Организовать убийство царя Метеллу не удалось, но Югурта разуверился во многих своих соратниках и некоторых из них казнил, а некоторых отстранил от командования, лишившись опытных военачальников. Даже без сражений римские тиски всё крепче сжимали Нумидию, а силы царя таяли. Когда римляне заняли самый богатый из нумидийских торговых городов — Вагу, а Метелл всё ещё не давал согласия на мир, царь понял, что его водят за нос. «Сопоставив слова Метелла с его действиями и увидев, что против него самого используют его же приёмы (ведь ему говорили о мире, а в действительности вели против него жесточайшую войну, заняли его важнейший город, причём враги разведывали местность и пытались расположить население в свою пользу), Югурта волей-неволей решил взяться за оружие»
[Sallustius «В. Jugurt», 48, 1]. Собрав все свои войска, Югурта дал Метеллу генеральное сражение. Как пишет о том сражении Саллюстий Крисп, «сражались два выдающихся полководца, равные друг другу духом, но неравные силами. Ибо на стороне Метелла была доблесть его солдат, против него — особенности местности; Югурте благоприятствовало всё, кроме качества его солдат» [Sallustius «В. Jugurt», 52, 1–2]. Югурта умело маневрировал, используя знание местности, ободрял войска, сам вёл в атаку солдат на самых важных участках, однако слишком уж велико было превосходство римлян в обученности и вооружении — к вечеру нумидийцы дрогнули и обратились в бегство.Не сумев одолеть римлян в открытом бою, Югурта удалился в лесистые районы страны, пытаясь собрать новое войско, а пока навязать римлянам партизанскую войну. Однако римляне не позволили втянуть себя в партизанскую войну. Они не стали преследовать остатки царских войск по непроходимым гористым лесам. Вместо этого Метелл «вторгается в самые богатые области Нумидии, опустошает поля, захватывает и предаёт огню множество крепостей и городов, слабо укреплённых или не имеющих гарнизона; взрослых людей истребляет, всё остальное велит отдавать солдатам на разграбление.
Страх перед такими действиями привёл к тому, что римлянам выдали многочисленных заложников, вдоволь предоставили зерна и прочее, что им могло бы понадобиться; везде, где требовалось, были поставлены гарнизоны»
[Sallustius «В. Jugurt», 54, 10].Нумидийский царь не сидел сложа руки. Пополнив свои потрёпанные войска, Югурта «следовал за римлянами по холмам, выбирал место для битвы там, куда, по его сведениям, должен был прийти противник; он отравлял корм для скота и воду в источниках, которых и так было недостаточно»
[Sallustius «В. Jugurt», 55, 8]. Однако сдержать продвижение римлян Югурта не мог, а длительная партизанская война в условиях, когда римляне быстро и безжалостно уничтожали всех, кто сопротивлялся, и даже всех тех, кого могли всего лишь заподозрить в намерении оказать сопротивление, была совершенно невозможна. Большинство нумидийцев поддерживало Югурту, но когда за верность царю их и их семьи ждало тотальное уничтожение, они вынуждены были склонять свою гордость перед мощью Рима. Наиболее нестойкой оказалась нумидийская знать, которая в случае полного поражения потеряла бы гораздо больше, чем простой народ. Видя, что дела царя плохи, его же ближайшие соратники стали тайно переходить на сторону римлян. На путь предательства встал и Бомилькар, в своё время организовавший убийство в Риме царевича Массивы. Метелл от услуг предателей не отказывался. Затеяв тайные переговоры с Бомилькаром, он заверил его, что римский сенат простит ему преступления и передаст всё имущество царя, если тот передаст римлянам Югурту живым или мёртвым.