Экологические проблемы, связанные с природопользованием на территории Верхнеамурского бассейна, возникали по мере освоения этого края. Первоначально они были связаны с добычей русскими землепроходцами пушнины. Именно потребность в ресурсах (а тогда требовалась пушнина) была главным мотивом присоединения Сибири к Российскому государству на рубеже XVI–XVII вв. По мере продвижения землепроходцев на восток и роста населения усиливалась промысловая нагрузка на животный мир. Хищнические приемы добычи зверей (самострелы, ямы, гоны по насту, убой молодняка, самок) приводили к резкому снижению численности многих видов животных.
В начале XVIII в. на территории Верхнеамурского бассейна начались активные горно-промышленные разработки. К концу XVIII в. в Нерчинском округе работало 8 сереброплавильных заводов и 90 рудников. На р. Онон действовали оловянные прииски. С 30-х гг. в XIX в. широко развивалась золотодобывающая промышленность [Воробьев, 1975, с. 43]. Активная деятельность горно-добывающих предприятий Читинской области в пределах территории Верхнеамурского бассейна продолжалась вплоть до 1990-х гг. В результате экономического кризиса большинство горно-добывающих предприятий было остановлено, хвостохранилища обогатительных фабрик осушены, начался процесс эрозии их плотин и дефляция рыхлых отложений, содержащих аномальные против фоновых концентрации токсикантов и токсикогенов. При активном оживлении личного подсобного хозяйства в последние годы возрастает опасность загрязнения продовольственной продукции токсичными химическими элементами.
По мере развития природно-хозяйственной системы «Даурия» на юго-востоке края, обладающей минерагеническим потенциалом, стоимостная оценка которого превышает 200 млрд дол. США [Быбин, 2006, с. 151], геотехнология будет оказывать все возрастающее влияние на природные ландшафты. Существующее положение и перспективы развития горно-рудной промышленности на территории Верхнеамурского бассейна требуют прогнозирования возможных экологических последствий. В. А. Баландин и О. А. Баландин считают, что «принципиальным моментом прогнозирования является выбор методологии оценки и описания исходного состояния и взаимодействия естественных ландшафтов и антропогенных нагрузок» [1999, с. 3]. Следует предусмотреть, прежде всего, превышение содержания токсичных компонентов в окружающей среде против регламентируемого санитарно-гигиеническими нормами или превышение фоновых концентраций. Серьезную опасность, особенно для горно-таежных территорий юго-востока края, представляют гидродинамические нарушения, которые оценивают по понижению уровня подземных вод.
Характер природопользования в Восточном Забайкалье на территории Верхнеамурского бассейна определяет климат края. Резкоконтинентальный, с резкими колебаниями температур воздуха не только в течение года, но и суток, с малым количеством осадков зимой и коротким безморозным периодом исторически обусловил развитие на этой территории скотоводства. Край занимал по развитию скотоводства одно из первых мест в Российской империи. Развитие скотоводства объясняется не только историческими, почвенно-климатическими факторами, но и наличием в крае рынка сбыта скота и продуктов животноводства [Асалханов, 1963, с. 84].
В XIX в. пограничные территории Верхнеамурского бассейна занимало преимущественно казачье население Акшинского, Нерчинского и Нерчинско-Заводского округов [Асалханов, 1963, с. 84, 121]. В Забайкалье казачье сословие имело значительную долю земель, прежде всего пашни, что и определяло основной характер землепользования.
Процесс товаризации зернового производства, усилившийся во второй половине XIX в. в связи с развитием горной и золотодобывающей промышленности в крае, оказал непосредственное влияние на трансформацию в природопользовании. Продовольственный хлеб и фураж требовались все в больших количествах военному ведомству. Потребителями хлеба стали города с увеличивающимся населением, ссыльнокаторжные. Много хлеба требовалось для поставок в Амурский край, куда они продолжались почти до конца XIX в. Жители многих станиц Нерчинского и Нерчинско-Заводского округов (Олочинская, Аргунская станицы) сбывали на Амур почти весь урожай овса, а также «ярицу и пшеницу» [Там же, с. 353]. Таким образом, в природопользовании юго-востока Забайкалья стали происходить изменения в сторону развития земледелия.