Примерно в это же время генсек затратил колоссальные усилия, чтобы убедить аппаратчиков всех уровней:
Каким-то образом Коммунистическая партия должна была стать одновременно и инструментом, и объектом перестройки. Однако на той же партийной конференции Горбачев, все еще искавший надежную политическую опору и рычаги воздействия, раскрыл свой план возрождения Советов. В 1917 году большевики пользовались при захвате власти лозунгом «Вся власть Советам!», однако эти институты, воплощавшие, подобно якобинским клубам, представление о прямой (не представительной) демократии, довольно быстро зачахли. Теперь местные Советы должны были получить новую жизнь с помощью альтернативных выборов, которые предполагалось провести одновременно с выборами в новый всесоюзный орган — Съезд народных депутатов, который, в свою очередь, должен был избирать представителей в полностью обновленный действующий парламент — Верховный Совет СССР. Этот план, формально являвшийся лишь модификацией существующего устройства, на самом деле означал конец автоматического мандата партии на власть и необходимость легитимации полномочий партийных функционеров с помощью выборов — тест, который полностью провалило подавляющее большинство действовавших партийных чиновников, выставивших свои кандидатуры на выборах депутатов Съезда в начале 1989 года. Горбачев исключил самого себя и других руководителей высшего уровня из процесса альтернативных выборов, но новая политическая конфигурация была ясна уже из того, как рассаживались депутаты Совета: все члены Политбюро за исключением Горбачева получили места не в президиуме, а в боковой галерее.
Усиление Советов сопровождалось дальнейшим закулисным ослаблением власти партийного аппарата. Прекрасно помня, что именно партийные верхи ополчились против предыдущего реформатора, Хрущева, вынудив его «уйти на пенсию» в октябре 1964-го, и, очевидно, не вполне удовлетворенный исходом «дела Нины Андреевой», Горбачев вторгся в сферу влияния Лигачева. В сентябре 1988-го, перед началом кампании по выборам Съезда народных депутатов, он начал «реорганизацию» Секретариата ЦК. Ссылаясь на необходимость улучшить его работу, Горбачев создал целый ряд отдельных партийных комиссий, каждая из которых возглавлялась членом Политбюро. Неожиданно ушли в прошлое коллективные заседания Секретариата и отправляемый им контроль за деятельностью партийных комитетов по всей стране (будь то для воздействия на ход выборов или для организации заговора против генерального секретаря). Так, по-прежнему держась за свою ленинистскую веру в потенциал партийных масс, Горбачев сознательно лишил аппарат его могущества, а всего через 15 месяцев после этого вынужден был (в декабре 1990-го) формально отменить монополию КПСС на власть. Может показаться странным, что он при этом не понял очевидного факта: усиливая государственные органы власти (Верховные советы Союза и республик) за счет партийных, он тем самым менял унитарную структуру государства на федеративную.