Ещё находясь в заключении, Е.И. Богданов работал инженером-проектировщиком, его рационализаторские предложения, проекты по улучшению отдельных узлов, деталей промывочных приборов, которые в конце тридцатых годов стали создаваться на Колыме, внедрялись на производстве. Обобщить свой наработанный опыт он смог, только став вольнонаёмным работником Дальстроя. Тогда же и появилась первая благодарность в личном деле. Выписка из приказа № 1067 по Северному промышленному управлению Дальстроя от 31 декабря 1939 года гласит: «За инициативную настойчивость и энтузиазм по внедрению бункерного способа оттайки, оправдавшего себя перед камерной оттайкой, и за дальнейшее усовершенствование этого способа при осенне-зимней промывке, инженеру производственно-технического отдела СГПУ тов. Богданову Е.И. объявить благодарность и премировать его месячным окладом». Впоследствии ему ещё не раз объявлялись в приказах благодарности: в 1940 году, в апреле «… за выполнение предпервомайских соцобязательств, за честное и добросовестное отношение к служебным обязанностям…», в ноябре «…за инициативу и ударную работу в предоктябрьском соцсоревновании…», в декабре «… за активное участие в подготовке и проведении промывочного сезона…» В ноябре 1941 и 1942 годов «за отличную производственную работу» ему были вручены грамоты СГПУ. В январе 1943 года в благодарности писалось: «за активную рационализаторскую работу – за предложения «Горячая водооттайка в бочоночных приборах» и «Вскрышной скип, тогда же была вручена грамота СГПУ и Колымского окружкома золотопрофсоюза. В 1942 и 1946 годах Е.И. Богданов получает грамоту и за активную работу в газете Северного ГПУ «Красный горняк».
С 1940 года начинается отсчёт его научных публикаций, только в этом году в производственном журнале «Колыма» было опубликовано семь его статей, первая, появившаяся в № 4, называлась «Теория рациональной тачки»[39]
. В следующем, 1941 году было опубликовано в этом же журнале четыре статьи. В дальнейшем практически не было года, чтобы Е.И. Богданов не делился с горняками Дальстроя на страницах своих статей, газетных публикаций новыми рационализаторскими предложениями. С 1940 по 1948 год только в газетах «Советская Колыма» и «Красный горняк» им было опубликовано более десятки статей, названия которых говорят о разнообразии горняцких проблем, возникающих на производстве, о путях их решения: «Анализ осенне-зимней промывки 1939–1940 гг.», «Технологические показатели дезгрохбенда», «О конструкции промывочных приборов для 1941 года», «Бескопровый подъём для вертикальных шахт», «Скреперное обезвоживание эфелей», «Бойлерные установки со сдвоенными катками», «О бульдозерных бункерах и питателях», «О продольном профиле ленточных транспортёров» и другие. В 1956 году Е.И. Богданов указывал в перечне своих технических усовершенствований, которые применялись в Дальстрое с 1940 по 1948 годы:«Бескопровый подъём для вертикальных шахт», «Новая конструкция скипа для вскрышных террикоников», «Шахтно-щелевая непрерывно действующая установка для оттайки мёрзлых песков», «Циклично действующие поворотные поддоны и рациональные зумпфы» и другие. Период работы Е.И. Богданова в должности старшего инженера ПТО Северного ГПУ до 1946 года кроме благодарностей, грамот был отмечен и правительственными наградами. В 1945 году за свой труд он был удостоен медалей «За трудовое отличие» и «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.».
Последующая работа, согласно листам по учёту кадров из личных дел Е.И. Богданова, проходила таким образом. С мая 1946 года по октябрь 1948 года он работал в Магадане в должности руководителя обогатительного отделения производственно-технического отдела Главного управления Дальстроя. Находясь в отпуске с осени 1947 года в Ленинграде, он сдаёт экзамены по ряду дисциплин и выполняет дипломный проект на тему: «Передвижная обогатительная установка для совместной работы экскаватором на разработке россыпных месторождений» и защищает его с оценкой «отлично». В сентябре он получает диплом с отличием, в котором «…решением Государственной экзаменационной комиссии от 14 сентября 1948 г. ему присвоена квалификация инженера-механика».