кажется, обидел тебя, давай, брат, простимся!»
На место преосвященного Лаврентия в Черниговскую епархию был назначен высокопреосвященный Владимир, архиепископ Курский и Белгородский, присутствовавший тогда в Святейшем Синоде, который скоро и прибыл на место своего назначения.
Иеродиакон Иоанникий снова был послан в Чернигов, чтобы от лица настоятеля и братии приветствовать вновь прибывшего архипастыря и спросить его благословения. Прибыв в архиерейский дом, Иоанникий случайно встретился с владыкой среди монастыря; представившись владыке и отрапортовав ему о благосостоянии обители, он принял благословение архипастыря и удалился.