Летом в 1855 году архимандрит Иоанникий приехал в Рыхловский монастырь; прибытие его для любящей его братии того монастыря было истинным духовным утешением. Они просили и уговаривали его переселиться к ним на покой, обещая во всем упокоить его, как любимого отца. Между тем они отправились в лес осмотреть новую келлию, где пришлось остаться ночевать. После вечерней молитвы архимандрит Иоанникий сидел в комнате, где ему была приготовлена спальня; против него была печка голландская, сделанная так, что верх ее не достигал потолка; погрузившись в размышления, он произнес: «Хорошо ли и полезно ли будет для моей души поселиться здесь?» В этот момент что-то тяжелое вроде громадного чурбана с верху печки с грохотом бросилось к его ногам, произнося грубым голосом и коверкая слова «Хо-ро-шо! Хо-ро-шо!» Архимандрит осенил себя крестным знамением и, зажегши огонь, осмотрел келлию; нигде ничего и никого не оказалось. Утром он рассказал о случившемся пришедшим братиям. Выслушав рассказ, братский духовник сказал ему: «Вот вам, батюшка, уверенность, что вам здесь будет хорошо». Архимандрит ему сказал: «А кто этот уверяющий? Я его не признаю быть от Бога; а диавол, как изобретатель всякой лжи, никогда правды не скажет. Но так как он поспешил и в это дело вмешался с своим советом, то слушать его я не намерен». После сего он возвратился в свой Петропавловский монастырь.
После такового происшествия архимандрит Иоанникий обратился с усердной молитвой ко Господу, да ими же весть судьбами укажет ему место для поселения, согласно святой Его воле. Господь не презрел обратившегося к Нему с верой; ему было показано сновидение, в котором хотя иносказательно, но ясно изображалось различное течение предполагаемой жизни на трех разных преждеупомянутых местах. Здесь как бы предлагалось ему испытание, действительно ли он самоотверженно стремится к духовным подвигам? Сновидение было таково. Он увидел себя стоящим среди поля. Перед ним лежали три дороги: первая на Рыхловский монастырь; она тянулась по зеленой равнине, по сторонам ее цветущая зелень, а местами произрастали хлебные злаки; вся местность была ровная, красивая, очень привлекательная. Вторая дорога на Петропавловский монастырь; эта уже далеко уступала первой. На ней было немало возвышенностей, водопромоин и прочих неудобств. Третья дорога на Глинскую пустынь; эта последняя очень узка, тянулась по оврагам, изрыта рытвинами, водопромоинами и поросла колючим терновым кустарником. Сон был весьма ясный и внушительный. Проснувшись, архимандрит Иоанникий ощутил уверенность, что сон этот показывает событие будущего. Ясно было, что первая дорога показывала отрадную и, быть может, почетную жизнь. Вторая предвещала состояние между первой и последней; а третья, видимо, знаменовала скорбный путь, но из всех трех ему предлагался добровольный выбор. Рассуждая об избрании показанных дорог, архимандрит Иоанникий остановился на Евангельском изречении: «Яко узкая врата и тесный путь вводяй в живот» (Мф.7:14). «Спаситель мой, – говорил он, – прошел земную жизнь путем крестным. Все избранные Его последователи следовали за Ним тем же путем. Я тоже хочу идти вослед Спасителя моего, а посему не должен уклоняться от пути скорбного». Итак, он решил поселиться в Глинской пустыни.
В начале 1845 года архимандрит Иоанникий подал прошение Черниговскому архиерею об увольнении его от должности настоятеля с перемещением на покой в Глинскую пустынь. Дело это затянулось на продолжительное время, вероятно, потому, что Петропавловский монастырь, в котором настоятельствовал архимандрит Иоанникий, был под ведомством Черниговской консистории, а Глинская пустынь, куда он просился на покой, подведомственна Курской консистории. Соблюдение формальной переписки между Святейшим Синодом и двумя епархиальными начальствами потребовало времени, и дело это окончилось лишь 6 сентября того же, 1845 года. Увольнение последовало согласно во всем его прошению, с определением ему половинной пенсии в 52 руб. 85 коп. в год.
С великой радостью архимандрит Иоанникий получил указ об увольнении от настоятельства, которым он освобождался от всех житейских попечений, связанных неизбежно с настоятельской должностью. Душа его давно жаждала беспрепятственно заняться единым на потребу, и вот пришло это желанное время. Переместившись в Глинскую пустынь и освободившись от хлопот и занятий, сопряженных с должностью настоятеля монастыря, архимандрит Иоанникий всецело стремился посвятить себя добродетелям строгого подвижника, прилагая внимание ко вниманию и постоянно стремясь к тому, что пленяло его душу от юности. Сокровенное его делание было видимо только единому Сердцеведцу. Миролюбие старца сделало его осторожным и внимательным ко всему, что касалось его отношения к другим.