По возвращении в Дальстрой в октябре 1948 года Е.И. Богданов назначается на должность главного инженера прииска «Спокойный» Северного горнопромышленного управления, где будет работать по сентябрь 1953 года. Из «Служебной аттестации» на Е.И. Богданова от 25 ноября 1949 года: «Прибыл на Колыму как заключённый по ст. 58–10 в 1937 г. высококвалифицированный специалист. Много работает на повышение своей деловой квалификации и технических знаний. Принимает участие в печати. Им написана 5-я часть книги «Обогащение россыпей». Свои теоретические знания и богатый производственный опыт умело применяет в техническом руководстве производством. В работе инициативен и энергичен. В проведении намеченных мероприятий настойчивый. Требовательный к подчинённым, начатое дело доводит до конца. К своим служебным обязанностям относится честно и добросовестно. Работает, не считаясь со своим временем. В течение года осуществлял действенный контроль за работой всех производственных объектов. Умело возглавил техническое руководство прииска. Прииск выполнил государственный план по металлу на 129,6 %. Развито чувство нового, вносит много рационализаторских предложений, активно внедряет их в производство. В промывочном сезоне 1949 года внедрил в эксплуатацию использование нового типа двустворчатых затворов на скиповых промприборах, что повысило производительность промприборов. Применил скреперные грузчики-дозаторы на завалочных бункерах промприборов, что позволило применить с большой производительностью один бульдозер на двух промприборах. По его проекту построен передвижной цельнометаллический промприбор, который будет применён в 1950 году… В информации руководства правдив. В общественной жизни участие принимает. Читает газеты и журналы. В быту и в обществе выдержан. Культурный и вежливый товарищ. В оценке своей работы скромен. Пользуется заслуженным авторитетом в коллективе. Занимаемой должности вполне соответствует».
7 сентября 1949 года согласно приказу по Дальстрою № 652 «За достижение высоких производственных показателей в выполнении социалистических обязательств» Е.И. Богданов занесён в Книгу почёта Главного и Политического управления и окружкома профсоюза, а также награждён почётной грамотой. А 4 ноября 1949 года ему вместе с коллегами Городиловым и Казанковым «За обеспечение высокого прироста запасов в октябре месяце» приказом по Северному горнопромышленному управлению объявлена благодарность.
С ноября 1952 по июль 1956 года Е.И. Богданов работает в должности главного инженера прииска «Верхний Ат-Урях» Северного горнопромышленного управления. В автобиографии 1956 года об этом периоде Е.И. Богданов пишет: «…В связи с сокращением объёма работ на «Спокойном», в 1952 году был назначен гл. инженером прииска «Верхний Ат-Урях», где и работаю по сей день. Продолжаю творческую работу по созданию новой горной техники. Параллельно и наряду с основной деятельностью по выполнению годовых планов металлодобычи за период работы главным инженером приисков мной сконструированы: «Опорно-звеньевой стакер для промприборов», «Металлический переставной прибор МПД-5», новая технологическая схема, модернизированный скруббер ДС-55. Имею склонность к исследовательской работе: опубликовано 21 моих печатных работ, в том числе являюсь автором книги «Обогащение россыпей». В данный момент работаю над кандидатской диссертацией».
Приказом № 611 по Дальстрою от 17 ноября 1955 года «За плодотворную работу по проектированию и строительству промприборов» наградить значком «Отличник социалистического соревнования золотоплатиновой промышленности» автора предложения и консультанта при проектировании главного инженера прииска «Верхний Ат-Урях» тов. Богданова Е.И.
Приказом № 233 министра цветной металлургии СССР П.Ф. Ломако от 12 мая 1956 года по итогам общественного смотра-конкурса на лучшую постановку работы по внедрению изобретений и рационализаторских предложений на предприятиях Министерства цветной металлургии СССР объявлена благодарность по разделу: «Изобретателям и рационализаторам и лицам, содействующим внедрению изобретательских и рационализаторских предложений, способствовавшим успешному проведению смотра-конкурса: Богданову Е.И. – главному инженеру прииска «В. Ат-Урях» Северного горнопромышленного управления Дальстроя».