После полного изгнания язычества ситуация оказалась плачевной. Изначально с греческими текстами Аристотеля и Платона работали в основном еретики — несториане и монофизиты, — тесно сотрудничающие с местными философскими школами. Теперь же оказались запрещены и те и другие. Фактически в Империи шла борьба различных богословских группировок, во многом отражающая стремление отдельных регионов к культурной и экономической автономии от Константинополя. На определенный период победу одержала центральная власть, хотя все попытки силой посадить на церковные кафедры ортодоксальных (лояльных императору) патриархов приводили лишь к бунтам или возникновению обширных подпольных религиозных групп.
Противоречия так и не удалось решить в рамках единой конфессии, поэтому восточные и африканские регионы Византии в итоге выберут путь полного отпадения от Империи — путь ислама. Но это произойдет чуть позже, а пока изгнанные из Афин языческие философы вместе с покинувшими Эдессу сирийцами-несторианами осели в Персии, где Хосров I активно покровительствовал наукам и искусствам. Сасанидский император был большим поклонником эллинской учености и даже знал греческий язык. По его указанию многие труды по философии, математике, астрономии, медицине и ремёслам были переведены с греческого и сирийского на пехлеви (позже их переведут с пехлеви уже на арабский). Некоторые философы так и не смогли принять персидских порядков и вернулись обратно в Византию, однако зороастриец Хосров включил в мирный договор с Константинополем отдельное требование о безопасности этих людей. Тем не менее, многим грекам и сирийцам было некуда возвращаться, поэтому они продолжили работать под сасанидским покровительством.
Позже, к VIII веку византийцам все же потребовалось сформировать логичную и стройную систему для рационального изложения ортодоксального христианского мировоззрения. Эта задача возникла как из-за непрекращающихся внутренних религиозных конфликтов в Империи (которые всегда были неотделимы от политических), так во многом из-за необходимости противостоять исламской теологии. Вновь оказался востребован Аристотелизм (в полной мере использовавшийся магометанами), и его влияние в Византии несколько возросло, но выйти из тени неоплатонизма он так не смог. До самого конца Аристотеля толковали по Порфирию (а иногда даже по Боэцию) и воспринимали как автора, служащего лишь для введения в глубины учения Платона. Такж полагалось, что их взгляды вполне соотносятся с христианскими догматами. Западу этот путь еще только лишь предстоял.
Триумф ислама
Рассвет Римской Империи знаменовал начало ее неизбежного упадка. Еще задолго до начала кризиса общество становилось все более аграрным, число мелких и средних хозяйств сокращалось, а у крупных землевладельцев имелись и желание, и силы, чтобы отстаивать свою независимость от центральной власти. Эти тенденции лишь усилились, когда в результате непрекращающихся конфликтов многие города оказались разграблены и разрушены, торговля расстроилась, а ремесла пришли в упадок. Экономический крах и варварские нашествия завершили падение Западной части Империи, но для ее Восточной половины последствия оказались не столь печальными. Отбросив погибающие европейские провинции, она достаточно быстро восстановила свой военный и торговый престиж. Правда для этого потребовалось полностью поменять культурную среду, объединив в одной религии одновременно и воззрения на божественность единого монарха, и многие популярные античные традиции.
Со времен Юстиниана могущество Византии держалось на контроле плодородных земель и торговом посредничестве между Востоком и Западом, однако процветание Империи продлилось недолго. Сперва Хосров I отвоевал у нее часть восточных владений, а затем последователи пророка захватили Сирию, Египет и Северную Африку. Еще позже итальянские и французские торговые города отобрали у византийцев и контроль над морем, после чего падение бессильного Константинополя под натиском мусульман стало неминуемым.