Советской власти он явно сочувствовал, пока не столкнулся с «большим террором» 1937–1938 годов. Ему приходилось быть защитником на показательных процессах, где его слово ничего не значило. А когда Ежова на посту наркома сменил Берия, как вспоминал Меньшагин, «все дела, которые во внесудебном порядке лежали у них в Особом совещании в ожидании очереди, он приказал отправить для рассмотрения в местные областные суды, на местах. К нам привезли три грузовика — вот, только в Смоленск; можете себе представить, что по Советскому Союзу было! Ну и вот, значит, стали многие дела прежние пересматриваться. В частности, у меня… несколько дел таких прошло».
Кому-то с неимоверным трудом удалось помочь, смягчить приговоры. При этом защитники не имели права участвовать в рассмотрении дел Особого совещания, рассмотренных во внесудебном порядке.
Как отмечает Сергей Амелин, Борис Меньшагин был противником советской власти в той форме, которую он наблюдал в 1930-е годы. При этом он вовсе не был оголтелым антикоммунистом, то есть относился к членам ВКП(б) не как к личным врагам, а так же, как и к другим людям, то есть судил по их делам, а не по партийной и национальной принадлежности.
«Причина такого отношения, думаю, в том, что репрессии 1930-х годов не коснулись лично Меньшагина и его близких. И не воспринимал происходящее тогда не как личную трагедию, а просто как серьезный недостаток советского государства. Поэтому люди, проводившие политику советского государства (коммунисты), не были для него личными врагами», — считает Сергей Амелин.
Немцы держали Меньшагина как толкового хозяйственника, который в сложнейших условиях хоть как-то решал вопросы управления городом. Он не бросался сломя голову выполнять каждое указание немцев.
В отличие от большинства городов, в Смоленске не было поголовной переписи коммунистов. Также нетипично, что здесь было очень большое число отпущенных военнопленных по инициативе бургомистра. Причем это было настолько массовым явлением, что даже были отпечатаны специальные бланки типографским способом. Меньшагин называет цифру порядка двух тысяч человек.
Даже следователи, которые после войны вели дело Меньшагина, удивлялись, почему он, зная, что какой-то человек-коммунист, не сдавал его немцам, а снабжал фальшивой справкой, что тот беспартийный, и устраивал на работу. Он вспоминал, что немцы ему велели указать всех коммунистов, а он ответил, что не знает ни одного оставшегося коммуниста: мол, все эвакуировались.
Следствие по его делу установило, что он выдавал документы евреям об их якобы русском происхождении. Правда, делал это предельно аккуратно, когда знал точно, что ему за это ничего не грозит. «Меньшагин не был антисемитом, поэтому не прилагал даже признаков усердия по проведению нацистской политики в отношении евреев и даже спас жизнь некоторым из них», — отмечает Сергей Амелин.
Мог Меньшагин предотвратить уничтожение смоленского гетто? Нет. Жизнеобеспечение гетто было частью его служебных обязанностей как начальника города и бургомистра…
«То есть, как бы за оккупационный режим и за убийства он не отвечал, — отмечает историк Павел Полян. — Но представить себе ситуацию, что для него это была полная неожиданность, тоже невозможно, потому что как бы в чем смысл всех этих гетто, в поддержании на плаву этих гетто, ему не могло не быть понятно».
Впрочем, факт остается фактом. В 1945 году областная комиссия по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их пособников подсчитала, что за время оккупации Смоленской области на ее территории нацисты расстреляли, повесили, сожгли, закопали живыми, замучили 151 319 мирных граждан и 230 137 военнопленных, 164 630 человек было угнано на каторжные работы в Германию. По сравнению с довоенным временем население области сократилось наполовину…