Тогда, однако же, были разрушены многие из монастырей или обращены в мечети; большая же часть их опустела по беспрестанным гонениям, и одни только главнейшие святилища сохранились благочестию христиан. Впоследствии ключи от Храма Воскресения вместе с его хоругвью были посланы Карлу Великому с дозволения халифа Аарона-эль-Рашида от имени патриарха Фомы, который возобновил кедровый купол Храма после четырехлетнего его опустения во время междоусобия детей халифа, ибо с самого завоевания Омарова Иерусалим не переставал быть залогом и поприщем распрей Востока. В течение 220 лет кровопролитная вражда между двумя поколениями Абассидов и Оммиадов возмущала Сирию, и Ахмет Тулун, правитель Египта, воспользовался ею, чтобы отторгнуть от них Святой Град в 868 году. Примеру Тулуна, который, однако же, скоро уступил оный власти халифов Багдадских, подражал в 936 году Магомет-Икшид, князь племени турецкого, и тогда снова пострадал Храм при патриархе Христофиле.
Один из преемников его Иоанн был свидетелем подобного же разорения в 969 году, когда новая династия Фатимитов Египта овладела Палестиною. С тех пор и до крестоносцев Орток племени турецкого и мужественный род его, то союзный, то враждебный селджукским князьям Алепа, дважды исторгали Иерусалим из рук халифов Египетских, и дважды он подпадал обратно их власти. Но самое ужасное разорение претерпел Храм Воскресения в 1009 году по дикому фанатизму эль-Гакима, халифа Фатимитов, который, возмечтав себя богом, хотел сокрушить святилище Воплощенного и едва не истребил оное до основания. Одно только сильное ходатайство христианской матери халифа Марии и денежные пособия императора греческого Аргирофила могли восстановить святыню в том виде, в каком перешла она в руки крестоносцев в 1099 году.
Готфрид и пять Балдуинов, Фулк, Алмерик, Лузиньян, короли Иерусалимские, могли только в течение 88 лет удержать за собою Иерусалим, и тщетными остались столько крестовых походов и поздние покушения Рихарда, Фридриха I и Св. Людовика. Сирияне, как природные жители Палестины, искупили у Саладина ценою злата наследие рыцарей, сей дивный Гроб, за который пролито было столько крови, и в их руках он оставался до римского императора Фридриха II, который вследствие мирного договора с султаном Египта принял титул короля Иерусалимского, и последний венчал себя терновым венцом над Святым Гробом; одиннадцать только лет находился оный в руках его. Скоро, одно за другим, пали на берегах Сирии графство Триполийское и княжество Антиохийское, и в то же время крестоносцы, теснимые в своих последних оплотах, в Тире и Птолемаиде, победоносным оружием султанов египетских: Бибарса, Калауна и Халила – должны были еще услышать горькую весть о двукратном расхищении Храма – около 1242 года, диким племенем хоразмиев, нынешних хивинцев, бежавших из великой Татарии к югу от губительного оружия монголов.
Со дня совершенного изгнания латинов из Сирии в 1292 году и во все время владычества султанов мамелукских и после завоевания Иерусалима оттоманским владыкою Селимом в 1716 году все христианские исповедания Востока, одно за другим, искали исключительно овладеть святилищем Храма; трудно определить время каждого из сих постепенных и часто изменявшихся обладаний, зависевших большею частью от возраставшего благосостояния народов. Так, некогда сильные грузины оставили ныне только память о себе в Палестине строением нескольких монастырей и победами царя своего Леона, который получил в награду от императора греческого половину Голгофы; все их достояние перешло частью единоверным грекам. Так и марониты, присоединившиеся к римской церкви в крестовые походы, утратили ныне удел свой в Храме, доставшийся латинам.
Но греки предпочтительно владели самым Гробом и собором, основываясь на древних правах своих и по многочисленности своих иноков, рассеявшихся во время крестовых походов по пустынным обителям. Впоследствии они еще более усилились по охлаждению Запада к бытию Иерусалима и по возраставшему усердию Греции и России. Армяне во всем уступали тогда двум сильнейшим исповеданиям, которые долго оспаривали друг у друга владычество над Святыми местами. Последние годы порабощения греков были самыми цветущими их могущества в Иерусалиме. Свыкшиеся с своим игом, они достигли и в самом угнетении до того благоденствия, какое только позволяло им правление турецкое. Свойственная им набожность устремила собранные торговлею богатства в Иерусалим. Так могли они употребить без помощи других народов до 6000000 левов на возобновление Храма Воскресения, и в полгода воздвигли вновь святилище, в последний раз истребленное ужаснейшим пожаром в 1808 году, сентября 30, в среду, в три часа по полуночи, на праздник св. священномученика Григория великия Армении.