К ужасу протестантов, католики сослались на «Духовную оговорку», и лютеране лишились их поддержки, частично потому, что опасались, что Трухзес подружится с кальвинистами. Затем испанские и баварские войска выдворили его с престола, и баварский герцог стал преемником Трухзеса.
Существование княжеств-епископств, где епископ оказывался временным сюзереном, как и «Духовная оговорка», способствовало делу Контрреформации, как только общая католическая власть оказывалась достаточно мощной, чтобы обеспечить таких епископов политической поддержкой. Великие католические епископы управляли территориями, где население в основном оставалось протестантским.
Поскольку равновесие власти в Германии зависело от севера страны, протестанты оставались неуязвимыми и их число росло. Признаком меняющегося равновесия стало укрепление епископов. В 1595 году епископ Бамберга распорядился, что верующие должны согласиться с мессой или подвергнуться изгнанию, и, хотя вердикту противостояла знать, кафедральный собор и соседние крупные землевладельцы его одобрили и провели в жизнь.
В 1596 году Теодор фон Фюрстенберг, епископ Падерборна, заключил под стражу всех священников своего прихода, допускавших причастие обоих типов. Затем ему пришлось столкнуться со знатью, начавшей выводить свой скот и лошадей, и городом, который избрал демагогию, которых следовало подавить. Продолжая распоряжаться, епископ щедро одарил коллегию иезуитов и опубликовал вердикт, предписывавший мессу или изгнание.
Существование католицизма в Рейнланде, который согласно географическому расположению, как ожидалось, должен был стать полностью протестантским, обязано испанской армии в Нидерландах и частично успеху Контрреформации, сумевшей удержать и использовать крупных князей-епископов. Несмотря на законодательную неопределенность, «Духовная оговорка» сделала свое дело.
Изменения в Польше начались после того, как в 1575 году избрали королем Стефана Батория (1575–1586). Во время своего правления он защищал как католиков, так и протестантов, отличаясь умеренными взглядами. Однако благодаря распространению влияния римского престола по всей Восточной Европе к концу его правления в Польше было 360 иезуитов.
Его преемник Сигизмунд III (1587–1632) оказался ревностным католиком. Успешное введение григорианского календаря, ставшего одним из доказательств прогресса Контрреформации, сопровождалось принятием декретов Триентского собора. Пользуясь ими, католическая знать изгнала протестантов из своих поместий. Католические суды руководили восстановлением приходских церквей. Даже в городах, где население оставалось протестантским, лютеранскую службу принуждали проводить в городской ратуше.
Почти все высшее образование находилось в руках иезуитов. В 1607–1608 годах протестантские землевладельцы-магнаты оказались достаточно неосторожными, чтобы присоединиться к восстанию недовольных, включая некоторых католиков и некоторых православных. Подавление восстания означало окончательную победу Римско-католической церкви в Польше.
Никакие смешанные браки легально не признавались, пока их не освящал приходский священник, приходские же священники чаще всего отказывались. В начале 1598 года папский нунций заявил: «Совсем недавно можно было опасаться, что ересь полностью подавит католицизм в Польше. Теперь католицизм доводит ересь до конца».
Политический католицизм стал более агрессивным и самоуверенным. Вместе с тем нельзя не отметить снижение международной репутации иезуитов. Со временем они приобрели дурную славу. После проявленного ими героизма в Индии и Америке многим казалось удивительным, что в Европе орден приобрел дурную репутацию.
В ордене, число членов которого столь стремительно росло, неизбежно оказывались недостойные люди, хотя их количество вряд ли было больше, чем в любом другом ордене. С другой стороны, такие, как Франциск Хавьер, прибавили блеск имени «христианин».
Иезуиты сразу стали известны своей строгостью, их первоначальная непопулярность обернулась почетной дурной славой истинных пуритан.
Само понятие «иезуит» впервые употребили в Германии, где оно стало синонимом строгости аналогично методистам в Англии времени правления Георга III (1760–1820) и Георга IV (1820–1830). В Оксфордском английском словаре, датируемом 1640 годом, указывается первое употребление слова «иезуит», означающее «предательский».
«Молодые женщины, — писал Герман Вейнсберг из Кельна, — добропорядочные иезуитки, каждое утро отправляются в церковь и соблюдают посты. Если говорят, что „то-то слишком много для иезуита“, то это означает, что он ведет слишком строгую для мирянина жизнь».
Однако внутри церкви старое соперничество орденов приобрело новый оттенок. Францисканцы и доминиканцы неодобрительно смотрели на это новое образование, которое заявляло, что является религиозным орденом, однако жило в миру и наделялось исключительными привилегиями. Когда с иезуитами встречались в Испании, Японии, Индии, папской курии в Риме, то различные методики и атмосфера вызывали постоянное непонимание и противоречия.