После смерти Александра, в 323 г. до н. э., город вошел в состав государства, созданного одним из «диадохов», Селевком Никатором, телохранителем и полководцем Александра. В целом «селевкидская» глава истории была весьма благоприятной для города. Магнесия значительно расширилась и стала одним из очень важных политических и экономических центров не только Ионии, но всей Малой Азии. Эта глава завершилась в 189 г. до н. э. после того, как войско селевкидского царя Антиоха III было полностью разгромлено римлянами в сражении, получившем в истории название «битва при Магнесии». Но произошла она не у Магнесии-на Меандре, а у Магнесии-у-Сипила (находится неподалеку от нынешнего турецкого города Маниса). Интересно, что в это время военным советником Антиоха был знаменитый карфагенский полководец Ганнибал. Правда, в сражении при Магнесии он не участвовал. Если верить некоторым античным авторам, несмотря на всегда горевшую в нем ненависть к Риму и готовность помогать любым его врагам, проинспектировав за несколько месяцев до сражения армию Антиоха, он оценил ее очень низко. Как пишет один из античных авторов, Антиох, показав ему войска, похвастался — «Видел мою армию? На нее затрачены очень большие средства!». На что Ганнибал, усмехнувшись, сказал: «Да, римлянам достанется богатая добыча». В изложении другого античного автора, разговор звучал так. Антиох Ганнибалу после демонстрации своего войска: «Как думаешь, для римлян этого хватит (подразумевалось — для победы над ними)»? Ганнибал: «Думаю, что да, хотя они и очень жадные».
Одним из условий мирного договора между Римом и Антиохом была выдача Риму Ганнибала. Так что ему пришлось возобновить свои скитания по государствам, существовавшим на территории нынешней Турции. Как и где они закончились, я описал в главе об Ассе.
Победившие римляне передали Магнесию под контроль Пергамского царства, которое выступило их союзником в войне с Антиохом. После смерти, в 133 г. до н. э., последнего пергамского царя Аттала III, Магнесия стала частью Римской империи. На судьбе города это отразилось очень положительно. Находясь под защитой могущественной мировой империи, город активно развивался и богател. Местные жители не совершили ошибки Эфеса и в войне между Римом и Понтийским царством без колебаний поддержали Рим. После разгрома войск понтийцев римский полководец Сулла даровал Магнесии статус внутреннего самоуправления.
Город продолжал успешно развиваться еще несколько столетий, сохранял свое значение и в Византийской империи. Однако затем он стал жертвой переменчивого Меандра: русло реки в очередной раз вновь изменилось, воды поднялись, подтопили стены и значительную часть городских строений, превратив окрестные поля в болота, кишевшие комарами. Набеги готов, арабов, а затем турок-сельджуков положили конец истории города.
В 262 г. город был разграблен и сожжён готами вместе с соседними Эфесом и Приеной.
В 620-е гг. для защиты от угрозы нападения персов город был окружен оборонительной стеной. Большие фрагменты этой стены стоят в настоящее время вдоль автомобильной дороги Ортаклар — Сёке, которая проходит посредине территории античного города. После 1308 г. земли города вошли в состав османского бейлика Айдыногуллары, но в результате частых наводнений реки и заболачивания это место вскоре было заброшено совсем.
Новое открытие города произошло лишь в 19 в. Главной причиной интереса к нему стали поиски остатков храма Артемиды Левкофрены. Это сооружение было широко известно в античном мире. Хорошо знакомый историкам древнегреческий путешественник Страбон считал, что этот храм превосходил гармонией своей архитектуры даже храм Артемиды Эфесской.
Расположение руин города, полностью покрытых к тому времени многометровыми отложениями, определил в 1824 г. путешествовавший в этих местах английский дипломат, топограф, антиквар и писатель Уильям Лик. Зимой 1842-43 гг. на руинах Магнесии работала группа французских археологов. На дне большого болота, находившегося в центре остатков города, они обнаружили руины храма Артемиды Левкофрены и вывезли в Париж 40 метров его фриза, много других фрагментов его архитектуры. Для правителей Османской империи все это не имело какой-либо ценности. Обнаруженные на месте храма находки заняли целый зал в Лувре. Наглядное подтверждение того, какого уровня достигли архитектура и искусство в этом городе. И того, что место, где эти культурные сокровища находились, заслуживает посещения.
В начале 1890-х гг. небольшие раскопки провел в Магнесии уже неоднократно упоминавшийся мною немецкий археолог Карл Хуманн, открыватель Пергама. С разрешения властей он отправил в Берлин большие фрагменты храма Зевса Сосиполиса, которые стали одними из главных экспонатов Пергамского музея.