Не раз случалось, что старцу миротворцу приходилось терпеть немало укоризн, упреков и насмешек от тех самых людей, которым он желал душевного мира и спокойствия. Это случалось тогда, когда враждующие бывали старшие из братии, но, тем не менее, люди маловнимательные и своенравные. «Приду бывало, – рассказывал старец, – начну уговаривать их и просить примириться; вот тут-то мне и достанется. Откуда, говорят мне с насмешкой, явился такой миротворец?! Уходи отсюда! Какое тебе до нас дело?» На это старец Иоанникий с кротостью и приветливой улыбкой, кланяясь, говорил: «Простите меня, отцы святые! Я с желанием добра обращаюсь к вам»; и опять продолжал их просить о том же. Господь, видя труд старца, смягчал ожесточенные сердца, и вражда уступала место миру и любви.
В 1850 г. осенью архимандрит Иоанникий предпринял путешествие в Палестину вместе с другими паломниками, направляющимися туда же.
Обходя Малоазийский берег, корабль их проходил мимо берегов Мирликийских. Капитан корабля (грек) думал миновать Мирликийский берег, чтобы не останавливаться там, так как погода и ветер были благоприятны, а о Мирликии никто не знал из паломников. Только что корабль поравнялся с Мирликией, как вдруг подул сильный ветер с моря и корабль понесло к берегу. Принятые меры к сопротивлению не имели успеха, и корабль загнало в залив. С большим трудом удалось корабль направить снова на путь. Но опять повторилось то же. Капитан, желая поставить на своем, употребил все средства и сделал усиленное сопротивление; но как только выехали в море, то ветер вдруг сделал такой натиск, что едва успели бросить якорь, чтобы не допустить корабль до скалы, грозившей ему совершенной гибелью. Тогда капитан, указывая на берег, в азарте закричал паломникам: «Ступайте к нему (разумея Святителя Николая); это он наделал! Он вас, русских, любит». Сказав эти слова, капитан скрылся в каюте. Паломники не понимали, в чем дело, пока матросы не объяснили им, что здесь находится гроб Христова Святителя Николая. Высадившись на берег, они поспешили к месту гроба Святителя. Архимандрит Иоанникий, исполненный сугубой радости, изливал благодарные, сердечные чувства к своему покровителю Святителю Николаю за то, что он так чудесно дал ему возможность поклониться месту своего погребения. Придя в церковь и представ гробу Святителя, архимандрит Иоанникий возложил на себя епитрахиль и начал молебен. Певцы из числа паломников запели: «Царю небесный» и прочее, а он благоговейно положил земной поклон. В это время лампада, висевшая на высоте, недосягаемой рукой человека, вылилась на него сама собой и потом опять стала в обычное свое положение, нисколько не качаясь. Это чудесное обстоятельство привело всех в удивление; все в один голос говорили: «Милость Святитель изливает на архимандрита». После молебна архимандрит Иоанникий пожелал удостовериться, не задел ли он лампады как-нибудь нечаянно. Он измерил рукой расстояние и не дотянулся до лампады.
Во время пребывания в Иерусалиме, архимандрит Иоанникий часто обходил места, освященные жизнью и страданиями нашего Спасителя. Гроб Господень, Голгофа, Страстный путь, Гефсимания, Елеон и прочие святые места были для него любезнейшими местами поклонения. Здесь со всей полнотой благоговейно любящего сердца изливался его молитвенный дух к Тому, Кто совершил великое дело нашего искупления, Кто пролил Пречистую Свою Кровь ради нашего спасения.
Когда были на благословении у патриарха, блаженнейший Кирилл обратил особенное внимание на архимандрита Иоанникия и вступил с ним в беседу. Между прочим, он спрашивал его, соблюдают ли русские монахи келейное правило. Архимандрит ответил его блаженству, что в российских монастырях не одинаковы постановления. В некоторых монастырях исполняется келейное правило по назначению старцев, а в других предоставляется совершать келейные молитвы по своей воле каждому по возможности. Блаженнейший Кирилл сказал: «Монахи, не держащие келейного правила, мертвые монахи. Правило келейное есть возбудитель душевных сил, отрезвляющий ум для предстояния перед Богом; оно есть первый руководитель к непрестанной молитве и стена, ограждающая монаха от внутренних искушений. Вы, отец архимандрит, по возвращении в Россию и в свою обитель, постарайтесь повлиять на свою братию, чтобы они прилежнее обратили внимание на келейное правило».