Игумен Иоанникий, будучи настоятелем, очень редко бывал в монастырской гостинице, куда вместе с посетителями-богомольцами часто приезжали окрестные помещики со всеми членами семейства. Нашлись из них такие, которые делали заявление епархиальному архиерею, что будто бы настоятель Рыхловского монастыря неприветлив к приезжающим посетителям, а это может де отвратить благодетелей от обители. Но владыка уже был уверен в благоразумии Иоанникия, а посему не верил такой нелепости. Однажды Владыка сказал ему: «На вас, отец игумен, есть донос, что вы не приветствуете благодетелей и не посещаете их в гостинице».
– Ваше высокопреосвященство! Я от юности избегал знакомств с женским полом, и что теперь, как монах, уклоняюсь от таковых компаний, это сущая правда, а особенно таких, которые приезжают в монастырь для того, чтобы убить праздное время. Человек я еще не старый, а, как монах, долгом считаю строго охранять свои чувства, вот причина моего удаления от знакомства. Благодетели же, которые приезжают в монастырь по истинному усердию помолиться, таковые не будут на меня заявлять жалоб, потому что я таковых не удаляюсь.
– А если обитель от этого действительно потерпит ущерб?
– Я верую в помощь Святителя Христова Николая, что этого не случится.
– Ну если так, – сказал владыка, – я тебя не принуждаю».
В начале своего настоятельства Иоанникий представил к рукоположению в диакона монаха, который исполнял обязанность рухольного. Ставленник после рукоположения явился к владыке принять благословение на путь. Владыка спросил его: «Хорош ли ваш новый настоятель»? «Да, он хорош, – сказал ставленник, – да уж строг без рассмотрения. Вот например: я занимаю послушание рухольного, ко мне приносят женщины продавать разные предметы: холст, нитки, полу су конку и прочее, а настоятель запретил вход в келлию женщинам, и приходится с ними толковать на открытом воздухе, это не совсем удобно». «А! Вот каков он оказался. Обожди же немного, – сказал владыка, – я передам ему письмо». Оно было следующего содержания. «Отец настоятель! Рассматривай повнимательней, кого представляешь к рукоположению, а таких дураков, как этот, больше не представляй». Когда ставленник, прибыв в монастырь, подал письмо от архиерея настоятелю, сей, прочитав, подал прочитать подателю, и при этом спросил: «Что говорил архиерею»? Ставленник сознался во всем; тогда настоятель Иоанникий сказал: «Видишь, как архиерей тебя похвалил, расскажи об этом братии, чтоб кто-либо из них так же, как и ты, не уплелся, и будь покоен, я тебе это прощаю».
Игумен Иоанникий однажды, бывши на своем хуторе, в летнее время пошел с некоторыми из братии покупаться в реке Десне. Купаясь, чуть было не утонул; только чудо спасло его. «Сознавая опасность и борясь со стихией, я обратился молитвенно к Святителю Чудотворцу Николаю, но силы меня совершенно оставили, и я погрузился на дно. Помню, что лежу на дне реки, но сознание меня не оставляет, и я непрестанно призываю Святителя Николая. Я даже начал рассуждать в себе: неужели, думаю, усопший человек может столько времени сохранить в себе сознание? Затем я почувствовал как бы склонность ко сну; мысль промелькнула: значит, наступает смерть! Но при этом дышать сделалось легко и свободно. Как очутился я на берегу, сам не знаю! В чувстве глубокой благодарности припал я к земле, поклонился своему избавителю от смерти Святителю Христову Чудотворцу Николаю. Ей, так», – подтверждал свой рассказ старец Илиодор.
После восьмилетнего управления Рыхловским монастырем, в котором игумен Иоанникий подвизался, не щадя своих сил, он почувствовал, что здоровье его стало ослабевать. Посему он решился оставить должность настоятеля и лично просил об этом высокопреосвященного архиепископа Черниговского Павла, бывшего во время осмотра своей епархии в Рыхловском монастыре. Высокопреосвященный Павел не пожелал его уволить. «Потрудитесь еще, – говорил владыка, – если почувствуете ухудшение, тогда дело видно будет. Старайтесь поддержать свое здоровье, а дела монастырские можете поручить по возможности, своим помощникам. Теперь же уволить вас не могу». Игумен Иоанникий думал склонить владыку на свою просьбу и подал еще прошение, но владыка отказал резолюцией наотрез, затем уговорил его продолжать свое многополезное служение.
Скоро после сего игумен Иоанникий был переведен указом Святейшего Синода от 6 августа 1840 года на должность настоятеля Петропавловского монастыря той же Черниговской епархии, с возведением в сан архимандрита. С сердечной скорбью расстались братия Рыхловского монастыря со своим любимым настоятелем, к которому и по его отъезде питали особенную любовь до самой его смерти. Многие из них через десятки лет приходили и приезжали к нему для посещения уже в его старости, когда он жил на покое в Глинской пустыни, изъявляя ему свою преданность.