В июне 1956 года на Е.И. Богданова была составлена характеристика за подписью зам. начальника Дальстроя по кадрам. Вот её текст: «Тов. Богданов Е.И., 1913 года рождения, беспартийный, образование высшее, окончил в 1948 году Ленинградский политехнический институт по специальности «инженер-механик». За время работы в системе Дальстроя проявил себя высококвалифицированным специалистом, обладающим необходимыми организаторскими способностями. Работая более семи лет главным инженером прииска, успешно справлялся с порученной работой. План добычи металла прииском «Верхний Ат-Урях» в 1954 и 1955 годах успешно выполнен при значительной экономии государственных средств. При решении технических вопросов, используя богатый опыт, вносит новое. Много внимания уделяет вопросам изобретательства и рационализации. Тов. Богданов лично принимает участие в конструировании ряда агрегатов горного оборудования, которые используются в настоящее время на приисках. Систематически занимается вопросом совершенствования своих технических знаний. Имеющийся опыт передаёт инженерно-техническим работникам. За активную деятельность в период работы в Дальстрое награждён медалями «За трудовое отличие» и «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». В быту скромен, морально устойчив».
В июне 1956 года Е.И. Богданов назначается заместителем начальника Технического управления Дальстроя, а через год, с июля 1957 года, становится начальником и главным конструктором Центрального конструкторского бюро Магаданского совнархоза, впоследствии – объединения «Северовостокзолото». В этой должности он проработал до марта 1969 года. Этот период для Е.И. Богданова был насыщен активной научной деятельностью, он занимался любимым делом – конструировал, проектировал, строил, испытывал новые промывочные приборы, публиковал новые научные работы. К 1960 году он подготовил материал для защиты кандидатской диссертации. В письме руководства Магаданского совнархоза на имя председателя Президиума высшей аттестационной комиссии при Министерстве высшего образования СССР профессора В.П. Елютина от 23 июня 1960 года отмечалось: «Магаданский совнархоз ходатайствует перед Высшей аттестационной комиссией о разрешении Богданову Е.И., работающему начальником Центрального конструкторского бюро совнархоза, представить к защите на соискание учёной степени кандидата технических наук согласно приказу № 127 от 28/1-1960 г. по Министерству высшего образования СССР следующие сделанные им изобретения:
1. Поворотно-звеньевой конвейерный отвалообразователь. Авторское свидетельство № 110084.
2. Устройства для промывки песков при разработке россыпных месторождений бульдозерными и тракторными скреперами. Авторское свидетельство № 110086. Указанные изобретения, широко внедрённые в течение последних лет на предприятиях Магаданского и Якутского экономических районов, решили важные технические задачи в отрасли техники россыпей золотодобычи в условиях Крайнего Северо-Востока и дали большой технико-экономический и производственный эффект. Изобретения опубликованы в печати и зарегистрированы Комитетом по делам изобретений и открытий при Совете министров СССР».
В характеристике руководства Магаданского совнархоза от 7 июля 1961 года на Е.И. Богданова, представленной в учёный совет Ленинградского горного института имени Г.В. Плеханова, где в 1962 году состоялась защита кандидатской диссертации, указывалось:
«…За период работы на Крайнем Северо-Востоке т. Богданов Е.И. зарекомендовал себя квалифицированным инженером и инициативным работником. Тов. Богданов принимает активное участие в изобретательской и рационализаторской работе, является председателем комиссии по рационализации и изобретательству технико-экономического совета и членом областного правления НТО цветной металлургии. За период работы на предприятиях Магаданского совнархоза тов. Богданов предложил и разработал ряд новых машин, отдельные из которых внедрены на предприятиях Магаданского и Якутского совнархозов и дают производственный эффект. Тов. Богдановым опубликовано более 30 печатных работ».
Кроме защиты диссертации, в жизни Е.И. Богданова за эти годы произошло несколько важных событий. 7 февраля 1958 года Постановлением Президиума Ленинградского городского суда было отменено Постановление Особого совещания при НКВД СССР от 10 мая 1935 года в отношении его за недоказанностью его вины. Е.И. Богданов был реабилитирован. В апреле 1958 года Е.И. Богданов становится кандидатом, а в мае 1959 года – членом КПСС. У него появляется много новых обязанностей, он более активно участвует в общественной, партийной жизни коллектива, города. В характеристике от 2 ноября 1962 года отмечалось: «… Помимо основной и изобретательской работы т. Богданов активно участвует в общественной жизни коллектива. Он избран членом бюро парторганизации ЦКБ, является пропагандистом горкома КПСС. Систематически выступает с лекциями на различные производственно-технические и общественно-политические темы».