Когда Анастасий первый раз представился вновь прибывшему владыке, то сей последний спросил Анастасия, сколько ему лет. Сей последний сказал: «Пятьдесят лет». Владыка посмотрел на него недоверчиво и сказал: «Зачем обманывать! Вам есть ли еще тридцать лет! Вам, кажется, было бы приличней быть женихом, нежели настоятелем обители». Затем, смотря на Анастасия, владыка покачал головой и, вздохнув, сказал: «В неведении погрешил я за тебя перед Богом, обращая внимание на твои доносы. Я полагал, что настоятель Рыхловского монастыря – благоговейный старец строгой жизни, который, понуждая братию к строгому исполнению монашеских правил, не мог быть приятен для молодых, любящих вольность, а посему и вынужден был доносить о возмутившихся против него, но теперь на деле вижу противное». Затем после малой паузы архиерей сказал: «Вот что скажу вам, отец настоятель, садитесь вот там (указав место) и пишите прошение об увольнении от должности, дело ваше лучше будет». Пораженный неожиданностью такого происшествия, Анастасий взмолился: «Ваше высокопреосвященство! Позвольте мне подать прошение из монастыря». «Нет! – строго повторил архиерей. – Здесь! Здесь!» Анастасию более ничего не оставалось делать, как повиноваться. Прошение об увольнении было подано. Анастасий был перемещен в Домницкий монастырь в число братства. Так сбылись слова пророка Псалмопевца: «Ров изры ископа и впаде в яму, юже содела» (Пс.7:16).
Недолго пришлось жить иеромонаху Иоанникию в Черниговском архиерейском доме. Архиерей, окончательно убедившись в безвинном его страдании и лично удостоверившись в его способностях, признал Иоанникия достойным высшего назначения, и так как в Рыхловском монастыре продолжалось неустройство, то владыка наметил его туда настоятелем. Таковое предположение владыки не было известно Иоанникию; он думал, что его перемещают в число братии Рыхловского монастыря, и потому посланный в сентябре 1832 года в Рыхловский монастырь, он по приезде в обитель поселился в братской келлии, как обычный монастырский житель.
Духовник и казначей были удалены от управления с перемещением их из Рыхловского монастыря, а управление передано иеромонаху Иоанникию, с утверждением его в должности настоятеля, которое состоялось 16 сентября 1832 года.
Приняв в управление обитель, он все свои заботы направил к тому, чтобы водворить в обители спокойствие и восстановить в ней надлежащий порядок. Достижение этой цели стоило Иоанникию немалых трудов и сопряжено было с некоторыми для него неприятностями. Дело в том, что при настоятеле Анастасии лучшие из братии вынуждены были оставить Рыхловский монастырь, так что монастырь имел насущную нужду в способных людях. Поэтому первым делом для Иоанникия было собрать около себя людей достойных и способных и с Божией помощью этого он достиг с большим успехом. Как только разнесся слух о смене Анастасия, настоятеля Рыхловского монастыря, и об определении туда строителем иеромонаха Иоанникия, в Рыхловский монастырь стали возвращаться некоторые из прежней братии, вышедшей из обители при Анастасии, а многие переходили и из Глинской пустыни. Таким образом, около Иоанникия скоро составилось благонадежное общество братии, а посему в обители был восстановлен им должный порядок монастырской жизни. Принимая во внимание труды строителя Иоанникия по благоустройству обители, высокопреосвященный Владимир 12 ноября 1833 года наградил его набедренником, а 14 сентября 1835 года произвел его в сан игумена с возложением палицы.
Своей открытой сердечной любвеобильной простотой в обращении игумен Иоанникий привязал к себе братию так, что они обращались к нему с таким доверием, с каким обращаются дети к нежной матери, и от любви к нему готовы были исполнять все его пожелания.
Не об одном духовном благонастроении братства была забота настоятеля Иоанникия – нужды обители требовали немалых забот. Так как в обители требовались постройки и ремонт обветшалых монастырских зданий, а средства обители были слишком ограничены, то для изыскания средств игумен Иоанникий ездил в Москву для испрашивания пожертвований и возвратился в свою обитель через три месяца после отпуска. В эту поездку он был на поклонении святым мощам преподобного Сергия Радонежского. В Троице-Сергиевой Лавре был принят любезно знаменитым наместником Лавры архимандритом Антонием. А на обратном пути посетил Оптину пустынь Калужской губернии, где в то время подвизался старец иеромонах Леонид. О душеполезных беседах с этими старцами он рассказывал уже в глубокой старости.