Он написал на тамильском работы, где индусская и христианская мудрость гармонично соотносились между собой. Нобили писал христианские поэмы, напоминавшие древние ведические гимны, позволял своим брахманским обращенным продолжать носить священную нить и праздновать некоторые индуистские праздники.
В открытой им школе Нобили разрешал исполнять языческие обряды и уважал индуистские предрассудки в связи с кастовым делением. Он не дозволял никому дотрагиваться до себя и руководил таинством члена внутренней касты, предлагал облатку на кончике небольшой палки.
Неудивительно, что некоторые из его знакомых европейцев были шокированы, и в Рим было отправлено множество доносов. В 1618 году Нобили заставили появиться перед судом архиепископа Гоа, он вызвал смятение, появившись в одеянии брахманского аскета. О «деле малабарских ритуалов» доложили в Риме. В 1623 году Рим отказался осудить Нобили, «до тех пор, пока не поступит дальнейшая информация». Поэтому Нобили продолжал распространять свое необычное и удачное проповедование Евангелия, пока среди 4000 христиан Мадурая не появилось двадцать шесть крещеных брахманов.
Короли Испании и Португалии контролировали миссионерские церкви более тщательно, чем регулировали деятельность церкви у себя дома. Подобный диктат папа санкционировал своей буллой (Universalis Ecclesiae) 1508 года, оказавшейся бесценной в период первых организаций, широко раскинувших свои приходы, и иногда весьма анархических в своей деятельности зарубежных церквей. По мере того как позиция таких церквей укреплялась, они превращались в жесткую структуру, сковывавшую усилия миссионеров.
Только в XVII веке Рим смог непосредственно вмешаться в деятельность миссионеров, и только потому, что политическая власть Испании и Португалии начала ослабевать. К концу XVI века Рим создал комиссию кардиналов с целью установления миссионерских проблем. В 1622 году, чтобы усилить их миссионерское рвение, папа Григорий XV возвысил комиссию кардиналов до Священной конгрегации пропаганды.
Сначала агитация страдала от обычных трудностей, связанных с установлением авторитета испанских и португальских королей. Посланный из Рима в Китай епископ попал в шторм около Филиппин и был отправлен обратно испанцами, заставившими его плыть через Тихий океан — невольно получилось, что вокруг земного шара.
Случившееся стало важным знаком как политической слабости Португалии, так и растущего вмешательства Рима в деятельность миссионеров. Подобное произошло и тогда, когда иезуит Александр де Роде, захотевший расширить свою миссию в Индонезии, был уверен в том, что хотел заручиться поддержкой Рима, а не Мадрида или Лиссабона.
Однако необычайная политическая слабость Португалии в середине XVII века уничтожила движущуюся силу католических миссионеров на Востоке и доказала, что папа Александр VI Борджиа когда-то стремился доверить Португалии половину мира, чтобы таким образом уменьшить власть Испании. Ранние сообщения, посланные в Рим, показывают, что Контрреформация едва ли затронула некоторые из американских епархий или Ост-Индию.
Находившиеся на Востоке португальцы вовсе не мешкали, как испанцы на Западе, поощряя местное духовенство. Сына африканского вождя Конго в начале 1518 года, после обучения в Португалии, посвятили в епископы. Риччи настаивал на необходимости китайских священников и испытал жесточайшее разочарование, не добившись этого. Однако в Китае существовали особые сложности с женитьбой детей. В Японии и Индии отмечаются посвящения в сан.
Известно, что брахману по имени Маттео де Кастро было отказано в рукоположении архиепископом Гоа. Тогда он сам отправился в Рим, где после курса теологии был посвящен в священники и вернулся обратно в Гоа. Его встретили со смущением и недоверием и вопреки решению полиции отправили обратно в Рим. В 1637 году Рим посвятил его в епископы, Маттео отправился на корабле, чтобы служить в Идалькане, около Гоа, не находившемся под контролем португальцев.
Архиепископ Гоа отказался помочь де Кастро, объявил его полномочия приостановленными и поместил в тюрьму индийцев, которых тот поспешно посвятил в священники. Маттео снова отправился в Рим, где в 1645 году получил должность апостольского викария в Эфиопии, однако не смог добраться до страны, вернулся обратно в Рим, ему велели вновь отправиться в Эфиопию. Маттео вовсе не являлся человеком, который искал мученической судьбы, поэтому вместо этого он отправился к Великому Моголу в Агру (Индия). Снова вернувшись в Рим, он девятнадцать последующих лет исполнял обязанности советника по индийским проблемам в Ватикане.
Такова судьба первого индусского епископа, она вовсе не вдохновляла тех, кто ратовал за индийское духовенство. Однако Рим проявлял бесстрашие, и папа отправил двух своих племянников в Индию как апостольских викариев.