Почти ежедневно отец Иоанн ездил в Санкт-Петербург – летом на пароходе, зимою на поезде. Толпа ожидала его и на пристани, и на вокзале. Он мог укрыться в отдельном купе или каюте, но в окно ему бросали письма. Позже один торговец подарил ему небольшой пароход, на котором батюшка мог немного отдохнуть. В Санкт-Петербурге – множество карет от почитателей и споры, кому везти. Он объезжал больных, посещал и торжества открытия фабрики или торгового заведения. Приехав в дом, батюшка служил молебен, коротко беседовал с собравшимися, никогда не отказывался от трапезы, хотя ел и пил крайне мало.
В Кронштадт он возвращался редко в 11 вечера, чаще после полуночи. Возле дома его все равно ожидали люди. В кабинете на столе лежали письма, надо было готовить проповедь на завтра, сделать запись в дневник, который велся отцом Иоанном с 1856 года до последних дней жизни.
В 1890-е годы часть дневника была опубликована несколькими изданиями под названием «Моя жизнь во Христе» и сразу получила широкое распространение; в 1892 году вышло английское издание книги, ставшее известным в Англии, США, Австралии и других западных странах. Продолжением публикации дневника стала книга «Путь к Богу». То были не обычные записи текущих дел или заметки о жизни, о людях и книгах.
Великий молитвенник сосредоточенно и безжалостно вглядывался в свою душу, отмечая как моменты ее приближения к Богу, так и отдаления. Он писал: «Бог любит тебя больше, чем ты сам себя любишь, и заботится и печется о тебе больше, чем ты сам можешь о себе позаботиться. Так перестань же волноваться и беспокоиться и положись на Бога, Который гораздо лучше тебя позаботится о тебе и обо всем, что тебя волнует, и все устроит гораздо лучше, чем ты сам можешь устроить». Стоит ли говорить, что под «устройством жизни» отец Иоанн имел в виду не только и не столько житейское устроение, но прежде всего – спасение души человеческой от греха. Самый верный способ для этого – молитва к Богу. Отец Иоанн писал: «В молитве требуется, во-первых, чтобы предмет молитвы был высказан определенно или, по крайней мере, в сердце было ясное сознание и желание его; во-вторых, чтобы это желание было высказано с чувством и живым упованием на милость Владыки или Божией Матери; в третьих, нужно твердое намерение впредь не согрешать и творить во всем волю Божию…». И в наши дни справедливо утверждение отца Иоанна: «Мы только называем Господа Богом, а на деле-то у нас свои боги, потому что волю Божию не творим, а волю плоти своей и помышления, волю сердца своего, страстей своих; наши боги – плоть наша, сласти, одежды, деньги и проч.». Обращает на себя внимание указание отца Иоанна на важность единения с Православной Церковью: «Люблю я молиться в храме Божием», – писал он в дневнике. В другом месте: «Церковь – истинно земной рай!». Фрагменты этих записей, поразительных по искренности и глубине постижения душевных движений человека, и составляют данную книгу.
Его проповеди также издавались, первое собрание сочинений вышло в 6 томах в Санкт-Петербурге в 1890–1894 годах. Темы их разнообразны, обращены как к текстам Священного Писания, так и к событиям современной жизни. В одной своей беседе отец Иоанн обратил внимание собравшихся на усилившийся в обществе интерес ко всевозможным забавам и развлечениям: «Удивительная болезнь явилась нынче – это страсть к развлечениям. Никогда не было такой потребности к развлечениям, как нынче, люди разучились жить серьезною жизнью, трудом на пользу нуждающихся и внутреннею духовною жизнью и начали скучать! И меняют глубину и содержание духовной жизни на развлечения! Какое безумие! Точно дети, лишенные разума! А между тем развлечение – это уже общественный порок, уже общественная страсть!» (17). «Надо во благо себе и ближним употреблять свое богатство, считать его не своим, а Божиим добром, которое дано нам не для нас одних», – убеждал он в другой проповеди (5, с. 245).
Отец Иоанн много ездил по России. С 1880-х годов ежегодно посещал свое родное село, ежемесячно наведывался в Москву. Побывал в Воронеже, Харькове, Киеве, Курске, Одессе, Варшаве, в Крыму, в Берлине. Он принимал приглашения частных лиц, например, посетил в начале 1890-х годов имение Владимира Алексеевича Тыркова, в котором была с его участием выстроена новая церковь.