Хотя японцы рассматривали европейцев как «варваров, пришедших с юга», они интересовались техническими достижениями Европы, европейцы торговали с Японией, базируясь на Макао, чем пользовались иезуитские миссионеры.
Тем не менее быстрая экспансия христианской веры в Японии резко сдерживалась. В отличие от вождей американских индейцев правители Японии вовсе не бездействовали, поддерживаемые буддистскими и синтоистскими священнослужителями, готовыми поощрять сопротивление. Между 1580 и 1614 годами три военачальника установили результативную центральную власть в Японии. (Полководцы Ода Нобунага (1534–1582) и Тоётоми Хидэёси (1536–1598) заложили основы централизованной феодальной власти сёгуната Токугава (1603–1878). Первый сёгун из клана Токугава перебил тысячи своих противников, а в 1630-х годах выдворил из страны христианских миссионеров. —
В течение некоторого времени новое центральное правительство воспринимало христиан как полезных помощников в противостоянии претензий буддистских священников. Затем местные принявшие христианство даймё (крупные феодалы, владетельные князья) остались единственным сохранившимся препятствием абсолютному правительству. Португальская торговля с Японией, базировавшаяся на Макао, которая делала иезуитов настолько полезными нехристианским правителям, испытала резкий удар, когда в Японию начали прибывать голландские корабли. И еще больший шок, когда испанцы, находившиеся на Филиппинах, заявили о своих правах согласно старому папскому делению мира, а затем высадили в Японии францисканских миссионеров.
Даже в Японии было известно, что испанские миссионеры действовали рука об руку с испанскими завоевателями. Иезуит отец Алонсо Санчес сделал набросок (в 1586 году) схемы вторжения и завоевания Китая. Епископ Манилы заявил королю Филиппу II следующее: «Ни Юлий Цезарь, ни Александр Великий никогда не получали подобной возможности, с духовной точки зрения нет ничего более значительного, и подобного не предпринималось с апостольских времен».
В 1596 году на японский берег выплыл рулевой испанского галеона, потерпевшего кораблекрушение. Предполагают, что он заявил одному из советников японского правителя, что миссионеры во многом способствовали испанским завоеваниям. При подобных обстоятельствах правитель начал воспринимать миссионеров, как в свое время королева Елизавета относилась к иезуитам — то есть как передовой отряд, предшествующий испанским вторжениям.
Разнообразные эдикты ознаменовали изменения в политике. В 1614 году японский правитель (сёгун) Иэясу издал вердикт, в котором обвинил миссионеров в предательстве, в том, что пытаются низвергнуть истинное учение, и позже изгнал их из Японии.
Так начались преследования, с которыми трудно сравнить что-либо в христианской истории. Между 1614 и 1646 годами приняли мученическую смерть 4045 миссионеров, одних убили мечом, других сожгли у столба, третьих подвергли медленному варению в котле. Следующих подвешивали над ямой, полной нечистот, сделав надрез на голове, позволяя крови медленно вытекать. В таком положении страдалец оставался живым в течение нескольких дней.
С 1627 года подозреваемых заставляли забрызгивать грязью изображения Христа или Девы Марии. Начиная с 1623 года в большинстве районов многим приходилось представлять ежегодную бумагу в храм или магистратам, удостоверяющую, что они принадлежат к одной из буддистских сект.
В 1637–1638 годах множество христиан присоединились к крестьянскому восстанию в Симабаре, закончившемуся массовой резней. Всякому, кто заявлял, что он не христианин, даровали жизнь, остальных, мужчин, женщин и детей, убивали, всего умертвили 37 000 человек (согласно современным подсчетам).
Декретом 1638 года страну закрыли для иностранцев. В 1642 году в Японии тайно высадились восемь иезуитов, но их тотчас обнаружили и после жестоких пыток убили. Еще десять человек попытались высадиться в 1643 году, похоже, что они отказались от своей веры после пытки ямой. На протяжении столетия продолжались стихийные гонения на христиан.
Открытия современных архивов свидетельствуют, что между 1660 и 1691 годами в Бунго погибли 486 христиан — казнили, или они умерли в тюрьме. В 1614 году в Японии было примерно 300 000 христиан, в 1697-м — всего несколько человек.
В письменной истории христианской церкви не было более впечатляющих и жестоких гонений.
Применение методики проповеди Евангелия Риччи привело к ошеломляющему успеху двух иезуитов, Александра де Роде в Индонезии и Роберта де Нобили в Южной Индии.
С 1606 года Нобили возглавлял миссию в Мадурае. Его самого обучал Саньяси, раскаявшийся представитель касты (варны) брахманов, который одевался в шафрановое одеяние брахманского аскета. Нобили брил голову и носил серьги, вел жизнь отшельника и соблюдал вегетарианскую диету. Брахманы начали восхищаться им как святым человеком, что закончилось принятием Нобили брахманами как своего.