Высокопреосвященный Владимир, увидев Иоанникия, видимо заинтересовался им и, желая иметь о нем точные сведения, потребовал к себе своего эконома – архимандрита Петра, чтобы узнать от него об Иоанникии беспристрастный отзыв. Понятно, что дело о нем владыке было известно еще в Петербурге. Архимандрит Петр был человек простой и добросердечный; ему были известны подпольные интриги гонителей Иоанникия, и что сей последний страдает напрасно, а посему он имел к нему душевное сострадание, хотя, ввиду сплотившихся непомерных сил против Иоанникия, не мог ему раньше помочь, а только ограничивался, до возможного времени, сердечным состраданием и утешительным словом. Но когда вновь прибывший архиерей потребовал от него беспристрастного выяснения этого дела, тогда он решился раскрыть перед владыкой подробно о неповинном страдании Иоанникия. При этом высказал, что братия Глинской пустыни, давно знающие о духовном настроении Иоанникия, будучи уверены в его неповинности, просили его (архимандрита Петра) заступиться за него, но, к прискорбию, не было возможности. Архиерей, выслушивая справедливый рассказ старца архимандрита, убеленного сединами, качал головой. Отпустив своего эконома, владыка, вероятно, углубился в размышление об участи, постигшей неповинного страдальца; это видно из того, что он сейчас же решился изменить ее на лучшую. Этот рассказ архимандрита произвел на Иоанникия удручающее действие. Да это и естественно. Как только явился Иоанникий к преосвященному, первый был вопрос владыки.
– Ты давно в Домницком монастыре?
– Около трех лет.
– А где ты постригался в монашество?
– В Глинской пустыни Курской епархии.
– Кто постригал тебя?
– Строитель старец Филарет.
– А рукополагал во иеродиакона кто?
– Вы, Ваше высокопреосвященство, удостоили меня этой степени.
– Я рукополагал тебя? – переспросил владыка.
– Вы.
– Дело о тебе мне хорошо известно; ты желаешь быть иеромонахом?
– Нет, не желаю.
– Почему?
– Лета прошли.
– А сколько тебе лет?
– Тридцать шесть.
– Однако ты старичок, – сказал с улыбкой владыка.
– А если я рукоположу тебя без твоего желания, что ты на это скажешь?
– Ничего не могу сказать, кроме того, что повинуюсь Вашей воле, как воле Божией. При этом осмеливаюсь доложить вам, что я, несчастный, нахожусь под запрещением, и дело обо мне в Святейшем Синоде, известно ли это Вашему Высокопреосвященству?
– Вот я для тебя Синод! – сказал владыка. – Готовься на завтра к рукоположению во иеромонаха! И так паче чаяния Иоанникий был рукоположен во иеромонаха 20 ноября 1831 года.
Совершившийся по воле Божией неожиданный поворот в судьбе Иоанникия настолько поразил его, что он совершенно растерялся, не будучи в состоянии сообразить всего, что с ним происходило. Вышедши по рукоположении из церкви, он забыл явиться даже к архиерею и без всяких видов, удостоверяющих его рукоположение, удалился из Чернигова. Когда он прибыл в Домницкий монастырь, то никто не верил тому, что он рукоположен в иеромонаха; только настоятель знал его настолько, чтобы ему поверить и дозволить совершать богослужение.
20 января следующего 1832 года было предписано указом настоятелю Домницкого монастыря иеромонаху Иоанникию выдать 25 руб. денег из неокладной монастырской суммы на расходы и снарядить тройку лошадей для проезда ему в Чернигов.
По приезде в архиерейский дом Иоанникий немедленно представился высокопреосвященному Владимиру. Владыка спросил его, почему он по рукоположении так поспешно и как бы секретно уехал из Чернигова. «Простите, владыка святой! – сказал Иоанникий. – Неожиданность совершившегося в моей судьбе так меня озадачила, что я растерялся и сделал это в замешательстве, и едва опомнился уже по приезде в монастырь. Владыка, улыбаясь, сказал ему: «Однако хорошо же тебя здесь пугали!» Иоанникий был назначен служить в Крестовой церкви. Впоследствии оказалось, что владыка вызвал его к себе, желая лично убедиться в его качествах. В этих видах некоторым лицам было поручено даже следить за его поведением.