В 1570 году почти все население Граца сделалось протестантами, хотя в городе существовало порядка двадцати католических сообществ. В 1573 году эрцгерцог Карл основал и одарил в Граце иезуитскую коллегию, но по-прежнему разрешал свободу религии и образования протестантам, пообещав им поддержку на синоде в Брюкке в 1578 году. Однако при своем дворе он пользовался услугами только католических поваров и делал все для того, чтобы продвигать на высшие должности итальянцев и баварцев.
В 1581 году евангелистских пасторов изгнали из города, заменив священниками, а горожанам запретили посещать городскую школу, тогда протестантскую. В 1585–1586 годах иезуитская коллегия возвысилась до университета, задачей которого было учреждение чистоты католической веры и уничтожение ереси. Тогда эрцгерцог почувствовал себя достаточно сильным, чтобы разрешить горожанам лишь католицизм. Он умер в 1590 году, добившись от своего преемника, которому было только двенадцать, клятвы в соблюдении интересов католической веры.
Однако протестантское меньшинство продолжало процветать. Некоторые полагают, что во время Пасхи 1596 года юный герцог оставался единственным жителем Граца, получившим евхаристию в соответствии с католической верой. Однако когда Фердинанд достиг совершеннолетия, течение снова повернулось вспять.
Сообщают, что ему принадлежат слова: «Я скорее стану править разоренной страной, чем страной проклятой». В 1598 году он изгнал из Граца всех протестантских пасторов и школьных учителей. В 1599 году закрыл все протестантские церкви и соборы, а возникшее сопротивление подавили декретом. В 1628 году Фердинанд принудил 800 протестантов, принадлежавших к знати, покинуть страну.
В политическом отношении Аугсбургский мирный договор оказался результативным. С 1555 по 1605 год обе стороны апеллировали к нему как к основному германскому закону о религиозном разделении. Мудрые правители с обеих сторон не допускали никаких лазеек, даже если брешь способствовала им самим, понимая, что иначе Германия превратится в страну раздоров. Конечно, не следует думать, что немецкие крестьяне всегда оказывались свободными от опустошений и присутствия войск, участвовавших в кампаниях во время этих лет «мира». Однако походы всегда отличались ограниченным характером и соответствовали древним немецким обычаям.
Тем не менее Аугсбургский мирный договор имел два основных недостатка: в нем не обеспечивался статус кальвинистов и статус церковных территорий. Хотя он являлся договором между католиками и лютеранами, в нем не упоминались ни цвинглианцы, ни кальвинисты, к которым лютеране так же, как и католики, не питали неприязни. Следовательно, у кальвинистских княжеств и городов не имелось никаких легальных прав, определяющих их присутствие в Германии.
Ситуация выглядела абсурдной, ибо в Германии существовали и цвинглианские и кальвинистские княжества и города, обладавшие сильной властью. Однако теоретически они не обладали никаким статусом при королевских дворах, и лютеране, остававшиеся лояльными по отношению к Аугсбургскому мирному договору, часто примыкали к императору, католические же территории выступали против них.
Вторым недостатком договора стало отсутствие эффективного законодательного обеспечения на тот случай, если приятель-епископ повернет против протестантов. Католикам удалось добавить в него пункт о мирном урегулировании, известный как «Духовная оговорка», однако протестанты ее так и не признали.
В «Духовной оговорке» заявлялось, что тот прелат, который станет протестантом, должен соответственно оставить свой приход, а на его место избирался католик. Таким образом, за католиками гарантировалось сохранение всех духовных владений, существовавших на 1552 год. Церковные земли, секуляризированные ранее, оставались под властью лютеранских правителей.
Пункт, с которым соглашалась только одна из сторон, становился лишь источником раздоров. Его действенность зависела от того, кто имеет на месте больше влияния. Со свойственной ему обходительностью император Фердинанд I не смог уберечь такие огромные приходы, как магдебургский и хальберштадтский, от превращения в протестантские территории.
За одиннадцать лет до мирного договора Герман фон Вид, архиепископ Кельна, стал протестантом и попытался сохранить за собой территорию епископства, превратив ее в собственное княжество. Однако армия императора Карла V сместила фон Вида, и его намерения не осуществились. Во всяком случае, если ставший протестантом епископ оказывался курфюрстом и получал большинство в выборном органе, то в соответствии с каноническим законом мог быть избран на пост императора Священной Римской империи.
В 1582 году тогдашний архиепископ Кельна Гебхард Трухзес захотел жениться на монахине, ставшей протестанткой, и превратить свою территорию в светскую. Его противник, католик герцог Эрнест Баварский, вовсе не был реформированным, но уже являлся епископом трех других приходов, пьяницей и владельцем наложницы.