Петропавловский монастырь в историческом отношении имеет важное значение: в нем в сане игумена настоятельствовал угодник Божий святитель Димитрий Ростовский чудотворец; уединяясь в скиту, принадлежащему этому монастырю, святой игумен в безмолвии составлял там Четьи-Минеи – жития святых; этот скит находится в прекрасной местности, и теперь именуется «скит святителя Димитрия Ростовского».
31 марта 1841 года, в понедельник Святой Пасхи, скончался настоятель Глинской пустыни, приснопамятный старец игумен Филарет. Архимандрит Иоанникий, благоговея к первому своему руководителю на пути иноческой жизни, счел для себя священным долгом участвовать молитвенно при погребении своего духовного наставника и, несмотря на весенний разлив воды, отправился в Глинскую пустынь. В одном месте разбушевавшийся поток угрожал опасностью, но Иоанникий, утвержденный верой в молитвенную помощь своего усопшего отца, игумена Филарета, оградив себя крестным знамением, приказал кучеру ехать небоязненно через опасный поток. Переправа совершилась благополучно, и он прибыл в Глинскую пустынь благовременно.
В четверг на светлой неделе 3 апреля при стечении народа архимандрит Иоанникий в сослужении со священноиноками Глинской пустыни, при молитвенном участии всей осиротелой братии совершил погребение тела в Бозе почившего возобновителя Глинской пустыни, своим опытным духовным окормлением воспитавшего в ней многих дивных подвижников, игумена Филарета. Это тот самый игумен Филарет, который в час кончины преподобного Серафима Саровского видел душу его, возносящуюся в небесные селения, о чем пишется в описании его жизни. Окружающие его гроб, по уставу Святой Церкви, в пасхальных победных над смертью песнопениях торжественно прославляли воскресшего из мертвых Христа Спасителя нашего, своим воскресением отверзшего райские селения, куда возносилась душа почившего старца лицезреть неприступную славу Того, к Которому всю свою земную жизнь она пламенела божественной любовью.
Архимандрит Иоанникий был весьма сострадателен к несчастью всякого человека, но особенно, если таковое несчастье касалось душевного состояния в загробной жизни; в таких случаях он принимал всякие меры для подаяния помощи страждущему. Однажды в Петропавловский монастырь был прислан священник с запрещением священнодействия; случилось, что он скоро скончался без разрешения.
Канцелярская форма донесения о его смерти была исполнена, как требует того порядок, но архимандрит Иоанникий, заботясь о загробной участи умершего священника, очень скорбел, что он состоит под запрещением, и обдумывал, как бы исходатайствовать ему разрешение. Скоро представился к тому удобный случай. При обозрении своей епархии Черниговскому архиерею пришлось быть и в Петропавловском монастыре. Впоследствии так рассказывал об этом старец Илиодор: «Улучив удобное время, я словесно доложил архиерею об умершем священнике под запрещением. Владыка спросил: «Вы донесли об этом консистории»? – «Да, это сделано». – «Вот и хорошо». Через несколько минут я опять повторил то же. Владыка сказал: «Вы, отец архимандрит, мне уже об этом говорили». – «Да, я говорил Вашему преосвященству и опять повторяю». – «Для чего же»? – «Я ожидаю от Вас этому несчастному, связанному Вами, Вашего архипастырского разрешения: если Вы его не разрешите, то кто его разрешит? Этот несчастный будет связанным всю вечность, а это в загробном мире ужасно». Архиерей задумался и после небольшой паузы сказал: «Благодарю вас, отец архимандрит, за столь важное напоминание, а сколько, действительно, бывает таких несчастных случаев нашему невниманию! Ох!» И тут же произнес разрешение умершему священнику».
Архимандрита Иоанникия всю жизнь не оставляло желание проводить жизнь сосредоточенную, чтобы подготовить себя к созерцательной жизни. К этому всецело располагало его и всегдашнее стремление души его. Стремление это не раз порождало в нем намерение оставить настоятельскую должность, чтобы, удалившись от занятий и хлопот, предаться полному и строгому уединению. В этих видах он предполагал поселиться в Брянских лесах, где тогда подвизались некоторые знаменитые подвижники. Но настоятельская должность препятствовала осуществить такое желание. Теперь же он решительно вознамерился удалиться от дел правления монастырем и удалиться на покой, только в избрании места колебался. Глинская пустынь привлекала его, как место первоначальных его воспитательных подвигов. Рыхловский Николаевский монастырь, в котором довольное время он настоятельствовал, привлекал его многими воспоминаниями и особенным расположением к нему всего братства. Но было и третье место, подходящее для таковой жизни; приходило желание остаться на покое в Петропавловском монастыре, где имеется на прекрасном месте недалеко от монастыря скит святителя Димитрия Ростовского.