Но выполнение этой программы было сорвано сепаратистами. 15 апреля начался первый этап вывода войск, а на следующий день, 16-го, колонна федералов попала в засаду и была практически полностью уничтожена на горной дороге между селениями Дачу-Борзой и Ярыш-Марды. Погибло 92 военнослужащих, 56 ранено, потеряно 21 единица бронетехники. Лишь 12 человек остались невредимыми.
Ответом стала операция по уничтожению непризнанного президента непризнанной Ичкерии Джохара Дудаева. Он был убит управляемой ракетой, посланной с самолета.
Успешные действия федеральных войск вынудили лидеров сепаратистов пойти на переговоры. 27 мая 1996 г. в Кремле состоялась встреча Ельцина с преемником Дудаева Зелимханом Яндарбиевым.
На следующий день, 28 мая, Ельцин неожиданно отправился в Чечню. Поездка готовилась в глубокой тайне. Яндарбиев и члены его делегации узнали об этом из телевизионных новостей. Этот день они провели в загородной подмосковной резиденции, по сути, в качестве заложников.
Это была самая эффектная и самая опасная из тридцати поездок по стране, совершенных Ельциным в ходе избирательной кампании. Во время поездки он распорядился подготовить досрочную демобилизацию призывников, прослуживших 1,5 года, из которых полгода пришлось на горячие точки.
Кремлевские договоренности были подкреплены подписанными в Назрани 10 июня протоколами о прекращении всех боевых действий, выводе федеральных войск и освобождении пленных. 25 июня Ельцин подписал Указ № 985 о поэтапном выводе войск из Чечни в места постоянной дислокации.
Позже Назранские соглашения будут много критиковать. Но в тот момент они давали надежду на прекращение войны.
С начала апреля Б. Ельцин стал говорить простыми, неказенными словами с выражением искреннего сочувствия о проблемах женщин, пенсионеров, детей, о массовом обнищании и т. д.
Большой эффект произвела рекламная кампания с ключевыми слоганами «Выбирай сердцем!» и «Верю! Люблю! Надеюсь!».
Основным психологическим доводом агитации стало противопоставление «свободы и демократии с Ельциным» и «голода, гражданской войны и лагерей с Зюгановым». Таким образом, создавалось убеждение в безальтернативности кандидатуры Ельцина.
Однако напряженный ритм предвыборной гонки давался Ельцину с таким трудом, что это беспокоило его ближайшее окружение. Рейтинг рос, но уверенности в его победе не было.
Итоги первого тура президентских выборов, состоявшихся 16 июня, принесли Ельцину 35,28 % голосов, Зюганову – 32,03 %. На третье место вышел генерал А. Лебедь, набравший 14,52 %. Началась работа по подготовке ко второму туру. Его исход зависел, за кого проголосуют избиратели, не голосовавшие за главных фаворитов избирательной гонки в первом туре. Чтобы привлечь на свою сторону электорат Лебедя, через два дня после первого тура генерал был назначен секретарем Совета безопасности и помощником президента по национальной безопасности.
Ельцин стал говорить о генерале Лебеде как о возможном преемнике на следующих выборах 2000 года.
26 июня Ельцин перенес инфаркт. Второй тур выборов, состоявшийся 3 июля, он встретил на больничной койке. Но это было государственной тайной. По итогам второго тура Ельцин убедительно победил: за него проголосовало 53,83 % (40 203 948 человек), за Зюганова – 40,3 % (30 102 288 человек). В выборах участвовало 68,89 % избирателей. Эти результаты были близки к прогнозам социологов ВЦИОМа.
Победа победой, но новоизбранный кандидат становится президентом только после произнесения им присяги. Процедуру инаугурации 9 августа 1996 г. сократили до минимума, буквально просчитывали, сколько шагов должен сделать президент по сцене Дворца съездов. Он смог. Президентская клятва была произнесена. К вечеру он даже смог быть на торжественном приеме в его честь.
Накануне стало известно, что все усилия по установлению мира в Чечне пошли прахом. 6 августа Грозный был захвачен отрядами боевиков, было много жертв. На следующий день после инаугурации в стране был объявлен траур.
В августе основные полномочия по достижению мира в Чечне были возложены на Совет безопасности и его секретаря генерала Лебедя. 22 августа Лебедь подписал с Масхадовым «Соглашение о неотложных мерах по прекращению огня и боевых действий в городе Грозном и на территории Чеченской Республики». 31 августа в Хасавюрте (Дагестан) были подписаны два документа, которые положили конец первой чеченской войне.