Одним из следствий приобретения митохондрий стало размножение интронов. Эти некодирующие вставки в различных генах очень обильны у эукариот, а у бактерий и архей бывают только в генах рибосомных и транспортных РНК. Чтобы не нарушать функцию РНК или белка, интрон должен быть вырезан из РНК. У бактерий и архей синтез белков, закодированных в матричной РНК, начинается еще до того, как эта мРНК будет полностью построена на матрице ДНК. При попадании интронов в белок-кодирующие гены бактерий вырезание интрона из мРНК будет осложнено – «голова» интрона окажется в рибосоме еще до того, как «хвост» будет достроен, интрон не сможет вырезаться из мРНК, и синтезированный с нее белок станет дефектным.
В генах бактерий и архей последовательность, кодирующая белок, расположена в ДНК так же, как и в матричной РНК, – одним непрерывным куском. У эукариот белок-кодирующие последовательности прерываются некодирующими вставками – интронами. Фрагменты кодирующей последовательности, разделенные интронами, называются «экзоны». Из-за наличия интронов мРНК эукариот подвергаются сложному процессу созревания. Незрелая матричная РНК содержит копии всех экзонов и интронов гена. Для получения зрелой мРНК интроны должны быть удалены, а оставшиеся экзоны соединены. Этот процесс называется «сплайсинг» – от старого морского термина, означавшего скрепление концов двух канатов без узла.