Впоследствии Дом разросся и превратился в целый городок. В нем имелись пеньковая и картузная мастерские, в каждой из которых давалась работа тысячам человек, а детям предоставлялось начальное и специальное ремесленное образование; имелась мастерская по обучению столярному ремеслу, сапожная мастерская; были организованы швейные мастерские, в которых девочки обучались ремеслу. При Доме имелись также приют и зато-родная летняя дача для детей, бесплатная начальная школа, рисовальный класс для бедных детей, гимнастический кружок, детская библиотека, зоологическая коллекция, воскресная общеобразовательная школа для взрослых, бесплатная народная читальня и платная библиотека. Был создан большой ночлежный дом с платой в 3 копейки за ночь. Была организована бесплатная амбулатория, бесплатно выдавалось от 400 до 800 обедов ежедневно. Попечительство выдавало нуждающимся пособия деньгами (от 1 до 20 рублей), одеждой, обувью и другими вещами. При Доме регулярно устраивались лекции для народа на религиозные, исторические и литературные темы (в среднем каждую посещало более 250 человек). Помощь оказывалась всем, без различия происхождения и вероисповедания. «Помни, что Господь в каждом христианине, – наставлял отец Иоанн молящихся. – Когда приходит к тебе ближний – имей к нему всегда великое уважение, ибо в нем Господь, Который через него часто выражает свою волю».
По примеру Кронштадта и другие города стали создавать подобные благотворительные учреждения. Имя отца Иоанна получило всероссийскую известность. Благотворительность была важной частью его служения, но главным оставалась Литургия. В пламенном, самозабвенном служении Богу отец Иоанн обрел дарования чудотворчества и прозорливости.
День отца Иоанна начинался рано, в 5 утра. Около получаса он посвящал утренней молитве и приготовлению к церковной службе. Еще в 1870-е годы он молился в садике перед домом, но позднее толпы просителей вынудили его отказаться от этого. Точно так же ранее он сам раздавал подаяние собиравшимся перед домом нищим, но впоследствии это делал другой по его поручению. Он принужден был отказаться и от хождения в собор, куда его стали отвозить в экипаже летом и в санях зимой.
Но вот он входит в Андреевский собор, проходя через особую ограду, охраняемую полицией и ведущую прямо в алтарь. Все, кому довелось видеть его появление в алтаре, отмечают его сосредоточенность и возвышенную радость. Митрополит Антоний (Храповицкий) назвал его «носителем веры побеждающей, торжествующей». Митрополит Вениамин (Федченков) вспоминал, как поразила его «светлая духовность» кронштадтского батюшки: «Отдав меховую шубу (дар почитателей) на руки сторожу, отец Иоанн, ни на кого не глядя, быстро и решительно подошел к престолу и пал на колени пред ним. После этого обратился к присутствовавшим в алтаре, со всеми ласково поздоровался, мирянам преподал благословение.
Потом энергично пошел к жертвеннику. Там уже лежала стопка телеграмм, полученных со всех концов России. Он не мог сразу их прочитать. С тою же горячностью отец Иоанн упал на колени перед жертвенником, возложил руки на все эти телеграммы, припал к ним головою и начал молиться Богу о даровании милости просителям…». В некоторых случаях через секретарей он направлял ответы. Просфоры для поминовения приносили в алтарь в больших корзинах, и батюшка мог вынуть лишь по несколько из каждой корзины. Митрополит Евлогий (Георгиевский) вспоминал: «Я присутствовал на этой ранней литургии, которую служил отец Иоанн, и имел случай наблюдать необычный характер этого особенного, только ему одному свойственного священнодействия: бесконечно долгую проскомидию с тысячами имен, которые он повторял то совсем тихо, неслышно, то вдруг усиливая голос, почти громко выкрикивал» (50, с. 203).
Саму Литургию отец Иоанн служил особенно горячо. В огромном храме, при тысячах людей, ожидавших его молитвы, при переживании им горя, нужд, скорбей и грехов этих чад Божиих он молился громко и дерзновенно. «Он беседовал с Господом, Божией Матерью и святыми, беседовал со смелостью отца, просившего за детей, просил с несомненной верой в то, что Бог не только всемогущ, но и без меры милосерд… взывал к ним с твердым упованием. Как именно – этого на бумаге не передашь, – замечал митрополит Вениамин» (32, с. 194–195). Громогласно и величественно возглашал он: «Благословенно Царство Отца и Сына и Святаго Духа ныне и присно и во веки веков!..». Вдохновенно и со все большим подъемом шла Литургия. При этом лицо священника становилось все розовее, глаза светились, движения были быстрыми и резкими. То было не служение, а именно священнодействие.
Приближался момент Причащения. В Русской Церкви миряне прежде Причащения исповедуют Богу свои грехи. В первые годы своего служения отец Иоанн посвящал каждому приходящему каяться много времени, и то было не формальное перечисление прегрешений, а подлинно «экзамен душевных чувств». Иногда батюшка проводил часы в беседах с исповедниками, откладывал разрешение грехов, заставлял приходить еще и еще.