В 1620 году Фридриха выдворили из Богемии, в 1623 — из Пфальца. Однако война продолжалась, потому что успех имперских войск оказался таким огромным, что в войну оказались вовлеченными другие страны: Дания в 1625–1629 годах, Швеция при Густаве II Адольфе вплоть до его гибели в бою, последовавшей в 1632 году, и затем снова при канцлере Оксеншерне (в это время в Швеции правила (1632–1654) королева Кристина, но внешней политикой заправлял граф Оксеншерна. —
После 1635 года война никоим образом не носила религиозного характера, поскольку европейское противостояние определялось соперничеством между возродившейся Францией и императорской Германией.
Шестьдесят пять лет тому назад Францию и Польшу поделили между католиками и протестантами, Южная Германия колебалась, и свои политические надежды папство связывало с Испанией. К 1628 году Испания была гораздо слабее, однако Франция восстановила свой католический статус и довела гугенотов до состояния физически немощного меньшинства. Польша явно повернулась в сторону Рима и сторонилась протестантизма.
Теперь война триумфально продолжилась на севере Германии. В 1620–1627 годах Чехия, в течение столь длительного времени остававшаяся гугенотской и протестантской, принудительно сделалась католической благодаря австрийским (имперским. —
Случившееся стало долговременным триумфом Контрреформации и послужило сигналом для аналогичных мер по всем имперским землям, особенно в Австрии. В 1628 году все выглядело так, как будто насильственное обращение в католичество протестантской Германии продолжится. Баварские войска изгнали лютеран и кальвинистов, отстранив их от власти в Пфальце. Из библиотеки Хайдельберга конфисковали сокровищницу книг и рукописей, большинство из которых сегодня хранится в библиотеке Ватикана.
Имперская армия под командованием Валленштейна заняла Северную Германию вплоть до Балтийского побережья, кроме «нейтральных» Саксонии и Бранденбурга, усилив действие Эдикта о реституции, который стал восприниматься как высшая точка в политической Контрреформации.
В Эдикте о реституции (1629) объявлялось, что все церковные земли, отчужденные протестантами с 1552 года, следует возвратить, а кальвинистов следует лишить всех прав в империи. Не только протестанты могли потерять огромные епископства, такие как Магдебург, Хальберштадт и Бремен, которые занимали с 1552 года, но и курфюрсты Саксонии и Бранденбурга, которые после 1552 года приобрели большое количество церковной собственности. Курфюрст Бранденбурга был кальвинистом. Если бы на выполнении эдикта настояли, то немецкий протестантизм, возможно, пал бы.
Ситуация была спасена, во-первых, благодаря полководческому гению шведского короля Густава II Адольфа, поверившего, что он призван Господом, чтобы уберечь протестантов и сохранить власть Швеции на Балтике. Во-вторых, потому, что вступили в действие европейские силы, чтобы упразднить крестовые походы и ввести политическое равновесие власти.
Если бы эдикт был выполнен в полном объеме, власть германского императора стала бы невыносимой для Испании, Франции, Баварии. Война перестала носить религиозный характер. Франция и Швеция стремились к тому, чтобы протестантские государства Германии стали надежными и стабильными.
Условия Вестфальского договора 1648 года предполагали религиозную направленность современных европейских государств. Они позволили возродить суверенитет протестантов, нанеся удар политическим амбициям Контрреформации. Условия Вестфальского договора 1648 года восстанавливали Аугсбургский мирный договор 1555 года вместе с весомым добавлением, что его защита теперь распространяется как на реформированных (кальвинистов), так и на католиков и на лютеран.
Компромисс распространился на церковные земли, в то время как земли епископств, остававшиеся у протестантов на 1 января 1624 года, сохранялись у них же. Упомянутого оказалось достаточно, чтобы окончательно признать протестантскую секуляризацию огромных приходов, таких как магдебургский, бременский и хальберштадтский.
Согласно договору, императорский двор теперь составлялся в равной степени из протестантов и католиков. Кроме передававшихся по наследству доминионов Габсбургов, все государства обязывались проявлять терпимость в отношении меньших по численности религий, если те существовали до 1624 года. Не конфисковалась собственность тех, кто ссылался по политическим причинам.