В царский период Борисоглебский монастырь стабильно относился к числу особо почитаемых обителей, был он долго очень богат, но, правда, только до 1764 г., когда его перевели во 2-й класс. Особое положение Борисоглебского монастыря объяснялась тем, что царский род Рюриковичей был связан с родом святых князей Бориса и Глеба кровными родственными узами, Рюриковичи считали этот монастырь своим и щедро благодетельствовали ему. Отдававшие дань уважения Рюриковичам представители новой царской династии Романовых с начала своего царствования более 150 лет подчеркнуто почтительно относились к Борисоглебскому монастырю. А вот императрица Екатерина II Алексеевна (Великая, 1729–1796, царствовала единолично с 1762 г.) немка, незаконно – путем дворцового переворота 1762 г. занявшая императорский трон, всего этого сполна не понимала, не удивительно, что именно при ней Борисоглебский монастырь перевели из высшего во 2-й класс. Екатерина II приезжала в Ростов для участия в перенесении мощей Дмитрия Ростовского. Она посетила тогда и Борисоглебский монастырь, что добром для него не кончилось. Из-за действий Екатерины II у Борисоглебского монастыря осталось очень мало земли. После 1764 г. из-за недостатка средств монастырь постепенно стал приходить в упадок. Она отобрала у монастыря почти все земли в пользу своего фаворита графа Г.Г. Орлова, сопровождавшего ее в этой поездке. В 1767 г. Г.Г. Орлова ввели во владение монастырскими землями, но они радости и счастья ему не принесли (императрица со временем нашла ему замену, его молодая и любимая жена быстро умерла, детей у них не было). Затем эти земли перешли к его брату, потом в род графов Паниных, последняя их владелица продала их в рассрочку на 10 лет Борисоглебским крестьянам в 1910 г., но деньги из-за революционных событий 1917 г. сполна не получила.
Вскоре после 1917 г. монастырь закрыли, его ценности представители новой власти конфисковали и вывезли их неизвестно куда. В 1924 г. монастырские постройки передали Ростовскому государственному музею, который из-за недостатка финансовых средств не мог обеспечить их должную сохранность. Но в 1995 г. Борисоглебский монастырь был возвращен Церкви, в нем начались необходимые ремонтно-реставрационные работы, в них особенно нуждаются монастырские постройки ХVI – ХVII вв. Но пока монахов в обители мало: немногим более 5 человек братии.
Борисоглебский монастырь с архитектурных позиций вызывает исключительный интерес. Издалека этот монастырь кажется целым городом. Вот почему чаще говорят не о Борисоглебском монастыре, а о Борисоглебском кремле – старинной русской крепости, – столь велик этот комплекс, являющийся жемчужиной русского крепостного зодчества первой половины ХVI в. Борисоглебский кремль имеет ярко выраженные формы военного сооружения. Высота и толщина его стен больше аналогичных монастырских сооружений, в его центре расположена площадь (а не собор), раньше (ХVII в.) проездные ворота были массивные дубовые, окованные железом и запиравшиеся на тяжелые затворы и огромные замки. Внушительный вид Борисоглебского монастыря издавна притягивает к нему художников, режиссеров, телевизионщиков. В 1934 г. в Борисоглебском кремле и его окрестностях снимали сцены фильма «Минин и Пожарский», посвященного народному ополчению 1606–1612 гг. В 1956 г. киностудия Мосфильм в Борисоглебском монастыре снимала сцены для фильма «Хождение за три моря». Есть и другие примеры.
Архитектурно-художественный комплекс Борисоглебского монастыря формировался в течение длительного периода, перенес тяжелые разрушения и потери, но все-таки не утратил своего великолепия и неповторимости. Еще в 1961 г. посетивший Борисоглебский монастырь известный французский писатель, тонкий эстет, большой знаток и ценитель архитектурно-художественных ценностей Жан Поль Сартр сказал и написал: «Нигде в мире не видел я подобной обители. Это выше романских монастырей Франции. Нигде не было столь полного слияния человека с природой, как здесь».