В Великий Пост ему приходилось иногда исповедовать с 2 часов дня до 2 часов ночи почти без перерыва. «Когда дьявол в нашем сердце, тогда необыкновенная убивающая тяжесть и огонь в груди и в сердце, – вразумлял он исповедников. – Душа чрезвычайно стесняется и помрачается, все ее раздражает, ко всякому доброму делу чувствует отвращение, слова и поступки других в отношении к себе криво толкует и видит в них злоумышление против себя, против своей чести и потому чувствует к ним убийственную ненависть, ярится и порывается к мщению». От слов пастыря исчезало смущение в душах людей, сердца их смягчались… С годами число исповедников росло в геометрической прогрессии. Андреевский собор, вмещавший до пяти тысяч человек, наполнялся почти до отказа. В ожидании своей очереди некоторые сидели, некоторые лежали на полу. Исповедь продолжалась почти до утра, потому что всякий хотел исповедоваться именно у батюшки Иоанна. Тогда и решил он с позволения (в виде исключения) высшей церковной власти перейти на общую исповедь.
«Перед Причащением отец Иоанн вышел через Царские врата на амвон и произнес короткую проповедь. Обращаясь ко всем, он сказал, что в наше время все уклонились в грехи, и начал перечислять их. Простенькое, казалось бы, поучение, но отчего-то растапливались очерствелые сердца. В храме стали раздаваться всхлипывания, рыдания, потом восклицания “Батюшка, помолись за нас!” Громовым голосом священник воскликнул: “Кайтесь!”. В огромном, переполненном людьми соборе поднялся всеобщий вопль покаяния: каждый вслух кричал о своих грехах. Никто не думал о своем соседе. Всякий обращался, быть может впервые, в глубь своей души и ужасался и рыдал… Так продолжалось несколько минут. По знаку отца Иоанна воцарилась тишина. “Видите, как мы все грешны! – сказал батюшка. – Но Отец наш Небесный не хочет погибели чад Своих… Все наклоните свои главы!”. В благоговейной тишине тысячи людей склонили головы. Священник, стоя на краю амвона, поднял на воздух над всеми свою епитрахиль и прочитал обычную разрешительную молитву».
Заметим, что общая исповедь отца Иоанна была не только исключением, но и уникальным явлением в церковной жизни и поэтому породила сомнения и соблазны. Исследуя эту проблему, протоиерей Валентин Свенцицкий отмечал, что «общая исповедь отца Иоанна Кронштадтского была явлением единственным, беспримерным и по существу недоступным ни для примера, ни для подражания», т. к. в ней «не нарушались основные свойства Таинства в силу особых благодатных даров, данных ему от Господа. Так, необходимое условие единоличной исповеди – обязательство для духовника знать грехи кающегося – у о. Иоанна Кронштадтского восполнялось благодатным даром прозорливости. О. Иоанн не допускал многих до Чаши без предварительных расспросов, потому что он видел грех в душе человека, знал его, хотя и не спрашивал. О. Иоанн не требовал обязательного “исповедания” греха, но люди, приезжавшие к нему со всех концов России, по своему душевному состоянию были готовы на какое угодно самораспятие, а при таком условии требование обязательного произнесения покаяния вслух было бы простой формальностью» (152, т. 1, с. 234–235).
Затем начиналось причащение. Это было трудное дело. Каждому из богомольцев хотелось причаститься у батюшки, и что тут начинало твориться… Мужчины и женщины лезли через ограждение к амвону, служители отбрасывали их, звучали крики, вопли – но что можно было поделать! Он был один такой, батюшка Иоанн. Некоторым он отказывал в причащении со словами: «Отойди! Недостоин!».
После причащения он быстро разоблачался, одевался и выходил из алтаря особой дверью. Это другие священники и архиереи могли выйти через храм, но его толпа могла своею массою затоптать. Он выходил, садился в пролетку, извозчик мчался по саду к воротам, служители распахивали ворота, и лошадь мчалась прямо. Только так батюшка мог вырваться от своих почитателей.
Заехав минут на 15 домой, а иногда и без этого, он мчался к ожидавшим его паломникам, приезжавшим в Кронштадт ради свидания с отцом Иоанном со всей России. В гостинице при Доме Трудолюбия или других странноприимных домах его ожидали. В большой зале собирались приехавшие, с которыми отец Иоанн беседовал, давал советы, благословение, но начинал всегда со служения молебна. Среди ожидавших его были люди всех сословий, разного возраста, с самыми разнообразными вопросами и просьбами. «Люди потянулись к нему не за помощью себе, не по слабости своей, – объяснял этот феномен писатель В. В. Розанов, – но среди своего страдания они потянулись к нему как к живому свидетелю Небесных сил, как к живому знаку того, что Небеса живы, божественны и благодатны» (5, с. 266).