В 1961 году Е.И. Богданов был награждён орденом Трудового Красного Знамени. 10 декабря 1965 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР «За заслуги в области изобретательской деятельности» ему было присвоено звание заслуженного изобретателя РСФСР. Он стал первым в Магаданской области, кто был удостоен этого звания.
1960-е годы для Е.И. Богданова стали годами подъёма в научной и творческой деятельности, он усиленно работает над докторской диссертацией, которую практически закончил к концу 1968 года. В начале 1969 года его диссертация «Основные вопросы создания и совершенствования оборудования для механизации разработки россыпей Северо-Востока» рассматривается на техническом совете Центрального конструкторского бюро объединения «Северовостокзолото». Постановлением техсовета утверждалось заслушанное «Заключение» по диссертации, и она была рекомендована к представлению на соискание учёной степени доктора технических наук. О значении диссертации в конце «Заключения» было сказано: «В диссертации разработаны и теоретически обоснованы параметрические ряды унифицированных переставных промывочных приборов с механической и гидравлической загрузкой песков и составлена общая классификация средств промывки песков при разработке россыпей Северо-Востока. Созданные в диссертации теоретические обобщения представляют собой формулировку основных положений нового в горно-обогатительном машиностроении раздела по созданию оборудования для промывки песков при землеройно-транспортном способе разработки россыпей. Теоретические выводы подкрепляются анализом результатов широкого промышленного внедрения и экспериментальных исследований. Диссертация представляет собой обобщение почти 30-летней научной, изобретательской и конструкторской деятельности автора в области создания и совершенствования горно-обогатительной техники для разработки россыпных месторождений Северо-Востока. Значительная часть выводов и положений диссертации внедрена в производство и способствовала техническому прогрессу горной промышленности Магаданской области и Якутской АССР. Основные выводы и положения диссертации рассматривались и были одобрены технико-экономическими советами горнопромышленных управлений «Северовостокзолото», «Якутзолото» и треста «Лензолото». В значительной мере на основе этих выводов ЦКБ ведёт работу по созданию и совершенствованию промывочных приборов. Они положены в основу последних конструкций конвейерно-скрубберных и гидроэлеваторных приборов, в том числе приборов серии ПКС, показавших при промышленном внедрении высокие технико-экономические результаты. Необходимо отметить, что значительная часть машин и оборудования для промывки песков, по которым в диссертации рассматриваются вопросы теории, расчёта и конструирования, представляют собой изобретения автора (по шести авторским свидетельствам), внедрённые в промышленность с большим технико-экономическим эффектом.
В целом диссертация Богданова Е.И. решает важную научную проблему по разработке теоретических основ создания и совершенствования горно-обогатительного оборудования для разработки россыпных месторождений Северо-Востока СССР и представляет собой значительный вклад в науку и практику. Диссертацию следует рекомендовать для представления на соискание учёной степени доктора технических наук».
Одновременно с «Заключением» по диссертации в январе 1969 года руководством объединения «Северовостокзолото» была составлена характеристика для представления в Ленинградский горный институт, где планировалась защита диссертации. В характеристике отмечалось: «…В результате многолетней творческой работы им был предложен и разработан ряд новых машин, получивших широкое применение в горной промышленности Магаданской области и Якутской АССР. В частности, в последние годы предложил и разработал конструкцию отсадочных машин, которые выпускаются серийно и успешно эксплуатируются на предприятиях объединения «Северовостокзолото». По его проекту одна из конструкций отсадочных машин установлена на уникальную 600-литровую драгу ИЗТМ. Всего т. Богданов имеет 7 авторских свидетельств на изобретения и 56 печатных работ, в том числе две книги, всего 70 печатных листов».