В апреле 1943 года Борис Меньшагин, по его словам, стал свидетелем эксгумации оккупационными властями захоронений в Катыни, где в 1940 году НКВД расстреливал польских военнопленных. Именно это событие Меньшагин впоследствии считал истинной причиной своего длительного заключения в послевоенные годы. Смоленский вице-бургомистр Борис Базилевский, согласившийся свидетельствовать на Нюрнбергском процессе в пользу советской версии катынского расстрела (Меньшагин отказался!), не понес вообще никакого наказания за свое сотрудничество с гитлеровскими оккупантами. Его перевели в Новосибирск, где он преподавал астрономию в вузах. Меньшагин характеризовал Базилевского как «принадлежавшего к разряду вечно испуганных людей» в силу своего происхождения и «проработок» 1937 года.
«11 апреля 1943 года заведующий Красноборским даче-управлением Космовский Василий Иванович сообщил мне, что поблизости от Красного Бора, в районе Гнёздова, открыты могилы расстрелянных поляков. Причем, что немцы выдают их за расстрелянных советской властью. 17 апреля в конце рабочего дня ко мне пришел офицер пропаганды немецкой — зондерфюрер Шулле — и предложил поехать на следующий день, значит, 18 апреля, на могилы на эти, чтобы лично убедиться, увидеть расстрелянных. И сказал, что, кого пожелаю, я могу взять из сотрудников управления…
…Русские военнопленные выгребали последние остатки вещей, которые остались. А по краям лежали трупы. Все были одеты в серые польские мундиры, в шапочки-конфедератки. У всех были руки завязаны за спиной. И все имели дырки в районе затылка. Были убиты выстрелами, одиночными выстрелами в затылок…
По признакам убийства и смерти их не похоже было, что их убили немцы, потому что те стреляли обычно так, без разбора. А здесь методически, точно в затылок, и связанные руки. А немцы так расстреливали, не связывали, а просто поводили автоматами. Вот и всё, что я знаю».
В сентябре 1943 года Меньшагин покинул Смоленск и на девять месяцев стал бургомистром Бобруйска. Потом ушел вместе с отступавшим вермахтом, имел какое-то отношение к коллаборационистскому Комитету освобождения народов России, в котором отвечал за работу с советскими военнопленными.
В 1945 году Меньшагин был интернирован американцами, но сдался советской комендатуре в Карлсбаде (Карловых Варах), ошибочно полагая, что его семья задержана. На самом деле жена его и дочь сумели переправиться в американскую зону оккупации и попали в Америку.
Следствие по его делу длилось шесть лет. В 1951 году Меньшагина приговорили к 25 годам лишения свободы. Шесть лет он находился во внутренней тюрьме Министерства госбезопасности на Лубянке, затем был переведен в одиночное заключение во Владимирскую тюрьму.
17 сентября 1955 года, при Никите Хрущеве, вышел указ Президиума Верховного Совета СССР «Об амнистии советских граждан, сотрудничавших с оккупантами в период Великой Отечественной войны в 1941–1945 годов». После него вышли на свободу и вернулись по домам бандеровцы и прибалтийские «лесные братья». Тогда же было приказано «освободить от ответственности советских граждан, находящихся за границей, которые в период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. сдались в плен врагу или служили в немецкой армии, полиции и специальных немецких формированиях…»
А в жизни Меньшагина ничего не изменилось: он все так же продолжал сидеть, как будто был самым страшным государственным преступником. В чем-то его судьба была похожа на таинственного узника Средневековья во Франции, который вошел в историю как «человек в железной маске». Тот просидел в заключении, как известно, тридцать четыре года. Борис Меньшагин — на девять лет меньше.
В июне 1963 года, по словам Меньшагина, он получил «заманчивое» предложение: «Вот мы попросим вас выполнить нам одну работу, после которой мы вас с благодарностью отпустим… Вам придется поехать в Минск… Там вам придется посидеть с одним человеком, и то, что он будет рассказывать, вы потом нашему представителю будете передавать».
Если верить Меньшагину, он ответил: «Я думаю, что мне эта работа не подойдет… Вы сами посудите: вот я уже восемнадцать лет сижу один. Совсем не вижу людей. Отвык даже, можно сказать, от человеческого голоса. А тут попаду; быть может, человек отнесется ко мне по-хорошему, сердечно отнесется, а я ему буду гадости делать…». На этом разговор был окончен.